gdevenyi
commented
5 years ago Same errors using the example code:
import SimpleITK as sitk
...: import disptools.displacements as dsp
...: import disptools.drawing as drw
...:
...: # Create an example Jacobian map
...: # A spherical ROI with a Jacobian of 1.1 (expansion)
...: jacobian = drw.create_sphere(10, 40, fg_val=1.1, bg_val=1.0)
...:
...: # Create a binary mask for the ROI
...: mask = drw.create_sphere(10, 40) > 0
...:
...: # Generate the displacement
...: displacement = dsp.displacement(jacobian, mask=mask)
INFO:root:Size (42, 42, 42)
Iteration 0: total error 4.169057e+01 max voxel error 1.000000e-01 eta 1.000000e-01
Iteration 1: total error 3.767800e+01 max voxel error 1.025000e-01 eta 1.000000e-01
Iteration 2: total error 3.416297e+01 max voxel error 1.013584e-01 eta 1.200000e-01
Iteration 3: total error 3.095255e+01 max voxel error 1.014295e-01 eta 1.440000e-01
Iteration 4: total error 2.792110e+01 max voxel error 1.006818e-01 eta 1.728000e-01
Iteration 5: total error 2.499454e+01 max voxel error 1.006704e-01 eta 2.073600e-01
Iteration 6: total error 2.213361e+01 max voxel error 1.003411e-01 eta 2.488321e-01
Iteration 7: total error 1.932155e+01 max voxel error 1.003936e-01 eta 2.985985e-01
Iteration 8: total error 1.655839e+01 max voxel error 1.004028e-01 eta 3.583182e-01
Iteration 9: total error 1.403733e+01 max voxel error 1.003130e-01 eta 4.000000e-01
Iteration 10: total error 1.195901e+01 max voxel error 9.935379e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 11: total error 1.022061e+01 max voxel error 9.723294e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 12: total error 8.776272e+00 max voxel error 9.405363e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 13: total error 7.571195e+00 max voxel error 9.007967e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 14: total error 6.538893e+00 max voxel error 8.557022e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 15: total error 5.663041e+00 max voxel error 8.078063e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 16: total error 4.950387e+00 max voxel error 7.598853e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 17: total error 4.533962e+00 max voxel error 7.119632e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 18: total error 4.025313e+00 max voxel error 6.919014e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 19: total error 3.686731e+00 max voxel error 6.594694e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 20: total error 3.406360e+00 max voxel error 6.345820e-02 eta 2.880000e-01
Iteration 21: total error 3.074172e+00 max voxel error 6.102419e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 22: total error 2.842756e+00 max voxel error 5.918205e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 23: total error 2.606036e+00 max voxel error 5.721033e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 24: total error 2.370334e+00 max voxel error 5.386865e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 25: total error 2.232203e+00 max voxel error 5.972445e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 26: total error 1.999063e+00 max voxel error 5.338156e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 27: total error 1.854095e+00 max voxel error 5.627108e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 28: total error 1.671549e+00 max voxel error 4.551816e-02 eta 1.440000e-01
Iteration 29: total error 1.569178e+00 max voxel error 4.408491e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 30: total error 1.458386e+00 max voxel error 4.253674e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 31: total error 1.336401e+00 max voxel error 4.067469e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 32: total error 1.204530e+00 max voxel error 3.862584e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 33: total error 1.071164e+00 max voxel error 4.079080e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 34: total error 9.958804e-01 max voxel error 4.588461e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 35: total error 8.992261e-01 max voxel error 4.383492e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 36: total error 8.386999e-01 max voxel error 4.145873e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 37: total error 7.523102e-01 max voxel error 3.235316e-02 eta 1.440000e-01
