search

materialsproject / pymatgen

Python Materials Genomics (pymatgen) is a robust materials analysis code that defines classes for structures and molecules with support for many electronic structure codes. It powers the Materials Project.
https://pymatgen.org
Other
1.52k stars 867 forks source link

Pymatgen does not support for Python3.7(PyYAML 3.13 has been installed) #1194

Closed WenT-Ethan closed 6 years ago

WenT-Ethan commented 6 years ago

When reporting bugs/issues, please supply the following information. If this is a feature request, please simply state the requested feature.

System

Summary

Example code

# Example code generating error

Error message

Collecting pymatgen
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/2c/f3/42a42cfe55dec0b7b8b5df383bc54baf36736ffcb3801c93cdbb7303ea83/pymatgen-2018.6.27.tar.gz (1.7MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.8MB 3.4MB/s
Requirement already satisfied: numpy>=1.14.3 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.14.5)
Requirement already satisfied: six in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.11.0)
Requirement already satisfied: requests in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (2.19.1)
Requirement already satisfied: ruamel.yaml>=0.15.6 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (0.15.42)
Requirement already satisfied: monty>=0.9.6 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.0.3)
Requirement already satisfied: scipy>=1.0.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.1.0)
Requirement already satisfied: pydispatcher>=2.0.5 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (2.0.5)
Requirement already satisfied: tabulate in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (0.8.2)
Requirement already satisfied: spglib>=1.9.9.44 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.10.3.65)
Requirement already satisfied: matplotlib>=1.5 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (2.2.2)
Requirement already satisfied: palettable>=2.1.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (3.1.1)
Requirement already satisfied: sympy in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (1.1.1)
Requirement already satisfied: pandas in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from pymatgen) (0.23.1)
Requirement already satisfied: chardet<3.1.0,>=3.0.2 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from requests->pymatgen) (3.0.4)
Requirement already satisfied: urllib3<1.24,>=1.21.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from requests->pymatgen) (1.23)
Requirement already satisfied: certifi>=2017.4.17 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from requests->pymatgen) (2018.4.16)
Requirement already satisfied: idna<2.8,>=2.5 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from requests->pymatgen) (2.7)
Requirement already satisfied: kiwisolver>=1.0.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from matplotlib>=1.5->pymatgen) (1.0.1)
Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from matplotlib>=1.5->pymatgen) (2.7.3)
Requirement already satisfied: pytz in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from matplotlib>=1.5->pymatgen) (2018.5)
Requirement already satisfied: pyparsing!=2.0.4,!=2.1.2,!=2.1.6,>=2.0.1 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from matplotlib>=1.5->pymatgen) (2.2.0)
Requirement already satisfied: cycler>=0.10 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from matplotlib>=1.5->pymatgen) (0.10.0)
Requirement already satisfied: mpmath>=0.19 in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from sympy->pymatgen) (1.0.0)
Requirement already satisfied: setuptools in /usr/local/lib/python3.7/site-packages (from kiwisolver>=1.0.1->matplotlib>=1.5->pymatgen) (39.2.0)
Building wheels for collected packages: pymatgen
  Running setup.py bdist_wheel for pymatgen ... error
  Complete output from command /usr/local/opt/python/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-install-126i33a8/pymatgen/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d /private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-wheel-h1tdlpza --python-tag cp37:
  running bdist_wheel
  running build
  running build_py
  creating build
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
  copying pymatgen/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
  copying pymatgen/dao.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/compatibility.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/computed_entries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/entry_tools.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/exp_entries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/post_processors_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/xcfunc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/periodic_table.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/units.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/ion.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/libxcfunc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/operations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/molecular_orbitals.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/spectrum.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/bonds.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/sites.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/lattice.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/composition.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/surface.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/defect_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/standard_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/transformation_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/advanced_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  copying pymatgen/transformations/site_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/eos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/energy_models.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/path_finder.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/reaction_calculator.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/find_dimension.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/diffusion_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/surface_analysis.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/structure_matcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/pourbaix_diagram.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/wulff.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/local_env.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/phase_diagram.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/molecule_matcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/structure_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/piezo.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/ewald.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/nmr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/thermochemistry.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bond_valence.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/excitation.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/adsorption.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/graphs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/transition_state.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/quasiharmonic.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/substrate_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/interface_reactions.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/convergence.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/num.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/plotting.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/coord.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/io_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/string.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/provenance.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/testing.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  copying pymatgen/util/serialization.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
  copying pymatgen/optimization/linear_assignment_numpy.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
  copying pymatgen/optimization/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/jhu.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/cod.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
  copying pymatgen/ext/matproj.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/fiesta.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/ase.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xyz.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/atat.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/aiida.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/nwchem.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/qchem.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/lmto.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/zeopp.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/pwscf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/babel.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/lobster.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/cssr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/phonopy.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/cif.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/gaussian.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/xcrysden.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  copying pymatgen/io/adf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
