lpcccc-cv / MC-VarNet

Decomposition-Based Variational Network for Multi-Contrast MRI Super-Resolution and Reconstruction (ICCV2023)
MIT License
13 stars 0 forks source link

mask_path的mask_x4_brain.png路径 #4

Closed qhlyr closed 5 months ago

qhlyr commented 5 months ago

帅气大哥,请问下这个是自己生成的还是什么,这个该怎么设置啊,帅哥请告诉我QAQ

lpcccc-cv commented 5 months ago

hello,重建 mask 的生成代码我已经放代码里了,readme 里边有,超分 mask 生成的代码我随后放 GitHub 上,你也可以自己写一个,很简单的。

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月07日 11:47 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.***> | | 主题 | [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

帅气大哥,请问下这个是自己生成的还是什么,这个该怎么设置啊,帅哥请告诉我QAQ

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

谢谢帅哥这么晚还愿意回复我,非常感谢,我想知道是不是自己要把转化后的2D图片再用generate_mask_random.py这个文件生成一系列的maskx4.png啊QAQ

lpcccc-cv commented 5 months ago

不用的,mask 你可以预先生成好,读数据的时候直接读取 mask 然后对图片做欠采样就行,你也可以把这个代码集成到读数据的文件里,每次读都重新生成 mask

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月07日 12:42 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.>@.> | | 主题 | Re: [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

谢谢帅哥这么晚还愿意回复我,非常感谢,我想知道是不是自己要把转化后的2D图片再用generate_mask_random.py这个文件生成一系列的maskx4.png啊QAQ

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

谢谢大帅哥,也就是说,我先预生成PD和T2的mask图片,然后对所有的mask欠采样,我还是有些疑问,是分别对IXI数据集的T2和PD进行欠采样,还是将他们一起进行欠采样,因为IXI_dataset.py中mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png',这里的mask文件路径应该指向哪呀帅哥作者QAQ

lpcccc-cv commented 5 months ago

mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png,这个mask是根据你的需求生成的,生成的代码我已经放到github上了,但听你的描述,我感觉你对这个任务的理解可能不是很正确,我论文里有介绍这个任务的退化过程,也就是如何从全采样图像得到欠采样图像,你可以再研究下,有问题可以再问我

qhlyr commented 5 months ago

嗯嗯,谢谢你帅哥

qhlyr commented 5 months ago

超级大帅哥,我理解的论文意思是不是分别要对输入的高分辨率T2和PD进行掩码欠采样啊,但是部分代码我没有理解,VANet.py里网络的前向过程注释说,x是input low-quality target image ,y: input high-quality ref image,这似乎和我的理解有偏差。另外一个问题,我看到配置文件只需要输入高分辨率T2与PD,是不是您的代码会在网络过程中处理HR成LR和掩码,不需要保存在文件夹(虽然我不会,但是你好牛)。最后,我还是不知道IXI.dataset.py中mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png'这里如何设置,您可以举个例子吗?(备注:帅哥你这个框架真牛皮)

lpcccc-cv commented 5 months ago

首先,你在跑我的代码之前,比如IXI数据集,要准备好PD和T2的HR以及相应的mask,如果是SRx4的话,就需要。一个x4的mask,也就是mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png'。这个mask的生成方式我已经添加到代码里了。

lpcccc-cv commented 5 months ago

def gen_mask_for_SR(size, scale): h,w = size mask = torch.zeros(size) lr_h = h//scale lr_w = w//scale top_left_h = h//2-lr_h//2 top_left_w = w//2-lr_w//2 mask[top_left_h:(top_left_h+lr_h), top_left_w:(top_left_w+lr_w)] = torch.ones(lr_h,lr_w) return mask 也就是这个代码,你可以预先跑下这个代码,把mask存成png或者npy,然后把路径给到mask_path就行了。也可以直接把这个代码嵌入ixi_data.py里,读数据的时候生成这个mask,那也就不需要给这个mask_path 了。

qhlyr commented 5 months ago

谢谢大佬的回复,数据集我准备好了,也按照您论文的方式分为训练验证测试的2D格式,就是掩码我不太确定,您的意思是我将T2和PD生成一系列的mask保存为png格式,然后我填写mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png',这个路径问题是只有一张mask,那我其他的mask怎么做呢?还是怎么做啊大佬

lpcccc-cv commented 5 months ago

就是只有一张 mask 呀

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月08日 10:24 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.>@.> | | 主题 | Re: [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

谢谢大佬的回复,数据集我准备好了,也按照您论文的方式分为训练验证测试的2D格式,就是掩码我不太确定,您的意思是我将T2和PD生成一系列的mask保存为png格式,然后我填写mask_path = '/home/lpc/dataset/IXI/MCSR/mask_sr_x4.png',这个路径问题是只有一张mask,那我其他的mask怎么做呢?还是怎么做啊大佬

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

啊?那我这个mask该怎么进行选择啊?我随便选个HR的T2掩码吗?

lpcccc-cv commented 5 months ago

大哥 这个 mask 对所有图片是一样的呀,你只需要一个 mask,就可以对所有图片降采样了,建议你好好了解下这个 task 的背景知识。

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月08日 11:10 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.>@.> | | 主题 | Re: [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

啊?那我这个mask该怎么进行选择啊?我随便选个HR的T2掩码吗?

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

怪不得怪不得,我当时就好奇这为啥生成的掩码都一样,然后我试着复现结果结果比你原文的还要好,我就不敢继续下去了,谢谢帅哥愿意回复我,真的感谢,另外我想请问下怎么x2,x4,我看输入的尺寸都256,256,我是否需要将配置文件的crop_size改为比如64(但貌似会出现与mask尺寸不匹配的问题)

lpcccc-cv commented 5 months ago

不需要 crop,要不然 跟 mask 尺寸就不一样了

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月08日 11:30 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.>@.> | | 主题 | Re: [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

怪不得怪不得,我当时就好奇这为啥生成的掩码都一样,然后我试着复现结果结果比你原文的还要好,我就不敢继续下去了,谢谢帅哥愿意回复我,真的感谢,另外我想请问下怎么x2,x4,我看输入的尺寸都256,256,我是否需要将配置文件的crop_size改为比如64(但貌似会出现与mask尺寸不匹配的问题)

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

哦哦,只需要改scale吗?还要个疑问想问大佬,多对比度的参考图像是用HR还是LR呢?

qhlyr commented 5 months ago

是不是您是通过掩码不同的尺寸来实现不同的x2,x4吗

lpcccc-cv commented 5 months ago

是的

---- 回复的原邮件 ---- | 发件人 | @.> | | 日期 | 2024年05月08日 11:47 | | 收件人 | @.> | | 抄送至 | @.>@.> | | 主题 | Re: [lpcccc-cv/MC-VarNet] mask_path的mask_x4_brain.png路径 (Issue #4) |

是不是您是通过掩码不同的尺寸来实现不同的x2,x4吗

— Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.***>

qhlyr commented 5 months ago

我懂了,谢谢你,你是我的神!(・ε・`)