Iteration 38: total error 7.060592e-01 max voxel error 2.961183e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 39: total error 6.565093e-01 max voxel error 2.854609e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 40: total error 6.019614e-01 max voxel error 2.735507e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 41: total error 5.433196e-01 max voxel error 2.726245e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 42: total error 4.868629e-01 max voxel error 2.821720e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 43: total error 4.504502e-01 max voxel error 2.740490e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 44: total error 4.161237e-01 max voxel error 2.565706e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 45: total error 3.869427e-01 max voxel error 3.000963e-02 eta 2.880000e-01
Iteration 46: total error 3.528799e-01 max voxel error 2.301490e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 47: total error 3.272822e-01 max voxel error 2.282906e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 48: total error 3.018977e-01 max voxel error 2.167249e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 49: total error 2.805161e-01 max voxel error 2.583516e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 50: total error 2.560512e-01 max voxel error 2.018666e-02 eta 1.791591e-01
Iteration 51: total error 2.371749e-01 max voxel error 2.032828e-02 eta 2.149909e-01
Iteration 52: total error 2.194462e-01 max voxel error 1.985490e-02 eta 2.579891e-01
Iteration 53: total error 2.095271e-01 max voxel error 2.524257e-02 eta 3.095869e-01
Iteration 54: total error 1.872542e-01 max voxel error 1.953423e-02 eta 1.857522e-01
Iteration 55: total error 1.735517e-01 max voxel error 2.013683e-02 eta 2.229026e-01
Iteration 56: total error 1.650538e-01 max voxel error 2.091348e-02 eta 2.674831e-01
Iteration 57: total error 1.459152e-01 max voxel error 1.617503e-02 eta 1.604899e-01
Iteration 58: total error 1.354755e-01 max voxel error 1.369357e-02 eta 1.925879e-01
Iteration 59: total error 1.252622e-01 max voxel error 1.422763e-02 eta 2.311054e-01
Iteration 60: total error 1.153871e-01 max voxel error 1.431632e-02 eta 2.773266e-01
Iteration 61: total error 1.111862e-01 max voxel error 1.922667e-02 eta 3.327919e-01
Iteration 62: total error 1.000900e-01 max voxel error 1.576006e-02 eta 1.996751e-01
Iteration 63: total error 9.449227e-02 max voxel error 1.739705e-02 eta 2.396102e-01
Iteration 64: total error 8.249310e-02 max voxel error 1.054764e-02 eta 1.437661e-01
Iteration 65: total error 7.729201e-02 max voxel error 9.918809e-03 eta 1.725193e-01
Iteration 66: total error 7.190663e-02 max voxel error 9.577870e-03 eta 2.070232e-01
Iteration 67: total error 6.603608e-02 max voxel error 9.180546e-03 eta 2.484279e-01
Iteration 68: total error 5.987564e-02 max voxel error 9.067178e-03 eta 2.981134e-01
Iteration 69: total error 5.492738e-02 max voxel error 1.168847e-02 eta 3.577361e-01
Iteration 70: total error 5.042106e-02 max voxel error 9.806991e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 71: total error 4.698703e-02 max voxel error 1.066899e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 72: total error 4.569136e-02 max voxel error 1.191223e-02 eta 2.880000e-01
Iteration 73: total error 3.975906e-02 max voxel error 9.537816e-03 eta 1.728000e-01
Iteration 74: total error 3.669360e-02 max voxel error 8.260846e-03 eta 2.073600e-01
Iteration 75: total error 3.426506e-02 max voxel error 9.210110e-03 eta 2.488320e-01
Iteration 76: total error 3.121822e-02 max voxel error 6.338596e-03 eta 1.492992e-01
Iteration 77: total error 2.924658e-02 max voxel error 6.145716e-03 eta 1.791591e-01
Iteration 78: total error 2.714594e-02 max voxel error 5.926371e-03 eta 2.149909e-01
Iteration 79: total error 2.486176e-02 max voxel error 5.668283e-03 eta 2.579891e-01
Iteration 80: total error 2.251615e-02 max voxel error 5.723476e-03 eta 3.095869e-01
Iteration 81: total error 2.101993e-02 max voxel error 7.849813e-03 eta 3.715043e-01
Iteration 82: total error 1.914391e-02 max voxel error 6.500483e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 83: total error 1.797470e-02 max voxel error 7.173181e-03 eta 2.400000e-01
Iteration 84: total error 1.605218e-02 max voxel error 4.565716e-03 eta 1.440000e-01
Iteration 85: total error 1.505964e-02 max voxel error 4.431844e-03 eta 1.728000e-01
Iteration 86: total error 1.401156e-02 max voxel error 4.279256e-03 eta 2.073600e-01
Iteration 87: total error 1.286449e-02 max voxel error 4.099846e-03 eta 2.488320e-01
Iteration 88: total error 1.165263e-02 max voxel error 3.896594e-03 eta 2.985985e-01
Iteration 89: total error 1.063008e-02 max voxel error 4.980206e-03 eta 3.583182e-01