  copying pymatgen/phonon/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pydii.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/feff_plot_dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_query.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_plot.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/feff_plot_cross_section.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_potcar.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_analyze.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg_config.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/gaussian_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/get_environment.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/pmg.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  copying pymatgen/cli/feff_input_generation.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/groups.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/settings.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/maggroups.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/structure_vtk.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/plotters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/structure_chemview.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  copying pymatgen/vis/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/cohp.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/boltztrap.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/core.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  copying pymatgen/electronic_structure/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/bader_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/critic2_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/enumlib_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/aconvasp_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/command_line/gulp_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps
  copying pymatgen/apps/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/materials.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/transmuters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
  copying pymatgen/alchemy/filters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/tensors.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/stress.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/elastic.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  copying pymatgen/analysis/elasticity/strain.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/volume_predictor.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitution_probability.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitutor.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
  copying pymatgen/analysis/cost/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
  copying pymatgen/analysis/cost/cost.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
  copying pymatgen/analysis/xas/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
  copying pymatgen/analysis/xas/spectrum.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/dilute_solution_model.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/point_defects.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/defects/surf_error.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv
  copying pymatgen/analysis/chemenv/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/xrd.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/core.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/polarization.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
  copying pymatgen/analysis/hhi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
  copying pymatgen/analysis/hhi/hhi.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
  copying pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometry_finder.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/structure_environments.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/voronoi.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/chemenv_strategies.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_config.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/coordination_geometry_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/func_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/math_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/defs_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/scripts_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_errors.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/db.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abiobjects.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/qjobs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/tasks.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abiinspect.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/events.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/abitimer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/works.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/scheduler_error_handlers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/qadapters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/calculations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/qutils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/netcdf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/pseudos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/wrappers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/flows.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/launcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/nodes.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/scheduler_error_parsers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  copying pymatgen/io/abinit/helpers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
  copying pymatgen/io/exciting/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
  copying pymatgen/io/exciting/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/input.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/data.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  copying pymatgen/io/lammps/output.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  copying pymatgen/io/qchem_io/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  copying pymatgen/io/qchem_io/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  copying pymatgen/io/qchem_io/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  copying pymatgen/io/qchem_io/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  copying pymatgen/io/qchem_io/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/queen.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
  copying pymatgen/apps/borg/hive.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/conversion_battery.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/insertion_battery.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/apps/battery/battery_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
  copying pymatgen/entries/MPCompatibility.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/entries/MITCompatibility.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
  copying pymatgen/core/reconstructions_archive.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/bond_lengths.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/func_groups.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/periodic_table.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/core/libxc_docs.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
  copying pymatgen/analysis/icsd_bv.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bonds_jmol_ob.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/bvparam_1991.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/op_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/cn_opt_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  copying pymatgen/analysis/ionic_radii.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
  creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li2O.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/LiFePO4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li10GeP2S12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/K2O2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li3V2(PO4)3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Graphite.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/He_BCC.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/TiO2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/CsCl.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/BaNiO3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Li2O2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Si.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/NaFePO4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/VO2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/Sn.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/util/structures/SrTiO3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
