search

madamow / pymoogi

python wrapper for MOOG. All plots are handled with matplotlib.
10 stars 4 forks source link

Problem with MOOG executable? \rm command not found #10

Closed hamzahakhan closed 3 years ago

hamzahakhan commented 3 years ago

Hi! I installed pymoogi on my Macbook (version 10.14.5 Mojave) and it seems the MOOG executable isn't working properly. When I run it, it plots the spectra fine but fails to output a proper synthesis. This error pops up right before it plots:

Screen Shot 2021-10-04 at 8 06 20 PM

Here is what the plot looks like using the example .par file:

pymoogiex

This is what the out2 file spits out:

ALL abundances NOT listed below differ from solar by -0.27 dex element Li: abundance = 3.38 element C : abundance = 7.86 element N : abundance = 8.16 element O : abundance = 8.42 Isotopic Ratio: [ 3/ 3.00060] = 100.000 Isotopic Ratio: [ 3/ 3.00070] = 1.000 Isotopic Ratio: [ 607/ 607.01214] = 1.000 Isotopic Ratio: [ 607/ 607.01314] = 20.000 MODEL: 5121./ 2.97/ -0.27 mic = 1.0600 vt= 1.06 M/H=-0.27 6100.000 6105.000 0.020 5.000 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

I've tried it with other data and with similar results. I have also tried reinstalling and the problem persists. I suspect it's a system issue but wanted to see if you have any ideas. Alternatively, is there anyway to apply this wrapper to my already working version of MOOG (moog17scat)?

Thank you for your time and help!

madamow commented 3 years ago

The \rm command not found should not impact Moog's outputs. But the fact, that you get bunch of Nans in your output points that something is not working for MOOG (sometimes it is a problem with inputs, but I cannot tell if I can't recreate the error. But as the example does not work for you it must be something with system/versions etc). But... if you have MOOG executable working for you, you can use it. Switch to MOOG in silent mode (drop the Mongo plot) and set the MOOGPATH to the dir with your working MOOG executable. This will produce all outputs with your working version.