search

maartenmennes / ICA-AROMA

ICA-AROMA Software Package: a data-driven method to identify and remove head motion-related artefacts from functional MRI data.
Apache License 2.0
91 stars 53 forks source link

ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'ERROR: Could not open file' #39

Closed GerardYu closed 5 years ago

GerardYu commented 5 years ago

Hi Maarten

i encountered the following error. Not sure what's wrong. Would greatly appreciate your help. Thanks in advance!

------------------------------- RUNNING ICA-AROMA ------------------------------- --------------- 'ICA-based Automatic Removal Of Motion Artifacts' ---------------

Step 1) MELODIC Step 2) Automatic classification of the components

maartenmennes commented 5 years ago

something is going wrong with your registration step and accordingly, it can't find the needed file. Check that your .feat directory contains all registrations steps etc.

GerardYu commented 5 years ago

i dont know if this is related but i ran the command

"../../Python-2.7.16/python ../../ICA-AROMA/ICA_AROMA.py -in filtered_func_data.nii.gz -out ICA_AROMA -affmat reg/example_func2highres.nii.gz -warp reg/highres2standard_warp.nii.gz -mc mc/prefiltered_func_data_mcf.par"

in the subject's feat folder, and i got this:

"The specified input file does not exist. The specified mc file does does not exist. The specified affmat file does not exist. The specified warp file does not exist."

However if i spell out the full path: "../../Python-2.7.16/python ../../ICA-AROMA/ICA_AROMA.py -in /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/filtered_func_data.nii.gz -out /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/test -affmat /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/reg/example_func2highres.nii.gz -warp /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/reg/highres2standard_warp.nii.gz -mc /bcs/projects/gerard_TDCSCogTraining/cross/REST/001/s1001REST.feat/mc/prefiltered_func_data_mcf.par"

i am able to proceed with ICA-AROMA until the error at step 2 (as described in the original post).

I've checked that all these files exist in where they are supposed to be, and can be opened with viewers without any issues.

The feat preprocessing ran fine without any errors. I have pasted the output of find $pwd in the subject's feat directory below ./logs ./logs/feat1 ./logs/feat9 ./logs/feat0_init.o73098 ./logs/feat0_init.e73098 ./logs/feat1a_init ./logs/feat2_pre.o73856 ./logs/feat2_pre.e73856 ./logs/feat2_pre ./logs/feat5_stop.o80324 ./logs/feat5_stop.e80324 ./logs/feat0 ./report_log.html ./design.fsf ./design.min ./design.frf ./design.mat ./design.trg ./design.con ./design_cov.ppm ./design_cov.png ./design.ppm ./design.png ./.files ./.files/fsl.css ./.files/images ./.files/images/fsl-macos-snapshot.tiff ./.files/images/fsl-bg ./.files/images/fslstart.jpg ./.files/images/fsl-bg.jpg ./.files/images/fsl-logo.png ./.files/images/fugue-bg.jpg ./.files/images/fsl-logo.gif ./.files/images/flirt-bg.jpg ./.files/images/fsl-logo.jpg ./.files/images/vert2.png ./.files/images/3.1r.jpg ./.files/images/fsl-logo-big.jpg ./.files/images/fslstart.png ./.files/images/tick.gif ./.files/images/3.jpg ./report_stats.html ./report_poststats.html ./example_func.nii.gz ./reg ./reg/example_func.nii.gz ./reg/highres.nii.gz ./reg/highres_head.nii.gz ./reg/standard.nii.gz ./reg/standard_head.nii.gz ./reg/standard_mask.nii.gz ./reg/example_func2highres_fast_wmseg.nii.gz ./reg/example_func2highres_fast_wmedge.nii.gz ./reg/example_func2highres_init.mat ./reg/example_func2highres.mat ./reg/example_func2highres.nii.gz ./reg/highres2example_func.mat ./reg/example_func2highres.png ./reg/highres2standard.mat ./reg/highres2standard_linear.nii.gz ./reg/highres_head_to_standard_head.log ./reg/highres2standard_warp.nii.gz ./reg/highres2highres_jac.nii.gz ./reg/highres2standard.nii.gz ./reg/standard2highres.mat ./reg/highres2standard.png ./reg/example_func2standard.mat ./reg/example_func2standard_warp.nii.gz ./reg/example_func2standard.nii.gz ./reg/standard2example_func.mat ./reg/example_func2standard1.png ./reg/example_func2standard.png ./report_unwarp.html ./report_reg.html ./mc ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0000 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0001 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0002 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0003 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0004 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0005 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0006 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0007 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0008 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0009 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0010 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0011 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0012 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0013 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0014 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0015 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0016 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0017 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0018 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0019 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0020 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0021 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0022 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0023 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0024 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0025 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0026 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0027 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0028 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0029 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0030 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0031 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0032 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0033 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0034 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0035 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0036 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0037 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0038 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0039 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0040 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0041 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0042 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0043 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0044 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0045 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0046 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0047 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0048 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0049 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0050 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0051 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0052 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0053 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0054 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0055 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0056 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0057 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0058 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0059 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0060 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0061 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0062 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0063 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0064 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0065 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0066 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0067 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0068 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0069 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0070 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0071 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0072 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0073 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0074 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0075 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0076 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0077 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0078 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0079 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0080 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0081 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0082 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0083 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0084 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0085 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0086 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0087 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0088 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0089 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0090 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0091 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0092 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0093 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0094 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0095 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0096 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0097 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0098 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0099 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0100 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0101 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0102 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0103 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0104 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0105 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0106 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0107 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0108 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0109 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0110 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0111 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0112 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0113 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0114 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0115 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0116 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0117 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0118 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0119 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0120 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0121 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0122 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0123 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0124 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0125 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0126 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0127 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0128 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0129 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0130 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0131 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0132 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0133 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0134 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0135 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0136 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0137 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0138 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0139 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0140 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0141 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0142 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0143 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0144 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0145 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0146 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0147 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0148 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0149 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0150 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0151 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0152 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0153 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0154 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0155 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0156 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0157 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0158 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0159 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0160 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0161 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0162 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0163 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0164 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0165 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0166 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0167 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0168 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0169 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0170 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0171 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0172 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0173 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0174 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0175 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0176 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0177 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0178 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0179 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0180 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0181 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0182 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0183 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0184 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0185 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0186 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0187 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0188 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0189 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0190 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0191 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0192 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0193 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0194 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0195 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0196 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0197 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0198 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0199 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0200 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0201 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0202 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0203 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0204 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0205 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0206 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0207 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0208 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0209 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0210 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0211 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0212 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0213 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0214 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0215 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0216 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0217 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0218 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0219 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0220 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0221 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0222 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0223 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0224 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0225 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0226 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0227 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0228 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0229 ./mc/prefiltered_func_data_mcf.par ./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs.rms ./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs_mean.rms ./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel.rms ./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel_mean.rms ./mc/rot.png ./mc/trans.png ./mc/disp.png ./mean_func.nii.gz ./mask.nii.gz ./filtered_func_data.nii.gz ./absbrainthresh.txt ./report_prestats.html ./report.html

maartenmennes commented 5 years ago

yes, always run ICA-AROMA by specifying full paths to your files e.g., /home/me/mydata/sub001/preprocessing/filtered_func_data.nii.gz instead of filtered_func_data.nii.gz, even if you run it from the folder where the data is.