  copying pymatgen/symmetry/symm_data.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_ops.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_data.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/symmetry/symm_ops.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
  copying pymatgen/vis/ElementColorSchemes.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
  copying pymatgen/command_line/OxideTersoffPotentials -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
  copying pymatgen/analysis/structure_prediction/DLS_bond_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
  copying pymatgen/analysis/cost/costdb_elements.csv -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
  copying pymatgen/analysis/defects/ionic_radii.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
  copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron_scattering_length.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/diffraction/atomic_scattering_params.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
  copying pymatgen/analysis/hhi/hhi_data.csv -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/ImprovedConfidenceCutoffDefaultParameters.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/allcg.txt -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_2#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TY#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PCPA#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_2#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBT#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TI#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/AC#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBSA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#13.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HP#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/FO#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBSA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/L#2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DI#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_1#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DDPN#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TS#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SMA#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_3#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#1.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBT#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SC#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TC#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PBP#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_3#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TL#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/CO#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_3#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ST#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HD#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_2#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_1#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_1#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/MI#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HB#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ET#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/A#2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6_explicit.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SA#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SY#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HA#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PB#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_2#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_1#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/I#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#20.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
  copying pymatgen/io/feff/MPEXAFSSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPELNESSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPXANESSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/feff/MPEXELFSSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
  copying pymatgen/io/vasp/MVLGWSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MPHSERelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/VASPIncarBase.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MPRelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/MITRelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  copying pymatgen/io/vasp/vdW_parameters.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
  running build_ext
  building 'pymatgen.optimization.linear_assignment' extension
  creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7
  creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
  creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
  clang -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/openssl/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m -I/usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include -c pymatgen/optimization/linear_assignment.c -o build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization/linear_assignment.o
  In file included from pymatgen/optimization/linear_assignment.c:275:
  In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4:
  In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18:
  In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1816:
  /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: "Using deprecated NumPy API, disable it by "          "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-W#warnings]
  #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " \
   ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21345:21: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      *type = tstate->exc_type;
              ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21346:22: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      *value = tstate->exc_value;
                       ^~~~~~~~~
                       curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21347:19: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      *tb = tstate->exc_traceback;
                    ^~~~~~~~~~~~~
                    curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21354:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tmp_type = tstate->exc_type;
                 ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21355:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      tmp_value = tstate->exc_value;
                          ^~~~~~~~~
                          curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21356:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                       ^~~~~~~~~~~~~
                       curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21357:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tstate->exc_type = type;
      ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21358:13: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      tstate->exc_value = value;
              ^~~~~~~~~
              curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21359:13: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      tstate->exc_traceback = tb;
              ^~~~~~~~~~~~~
              curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21414:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tmp_type = tstate->exc_type;
                 ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21415:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      tmp_value = tstate->exc_value;
                          ^~~~~~~~~
                          curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21416:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                       ^~~~~~~~~~~~~
                       curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21417:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tstate->exc_type = local_type;
      ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21418:13: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      tstate->exc_value = local_value;
              ^~~~~~~~~
              curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21419:13: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      tstate->exc_traceback = local_tb;
              ^~~~~~~~~~~~~
              curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21441:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tmp_type = tstate->exc_type;
                 ~~~~~~  ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21442:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
      tmp_value = tstate->exc_value;
                          ^~~~~~~~~
                          curexc_value
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
      PyObject *curexc_value;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21443:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
      tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                       ^~~~~~~~~~~~~
                       curexc_traceback
  /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
      PyObject *curexc_traceback;
                ^
  pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21444:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
      tstate->exc_type = *type;
      ~~~~~~  ^
  fatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]
  1 warning and 20 errors generated.
  error: command 'clang' failed with exit status 1