Iteration 90: total error 9.785049e-03 max voxel error 4.189849e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 91: total error 9.108164e-03 max voxel error 4.563332e-03 eta 2.400000e-01
Iteration 92: total error 8.791749e-03 max voxel error 5.093813e-03 eta 2.880000e-01
Iteration 93: total error 7.721302e-03 max voxel error 4.094362e-03 eta 1.728000e-01
Iteration 94: total error 7.134668e-03 max voxel error 3.551364e-03 eta 2.073600e-01
Iteration 95: total error 6.654064e-03 max voxel error 3.966689e-03 eta 2.488320e-01
Iteration 96: total error 6.083455e-03 max voxel error 2.832294e-03 eta 1.492992e-01
Iteration 97: total error 5.700232e-03 max voxel error 2.746224e-03 eta 1.791591e-01
Iteration 98: total error 5.290784e-03 max voxel error 2.647996e-03 eta 2.149909e-01
Iteration 99: total error 4.845709e-03 max voxel error 2.532721e-03 eta 2.579891e-01
Iteration 100: total error 4.387955e-03 max voxel error 2.478957e-03 eta 3.095869e-01
Iteration 101: total error 4.090753e-03 max voxel error 3.423452e-03 eta 3.715043e-01
Iteration 102: total error 3.729813e-03 max voxel error 2.833486e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 103: total error 3.502598e-03 max voxel error 3.136992e-03 eta 2.400000e-01
Iteration 104: total error 3.131138e-03 max voxel error 2.039075e-03 eta 1.440000e-01
Iteration 105: total error 2.937867e-03 max voxel error 1.979232e-03 eta 1.728000e-01
Iteration 106: total error 2.733764e-03 max voxel error 1.910806e-03 eta 2.073600e-01
Iteration 107: total error 2.510424e-03 max voxel error 1.830578e-03 eta 2.488320e-01
Iteration 108: total error 2.274750e-03 max voxel error 1.739502e-03 eta 2.985985e-01
Iteration 109: total error 2.077749e-03 max voxel error 2.196074e-03 eta 3.583182e-01
Iteration 110: total error 1.912354e-03 max voxel error 1.845837e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 111: total error 1.781420e-03 max voxel error 2.017498e-03 eta 2.400000e-01
Iteration 112: total error 1.724724e-03 max voxel error 2.268910e-03 eta 2.880000e-01
Iteration 113: total error 1.510800e-03 max voxel error 1.813650e-03 eta 1.728000e-01
Iteration 114: total error 1.395920e-03 max voxel error 1.572967e-03 eta 2.073600e-01
Iteration 115: total error 1.303507e-03 max voxel error 1.764655e-03 eta 2.488320e-01
Iteration 116: total error 1.189269e-03 max voxel error 1.263261e-03 eta 1.492992e-01
Iteration 117: total error 1.114294e-03 max voxel error 1.224756e-03 eta 1.791591e-01
Iteration 118: total error 1.034320e-03 max voxel error 1.180887e-03 eta 2.149909e-01
Iteration 119: total error 9.474029e-04 max voxel error 1.129270e-03 eta 2.579891e-01
Iteration 120: total error 8.584728e-04 max voxel error 1.101971e-03 eta 3.095869e-01
Iteration 121: total error 8.041012e-04 max voxel error 1.541734e-03 eta 3.715043e-01
Iteration 122: total error 7.319092e-04 max voxel error 1.273990e-03 eta 2.000000e-01
Iteration 123: total error 6.885864e-04 max voxel error 1.415610e-03 eta 2.400000e-01
Iteration 124: total error 6.122192e-04 max voxel error 9.086132e-04 eta 1.440000e-01
Iteration 125: total error 5.741921e-04 max voxel error 8.819103e-04 eta 1.728000e-01
Iteration 126: total error 5.342650e-04 max voxel error 8.512735e-04 eta 2.073600e-01
Iteration 127: total error 4.906646e-04 max voxel error 8.155107e-04 eta 2.488320e-01
Iteration 128: total error 4.448291e-04 max voxel error 7.748604e-04 eta 2.985985e-01
Iteration 129: total error 4.078433e-04 max voxel error 9.934902e-04 eta 3.583182e-01
Iteration 130: total error 3.748271e-04 max voxel error 8.329153e-04 eta 2.000000e-01
Iteration 131: total error 3.496422e-04 max voxel error 9.136200e-04 eta 2.400000e-01
Iteration 132: total error 3.192622e-04 max voxel error 6.587505e-04 eta 1.440000e-01
Iteration 133: total error 2.999855e-04 max voxel error 6.394386e-04 eta 1.728000e-01
Iteration 134: total error 2.791558e-04 max voxel error 6.172657e-04 eta 2.073600e-01
Iteration 135: total error 2.562579e-04 max voxel error 5.912781e-04 eta 2.488320e-01
Iteration 136: total error 2.317804e-04 max voxel error 5.617142e-04 eta 2.985985e-01
Iteration 137: total error 2.093210e-04 max voxel error 6.505251e-04 eta 3.583182e-01
Iteration 138: total error 1.935454e-04 max voxel error 5.528927e-04 eta 2.000000e-01
Iteration 139: total error 1.795989e-04 max voxel error 5.990267e-04 eta 2.400000e-01
Iteration 140: total error 1.702814e-04 max voxel error 6.593466e-04 eta 2.880000e-01
Iteration 141: total error 1.525659e-04 max voxel error 5.408525e-04 eta 1.728000e-01
Iteration 142: total error 1.412938e-04 max voxel error 4.721880e-04 eta 2.073600e-01
Terminating: reached desired tolerance.
