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mahmoodlab / CLAM

Data-efficient and weakly supervised computational pathology on whole slide images - Nature Biomedical Engineering
http://clam.mahmoodlab.org
GNU General Public License v3.0
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difference among seg_level, patch_level and custom_downsample about TCGA-BRCA #207

Closed ljhOfGithub closed 10 months ago

ljhOfGithub commented 10 months ago

If I want to extract features of patches in TCGA-BRCA at 20x magnification, how should I set parameters in create_patches_fp and extract_features_fp?

ljhOfGithub commented 10 months ago

How can I get the type of scanner?

ljhOfGithub commented 10 months ago

How can I get the type of scanner?我怎样才能获得扫描仪的类型？

I know.Use the wsi.properties to get the dict.

ljhOfGithub commented 10 months ago

If I want to extract features of patches in TCGA-BRCA at 20x magnification, how should I set parameters in create_patches_fp and extract_features_fp?如果我想在TCGA-BRCA中以20倍放大率提取斑块的特征，我应该如何设置create_patches_fp和extract_features_fp中的参数？

See https://github.com/mahmoodlab/CLAM/issues/115

syy-create commented 7 months ago

您好，关于您如何利用create_patches_fp获得20x视野,您的解决办法是设置level=0，patches=512，以获得40x视野，之后利用custom_downsample=2来获得20x视野吗？还是说有其他方法可以直接获得20x视野的patch，期待你的回复，谢谢。

ljhOfGithub commented 7 months ago

您好，关于您如何利用create_patches_fp获得20x视野,您的解决办法是设置level=0，patches=512，以获得40x视野，之后利用custom_downsample=2来获得20x视野吗？还是说有其他方法可以直接获得20x视野的patch，期待你的回复，谢谢。

应该是的，因为原本tcga数据集的wsi默认的放大倍数AppMag都是40x，按照这里的说法（作者也肯定了）https://github.com/mahmoodlab/CLAM/issues/115 你的理解应该是对的，记得step_size也是512

syy-create commented 7 months ago

你好，非常感谢你的回复。我最近刚尝试这方面的工作。还有几个问题想要了解。1、请问你是否清楚为什么不直接获取20x视野的patches呢？是因为直接level设置，不容易得到合适的视野吗？ 2、step_size和patch_size的大小是不是要最好保持一致呀 3、就是我看到好多人提到了wsi这个类，请问这个类是openslide的类吗？ 再次感谢。  

^^^^^^ @.***

 

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>; 发送时间: 2023年11月29日(星期三) 下午4:28 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [mahmoodlab/CLAM] difference among seg_level, patch_level and custom_downsample about TCGA-BRCA (Issue #207)

应该是的，因为原本tcga数据集的wsi默认的放大倍数AppMag都是40x，按照这里的说法（作者也肯定了）https://github.com/mahmoodlab/CLAM/issues/115，你的理解应该是对的，记得step_size也是512

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weiaicunzai commented 6 months ago

你好，非常感谢你的回复。我最近刚尝试这方面的工作。还有几个问题想要了解。1、请问你是否清楚为什么不直接获取20x视野的patches呢？是因为直接level设置，不容易得到合适的视野吗？ 2、step_size和patch_size的大小是不是要最好保持一致呀 3、就是我看到好多人提到了wsi这个类，请问这个类是openslide的类吗？ 再次感谢。   ^^^^^^ @.   … ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.>; 发送时间: 2023年11月29日(星期三) 下午4:28 收件人: @.>; 抄送: @.>; @.>; 主题: Re: [mahmoodlab/CLAM] difference among seg_level, patch_level and custom_downsample about TCGA-BRCA (Issue #207) 应该是的，因为原本tcga数据集的wsi默认的放大倍数AppMag都是40x，按照这里的说法（作者也肯定了）#115，你的理解应该是对的，记得step_size也是512 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you commented.Message ID: @.>

有时候整个病理图像svs文件里没有20x得扫描，只有40x的。