  ----------------------------------------
  Failed building wheel for pymatgen
  Running setup.py clean for pymatgen
Failed to build pymatgen
Installing collected packages: pymatgen
  Running setup.py install for pymatgen ... error
    Complete output from command /usr/local/opt/python/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-install-126i33a8/pymatgen/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-record-zlynknb9/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    running install
    running build
    running build_py
    creating build
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
    copying pymatgen/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
    copying pymatgen/dao.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/compatibility.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/computed_entries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/entry_tools.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/exp_entries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/post_processors_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/xcfunc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/periodic_table.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/units.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/ion.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/libxcfunc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/operations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/molecular_orbitals.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/spectrum.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/bonds.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/sites.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/lattice.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/composition.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/surface.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/defect_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/standard_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/transformation_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/advanced_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    copying pymatgen/transformations/site_transformations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/transformations
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/eos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/energy_models.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/path_finder.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/reaction_calculator.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/find_dimension.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/diffusion_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/surface_analysis.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/structure_matcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/pourbaix_diagram.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/wulff.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/local_env.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/phase_diagram.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/molecule_matcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/structure_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/piezo.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/ewald.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/nmr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/molecule_structure_comparator.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/thermochemistry.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/bond_valence.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/excitation.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/adsorption.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/graphs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/transition_state.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/quasiharmonic.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/substrate_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/interface_reactions.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/convergence.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/num.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/plotting.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/coord.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/io_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/string.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/provenance.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/testing.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    copying pymatgen/util/serialization.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
    copying pymatgen/optimization/linear_assignment_numpy.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
    copying pymatgen/optimization/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
    copying pymatgen/ext/jhu.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
    copying pymatgen/ext/cod.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
    copying pymatgen/ext/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
    copying pymatgen/ext/matproj.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/ext
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/fiesta.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/ase.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/xyz.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/atat.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/aiida.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/nwchem.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/qchem.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/xr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/lmto.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/zeopp.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/pwscf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/babel.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/lobster.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/cssr.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/phonopy.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/cif.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/gaussian.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/xcrysden.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    copying pymatgen/io/adf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
    copying pymatgen/phonon/dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
    copying pymatgen/phonon/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
    copying pymatgen/phonon/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
    copying pymatgen/phonon/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/phonon
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pydii.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/feff_plot_dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_query.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_plot.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/feff_plot_cross_section.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_potcar.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_analyze.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg_config.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/gaussian_analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/get_environment.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/pmg.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    copying pymatgen/cli/feff_input_generation.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/cli
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/groups.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/structure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/settings.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/maggroups.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    copying pymatgen/vis/structure_vtk.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    copying pymatgen/vis/plotters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    copying pymatgen/vis/structure_chemview.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    copying pymatgen/vis/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/cohp.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/dos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/boltztrap.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/core.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    copying pymatgen/electronic_structure/bandstructure.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/electronic_structure
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/bader_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/critic2_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/enumlib_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/aconvasp_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/command_line/gulp_caller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps
    copying pymatgen/apps/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
    copying pymatgen/alchemy/materials.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
    copying pymatgen/alchemy/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
    copying pymatgen/alchemy/transmuters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
    copying pymatgen/alchemy/filters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/alchemy
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    copying pymatgen/analysis/elasticity/tensors.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    copying pymatgen/analysis/elasticity/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    copying pymatgen/analysis/elasticity/stress.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    copying pymatgen/analysis/elasticity/elastic.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    copying pymatgen/analysis/elasticity/strain.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/elasticity
