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lubianat / wikidata_covid19

A repository for activities related to the Wikidata Wikiproject COVID-19
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PPI network from Gordon #1

Closed jvfe closed 4 years ago

jvfe commented 4 years ago

Oi, Tiago, vi que tu adicionou o paper do Gordon das redes PPI do Corona, você também planeja integrar os dados de interação do paper na wikidata? Esses

Não sei se esses dados tem uma licença que impeça-os de serem integrados, mas caso não tenham eu posso conciliar as proteínas e ligar elas pelo "physically interacts with". Ainda não sei como seria o modelo para representar interações proteína-proteína na wikidata, mas isso pareceu o mais lógico. O que acha?

lubianat commented 4 years ago

Show, é uma ótima, eu tava caminhando para fazer justamente isso a partir dos dados já curados pelo BioGRID.

Aqui no repo eu coloquei a tabela, falta só reconciliar com o Wikidata. Tem uns desafios, tipo reconciliar artigos que são referência (pq tem mais coisa além do Gordon) e fazer o match das proteínas.

Eu tou animado pra fazer isso, então corre o risco da gente dobrar esforço. Mas se quiser fazer também, manda bala!

Em dom, 19 de abr de 2020 17:53, João Vitor notifications@github.com escreveu:

Oi, Tiago, vi que tu adicionou o paper do Gordon das redes PPI do Corona, você também planeja integrar os dados de interação do paper na wikidata? Esses https://www.ndexbio.org/#/network/5d97a04a-6fab-11ea-bfdc-0ac135e8bacf

Não sei se esses dados tem uma licença que impeça-os de serem integrados, mas caso não tenham eu posso conciliar as proteínas e ligar elas pelo "physically interacts with". Ainda não sei como seria o modelo para representar interações proteína-proteína na wikidata, mas isso pareceu o mais lógico. O que acha?

— You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/lubianat/wikidata_covid19/issues/1, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AB4NC75GPHE2CQFOUJXTU4TRNNQETANCNFSM4ML6IA6A .

jvfe commented 4 years ago

Po, massa, cara. Se tu já ia fazer esse eu não vou te empatar kkkk, o que você quer dizer com artigos que são referência? Que qualquer coisa posso ir integrando dados dessas outras fontes.

Edit: Acho que saquei agora o que você quis dizer com isso, olhando a tabela. De qualquer forma alguma task desse lado mais biológico que esteja precisando de um up, só falar!

lubianat commented 4 years ago

Fala, @jvfe , já fiz a migração dos dados do Gordon! Não todos, pq algumas proteínas que eles reportaram não estão no Uniprot e, consequentemente, não foram modeladas no Wikidata ainda.

Do lado biológico tem muita coisa pra fazer! Só é difícil formalizar o que precisa rs. Tava caçando uns datasets prontos para migrar. Duas coisas que vale a pena dar uma olhada:

(vale até adicionar o que estamos fazendo de automação aqui)

De forma geral, a WIkidata ainda precisa de muuuita coisa. Por exemplo , tem mt mais informação de PPI na Wikipedia em ingles que na Wikidata.

jvfe commented 4 years ago

Massa! Por coincidência, também achei esse dataset do github(o JHU em CC0) e tava dando uma olhada nele no diretorio /worldwide_data/src. Parece bem simples de automatizar com o dicionário que eu já tenho.

Só tive dúvida de como estruturar a referência, pq eles agregam os dados de vários cantos porém o dado final é o tratado por eles (do datahubio), não achei uma situação parecida na wikidata de como proceder. O que você acha?

Vou dar uma buscada nesses outros datasets também, valeu pela dica!

Edit: Vou ver se reconcilio algumas das interações do biogrid também, já que você disse que até agora só migrou algumas do Gordon, se tu preferir uma forma mais direta de comunicação (pra gente não dobrar esforço), pode me avisar qualquer coisa no telegram (user jvcavv), ou no email mesmo.

lubianat commented 4 years ago

Cara, é uma boa pergunta, e algo bem em aberto. Eu faria essas coisas: 1 - citar a URL do repositório pela propriedade Reference URL mesmo, com a data e horário de consulta. 2 - Perguntar na página de discussões do projeto (e explicar um pouco a ideia) https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata_talk:WikiProject_COVID-19 3 - Elaborar um bot request ( https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Bot_requests)

Atualizar as páginas automaticamente sem passar pelo bot request é tranquilo tb, até pq é uma questão de emergência, aí a discussão vai rolando enquanto o bot já tá em funcionamento.

Tiago Lubiana, MSc in Bioinformatics, University of São Paulo Computational Systems Biology Laboratory (CSBL)

On Tue, Apr 21, 2020 at 6:15 PM João Vitor notifications@github.com wrote:

Massa! Por coincidência, também achei esse dataset do github e tava dando uma olhada nele no diretorio /worldwide_data/src. Parece bem simples de automatizar com o dicionário que eu já tenho.

Só tive dúvida de como estruturar a referência, pq eles agregam os dados de vários cantos porém o dado final é o tratado por eles (do datahubio https://datahub.io/core/covid-19), não achei uma situação parecida na wikidata de como proceder. O que você acha?

Vou dar uma buscada nesses outros datasets também, valeu pela dica!

— You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/lubianat/wikidata_covid19/issues/1#issuecomment-617418203, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AB4NC7ZFTG55L6SL4737G7DRNYEIXANCNFSM4ML6IA6A .