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mahmoodlab / CLAM

Data-efficient and weakly supervised computational pathology on whole slide images - Nature Biomedical Engineering
http://clam.mahmoodlab.org
GNU General Public License v3.0
975 stars 329 forks source link

".ndpi" type WSI #210

Closed LiuJin629 closed 4 months ago

LiuJin629 commented 8 months ago

My whole slides' type is ".ndpi", could I use this pipeline to patch my whole slides?

Wan-Jiayu commented 7 months ago

@LiuJin629 Hello!May I ask if you have successfully used this code to patch WSIs with ‘.ndpi’ suffix?

LiuJin629 commented 7 months ago

@Wan-Jiayu 你好，并没有，我在使用CLAM切ndpi的病理片子时，发现clam的切图并不能准确识别到ndpi中的组织区域(切是可以切，但是这样切出来有很多非组织区域的杂图。在我使用svs时该clam切图代码可以准确识别到组织区域，也就是切图的结果中，绿色的框框可以精准框出组织，而ndpi的片子会生成一个绿色的大框将整个病理片子都框起来)，所以我切ndpi片子时还是存在问题的

Wan-Jiayu commented 7 months ago

@LiuJin629 我今天尝试了一下切ndpi后缀的WSI，并且成功了，我并没有遇到你说的这些问题，我切出来的效果还不错 image

LiuJin629 commented 7 months ago

@Wan-Jiayu 确实哎，你切的没有问题，我切ndpi时绿色框把全部wsi都框出来了。还有个问题，clam现在切图切出来后的那个hdf5文件中是不是存的不是实际的patch，而是patch的在wsi上的坐标呀

Wan-Jiayu commented 7 months ago

@LiuJin629 你用presets文件夹里的bwh_biopsy.csv里的设置去切试试，也就是把preset参数设为bwh_biopsy.csv。hdf5文件只存坐标是为了节省存储空间，因为在后面的多示例学习中其实只需要patch的特征就行，而不需要patch本身。只存坐标可以节省内存，后续提特征会根据patch左上角的坐标取那一部分的图，直接提。

Wan-Jiayu commented 7 months ago

@LiuJin629 #45 作者在之前的问题里说过怎么去获得patch原图，需要自己写程序，根据hdf5文件里存储的坐标从原图将patch切下来

LiuJin629 commented 7 months ago

@Wan-Jiayu 好的十分感谢！