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    copying pymatgen/analysis/structure_prediction/volume_predictor.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitution_probability.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    copying pymatgen/analysis/structure_prediction/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    copying pymatgen/analysis/structure_prediction/substitutor.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
    copying pymatgen/analysis/cost/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
    copying pymatgen/analysis/cost/cost.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
    copying pymatgen/analysis/xas/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
    copying pymatgen/analysis/xas/spectrum.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/xas
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    copying pymatgen/analysis/defects/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    copying pymatgen/analysis/defects/dilute_solution_model.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    copying pymatgen/analysis/defects/point_defects.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    copying pymatgen/analysis/defects/surf_error.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv
    copying pymatgen/analysis/chemenv/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/diffraction/xrd.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/diffraction/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/diffraction/core.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
    copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
    copying pymatgen/analysis/ferroelectricity/polarization.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/ferroelectricity
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
    copying pymatgen/analysis/hhi/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
    copying pymatgen/analysis/hhi/hhi.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
    copying pymatgen/analysis/magnetism/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
    copying pymatgen/analysis/magnetism/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
    copying pymatgen/analysis/magnetism/jahnteller.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/magnetism
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometry_finder.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/structure_environments.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/voronoi.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/chemenv_strategies.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_config.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/coordination_geometry_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/func_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/math_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/defs_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/scripts_utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    copying pymatgen/analysis/chemenv/utils/chemenv_errors.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/utils
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/db.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/abiobjects.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/qjobs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/tasks.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/abiinspect.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/events.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/abitimer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/works.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/scheduler_error_handlers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/qadapters.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/calculations.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/qutils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/netcdf.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/pseudos.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/wrappers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/flows.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/launcher.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/nodes.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/scheduler_error_parsers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    copying pymatgen/io/abinit/helpers.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/abinit
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
    copying pymatgen/io/exciting/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
    copying pymatgen/io/exciting/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/exciting
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/input.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/data.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    copying pymatgen/io/lammps/output.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/lammps
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    copying pymatgen/io/qchem_io/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    copying pymatgen/io/qchem_io/inputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    copying pymatgen/io/qchem_io/utils.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    copying pymatgen/io/qchem_io/sets.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    copying pymatgen/io/qchem_io/outputs.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/qchem_io
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
    copying pymatgen/apps/borg/queen.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
    copying pymatgen/apps/borg/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
    copying pymatgen/apps/borg/hive.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/borg
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/conversion_battery.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/analyzer.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/__init__.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/insertion_battery.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/plotter.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/apps/battery/battery_abc.py -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/apps/battery
    copying pymatgen/entries/MPCompatibility.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/entries/MITCompatibility.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/entries
    copying pymatgen/core/reconstructions_archive.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/bond_lengths.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/func_groups.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/periodic_table.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/core/libxc_docs.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/core
    copying pymatgen/analysis/icsd_bv.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/bonds_jmol_ob.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/bvparam_1991.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/op_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/cn_opt_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    copying pymatgen/analysis/ionic_radii.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis
    creating build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Li2O.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/LiFePO4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Li10GeP2S12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/K2O2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Li3V2(PO4)3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Graphite.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/He_BCC.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/TiO2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/CsCl.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/BaNiO3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Li2O2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Si.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/NaFePO4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/VO2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/Sn.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/util/structures/SrTiO3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/util/structures
    copying pymatgen/symmetry/symm_data.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/symm_ops.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/symm_data.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/symmetry/symm_ops.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/symmetry
    copying pymatgen/vis/ElementColorSchemes.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/vis
    copying pymatgen/command_line/OxideTersoffPotentials -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/command_line
    copying pymatgen/analysis/structure_prediction/DLS_bond_params.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/structure_prediction
    copying pymatgen/analysis/cost/costdb_elements.csv -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/cost
    copying pymatgen/analysis/defects/ionic_radii.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/defects
    copying pymatgen/analysis/diffraction/neutron_scattering_length.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/diffraction/atomic_scattering_params.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/diffraction
    copying pymatgen/analysis/hhi/hhi_data.csv -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/hhi