In [2]: displacement = dsp.displacement(jacobian, mask=mask, gpu_id=0)
INFO:root:Size (42, 42, 42)
Iteration 0: total error 4.169001e+01 max voxel error 1.000000e-01 eta 1.000000e-01
Iteration 1: total error 3.767780e+01 max voxel error 1.025000e-01 eta 1.000000e-01
Iteration 2: total error 3.416287e+01 max voxel error 1.013584e-01 eta 1.200000e-01
Iteration 3: total error 3.095257e+01 max voxel error 1.014295e-01 eta 1.440000e-01
Iteration 4: total error 2.792105e+01 max voxel error 1.006818e-01 eta 1.728000e-01
Iteration 5: total error 2.499453e+01 max voxel error 1.006704e-01 eta 2.073600e-01
Iteration 6: total error 2.213363e+01 max voxel error 1.003411e-01 eta 2.488321e-01
Iteration 7: total error 1.932154e+01 max voxel error 1.003936e-01 eta 2.985985e-01
Iteration 8: total error 1.655835e+01 max voxel error 1.004028e-01 eta 3.583182e-01
Iteration 9: total error 1.403731e+01 max voxel error 1.003130e-01 eta 4.000000e-01
Iteration 10: total error 1.195903e+01 max voxel error 9.935379e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 11: total error 1.022061e+01 max voxel error 9.723294e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 12: total error 8.776262e+00 max voxel error 9.405363e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 13: total error 7.571187e+00 max voxel error 9.007967e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 14: total error 6.538883e+00 max voxel error 8.557022e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 15: total error 5.663037e+00 max voxel error 8.078063e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 16: total error 4.950373e+00 max voxel error 7.598853e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 17: total error 4.533884e+00 max voxel error 7.119620e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 18: total error 4.025270e+00 max voxel error 6.919026e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 19: total error 3.686694e+00 max voxel error 6.594682e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 20: total error 3.406293e+00 max voxel error 6.345832e-02 eta 2.880000e-01
Iteration 21: total error 3.074154e+00 max voxel error 6.102419e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 22: total error 2.842746e+00 max voxel error 5.918205e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 23: total error 2.606024e+00 max voxel error 5.720484e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 24: total error 2.370300e+00 max voxel error 5.386865e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 25: total error 2.232041e+00 max voxel error 5.970454e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 26: total error 1.998966e+00 max voxel error 5.336559e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 27: total error 1.853985e+00 max voxel error 5.625379e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 28: total error 1.671541e+00 max voxel error 4.551816e-02 eta 1.440000e-01
Iteration 29: total error 1.569177e+00 max voxel error 4.408491e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 30: total error 1.458385e+00 max voxel error 4.253662e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 31: total error 1.336399e+00 max voxel error 4.067469e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 32: total error 1.204527e+00 max voxel error 3.862596e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 33: total error 1.071142e+00 max voxel error 4.078305e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 34: total error 9.957523e-01 max voxel error 4.586542e-02 eta 4.000000e-01
Iteration 35: total error 8.991528e-01 max voxel error 4.382002e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 36: total error 8.386085e-01 max voxel error 4.144216e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 37: total error 7.523035e-01 max voxel error 3.234839e-02 eta 1.440000e-01
Iteration 38: total error 7.060565e-01 max voxel error 2.961183e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 39: total error 6.565081e-01 max voxel error 2.854609e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 40: total error 6.019588e-01 max voxel error 2.735507e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 41: total error 5.435179e-01 max voxel error 2.725828e-02 eta 2.985985e-01
Iteration 42: total error 4.870992e-01 max voxel error 2.820861e-02 eta 3.583182e-01
Iteration 43: total error 4.506922e-01 max voxel error 2.739799e-02 eta 2.000000e-01
Iteration 44: total error 4.163606e-01 max voxel error 2.564979e-02 eta 2.400000e-01
Iteration 45: total error 3.896616e-01 max voxel error 2.203810e-02 eta 1.440000e-01
Iteration 46: total error 3.666542e-01 max voxel error 2.140462e-02 eta 1.728000e-01
Iteration 47: total error 3.412113e-01 max voxel error 2.065063e-02 eta 2.073600e-01
Iteration 48: total error 3.130282e-01 max voxel error 1.979148e-02 eta 2.488320e-01
Iteration 49: total error 3.050168e-01 max voxel error 1.954150e-02 eta 7.464962e-02
Iteration 50: total error 3.050168e-01 max voxel error 1.954150e-02 eta 6.674196e-10
Error not decreasing, terminating.
m-pilia
Running on anaconda:
With disptools installed via pip, with cuda enabled:
And nvidia-430, cuda-10-1, on Ubuntu 14.04.5
Running in CPU mode:
But fails with cuda: