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mariusrueve / scrnaseq

UNDER DEVELOPMENT: Workflow for single-cell RNA-seq analysis using Seurat
MIT License
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New Fork #1

Open mariusrueve opened 4 years ago

mariusrueve commented 4 years ago

@tglomb @Oliver-D-B,

Ich musste das Repo neu forken. Werde dem Fortschritt nun hier dokumentieren.

colindaven commented 4 years ago

Hi @mariusrueve . Wo wird der Fortschritt dokumentiert, hier ist ja nichts.

Auch sehe ich schon dass ihr unbedingt alles wieder zusammenmergen musst, wie in der aktuellen Gespräch diskutiert worden ist. Die Forks sind schon ganz weit auseinander. Je mehr Änderungen, desto schwieriger wird der Merge ...... am besten bald ein Pull Request an Kathrin machen ?

This branch is 7 commits ahead, 17 commits behind ktrns:master.

mariusrueve commented 4 years ago

shiny_app (https://github.com/mariusrueve/scrnaseq/commit/ad879d4dcaec20bd007ad0d6d0cc24f5b2562540)

So sieht die App zurzeit aus. Ich habe mich für shiny entschieden, da dies deutlich flexibler ist als flexdashboard. Nun versuche ich die Aufmachung mit den Tabs zu immitieren, da ich dies recht ansprechend fand.

Ich habe versucht mit Patchwork zu arbeiten, jedoch wurde dadurch die Qualität der Bilder stark verringert und die skalierung der Bilder war selbst mit coord_fixed() immer etwas komisch. Deshalb versuche ich mit der Funktion von Seurat zu arbeiten.

Im Bild sieht man, dass bei der Auswahl der Gene die Ensembl IDs mit angezeigt werden. @tglomb und ich haben überlegt, ob man die Funktion von Seurat leicht abändern kann, sodass man den Titel ändern kann um dort auch die Ensembl IDs anzeigen zu lassen (https://github.com/mariusrueve/scrnaseq/commit/21a97b5df02f7ce2f8b63b4f1467fb08b59246e4). Wir haben bereits versucht den Titel über ggtitle oder labs(title = ) zu ändern. Die herangehensweise über die FeaturePlot Funktion hat bisher auch noch nicht funktioniert.