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files/ImprovedConfidenceCutoffDefaultParameters.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/strategy_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/allcg.txt -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_2#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TY#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PCPA#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_2#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBT#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TI#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/AC#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBSA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#13.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HP#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/FO#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/H#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TBSA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/L#2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DI#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_1#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DDPN#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TS#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SMA#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PA#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_3#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#1.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SBT#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SC#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TC#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PBP#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_3#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TL#3.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/CO#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_3#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ST#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HD#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_2#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PP#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SS#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BO_1#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/C#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TT_1#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/MI#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HB#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/ET#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/A#2.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/O#6_explicit.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/T#6.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SA#8.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/S#5.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SY#4.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/HA#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/PB#7.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/SH#11.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/TO_2#9.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/BS_1#10.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/I#12.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files/DD#20.json -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/analysis/chemenv/coordination_environments/coordination_geometries_files
    copying pymatgen/io/feff/MPEXAFSSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/MPELNESSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/MPXANESSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/feff/MPEXELFSSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/feff
    copying pymatgen/io/vasp/MVLGWSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/MPHSERelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/VASPIncarBase.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/MPRelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/MITRelaxSet.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    copying pymatgen/io/vasp/vdW_parameters.yaml -> build/lib.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/io/vasp
    running build_ext
    building 'pymatgen.optimization.linear_assignment' extension
    creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7
    creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen
    creating build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization
    clang -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/openssl/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m -I/usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include -c pymatgen/optimization/linear_assignment.c -o build/temp.macosx-10.13-x86_64-3.7/pymatgen/optimization/linear_assignment.o
    In file included from pymatgen/optimization/linear_assignment.c:275:
    In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4:
    In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18:
    In file included from /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1816:
    /usr/local/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: "Using deprecated NumPy API, disable it by "          "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-W#warnings]
    #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " \
     ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21345:21: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        *type = tstate->exc_type;
                ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21346:22: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        *value = tstate->exc_value;
                         ^~~~~~~~~
                         curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21347:19: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        *tb = tstate->exc_traceback;
                      ^~~~~~~~~~~~~
                      curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21354:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tmp_type = tstate->exc_type;
                   ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21355:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        tmp_value = tstate->exc_value;
                            ^~~~~~~~~
                            curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21356:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                         ^~~~~~~~~~~~~
                         curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21357:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tstate->exc_type = type;
        ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21358:13: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        tstate->exc_value = value;
                ^~~~~~~~~
                curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21359:13: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        tstate->exc_traceback = tb;
                ^~~~~~~~~~~~~
                curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21414:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tmp_type = tstate->exc_type;
                   ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21415:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        tmp_value = tstate->exc_value;
                            ^~~~~~~~~
                            curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21416:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                         ^~~~~~~~~~~~~
                         curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21417:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tstate->exc_type = local_type;
        ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21418:13: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        tstate->exc_value = local_value;
                ^~~~~~~~~
                curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21419:13: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        tstate->exc_traceback = local_tb;
                ^~~~~~~~~~~~~
                curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21441:24: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tmp_type = tstate->exc_type;
                   ~~~~~~  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21442:25: error: no member named 'exc_value' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_value'?
        tmp_value = tstate->exc_value;
                            ^~~~~~~~~
                            curexc_value
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:237:15: note: 'curexc_value' declared here
        PyObject *curexc_value;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21443:22: error: no member named 'exc_traceback' in 'struct _ts'; did you mean 'curexc_traceback'?
        tmp_tb = tstate->exc_traceback;
                         ^~~~~~~~~~~~~
                         curexc_traceback
    /usr/local/Cellar/python/3.7.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.7/include/python3.7m/pystate.h:238:15: note: 'curexc_traceback' declared here
        PyObject *curexc_traceback;
                  ^
    pymatgen/optimization/linear_assignment.c:21444:13: error: no member named 'exc_type' in 'struct _ts'
        tstate->exc_type = *type;
        ~~~~~~  ^
    fatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]
    1 warning and 20 errors generated.
    error: command 'clang' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
Command "/usr/local/opt/python/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-install-126i33a8/pymatgen/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-record-zlynknb9/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/s_/58hrgzv50j108p9mnxm838bw0000gn/T/pip-install-126i33a8/pymatgen/

Suggested solution (if any)

Files (if any)

<contents of file 1>
shyuep commented 6 years ago

Right now, many things do nto specifically support Python 3.7 yet. I don't think there is a specific code issue with pymatgen - more likely it just requires a regeneration of the c extension code from cython. Give us a few weeks for the rest of the scientific dependencies to catch up before we update pymatgen.

gmatteo commented 6 years ago

I managed to build pymatgen from source with python3.7. I had to regenerate the C files with cython and install the dependencies with pip instead of conda (at present there are few conda packages built for py3.7)

WenT-Ethan commented 6 years ago

Noted.😇 Thank you for your kind reply.

Best regards. WenT-Ethan

On Jul 7, 2018, at 08:16, gmatteo notifications@github.com<mailto:notifications@github.com> wrote:

I managed to build pymatgen from source with python3.7. I had to regenerate the C files with cython and install the dependencies with pip instead of conda (at present there are few conda packages built for py3.7)

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/materialsproject/pymatgen/issues/1194#issuecomment-403168365, or mute the threadhttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Am1t3ZOT53ECB4Ap0ZNB3lJtcUtr6dfxks5uD-_GgaJpZM4VE9Et.

shyuep commented 6 years ago

Many thanks. I merged the new Py37 compatibility code.