example with sarbeco data

[renatamuy]

@mauriciovancine, @bniebuhr :)

Adicionei dois rasters na pasta data e um script inicial pra plotar skewed data no bivariate map. Sintam-se a vontade para adaptar. Tentei rodar aqui e dá esse erro: Error in bivarmap::bivarmap_raster(rasterx = temprec$temp, rastery = temprec$prec, : unused argument (colourmatrix = colmatrix)

Nosso script original aqui, roda de boa.

[bniebuhr]

Oi @renatamuy ,

Legal. Seguem aqui as modificacoes que eu fiz. Fir um PR, da uma olhada e pode aceitar la se concordar.

No pacote:

• Dizem os manuais (ou as boas praticas, nao sei) que o folder data/ deve contar somente dado em formato .rda ou .rds. Uma forma seria salvarmos os rasters que vc adicionou assim. Por hora, o que fiz foi criar uma pasta inst onde ficam os arquivos brutos, e coloquei os dois rasters la.
• Adicionei uns prototipo da documentacao desses dois rasters no arquivo R/data.R. Vc pode dar uma olhada e completar, @renatamuy ?

No script:

• removi tudo o que e setwd().
• propus uma nova forma de ler os inputs, acho que fica mais facil de os usuarios entenderem o que eh cada mapa
• sugiro ate nao fazermos o RasterBrick e continuarmos com dois mapas separados, acho que fica mais facil entender (nao fiz isso, a implementar).
• nesse caso podemos somente reamostrar hosts e sobrescrever o objeto. e usar hosts e bias como input nas funcoes.

Aqui rodou e ficou bonito =) Uma vez que isso estiver fechado, podemos incluir na documentacao - no script da funcao bivarmap_map, por exemplo, podemos adicionar no cabecalho:
#' example examples/test_pacote_bivarmap_sarbeco.R (talvez renomear o script depois?)

[renatamuy]

@bniebuhr vou olhar o pr, te retorno asap.

[renatamuy]

@bniebuhr e @mauriciovancine

• Arrumei o script padronizando com o que eu fiz no repo dynamic. Ainda não renomeei o script, pq não sei que nome dar rs!
• Ainda não exportei os rasters como rds ou rda, pois pensei em exportar eles já transformados em proporções pra diminuir o script. Mas acho que precisamos pensar um pouquinho. Vocês acham que é necessário sempre transformar os dois rasters em proporções? Não pensei muito nisso, talvez scale seja melhor que pct, dependendo dos dados? Pensem que o usuário vai ter uma range de rasters variando com unidades muito diferentes. No caso, eu tenho rates e tenho riqueza. Como eu queria uma análise comparativa global de valores, criei %s. Mas não sei se isso é o que todo usuário vai querer.
• Outra coisa, preciso olhar a diferença entre os códigos de colmat pro script do mau/josé e o do colin. O mapa gerado pelo script do Colin faz muito mais sentido pros meus dados. Alguma coisa nos quantis está puxando as proporções de hosts na Africa pro vermelho, mas tem pouquíssimos hosts lá, não pode ser vermelho.

abs,

[bniebuhr]

@renatamuy

• Arrumei o script padronizando com o que eu fiz no repo dynamic. Ainda não renomeei o script, pq não sei que nome dar rs!

Otimo! Ficou mais bonito, e funcionou aqui. Eu adaptei ele (e o codigo das fucoes) para terra (veja o PR https://github.com/mauriciovancine/bivarmap/pull/14#issue-1138510660). Tambem copiei parte dele e coloquei na documentacao como um exemplo adicional para a funcao bivarmap_map(). Acho que podemos usar o folder examples/ assim: para exemplos para a documentacao das funcoes (que podemos seguir um padrao de nome, tipo nome_da_funcao_example.R), e tambem para outros scripts para explorarmos os dados, funcoes etc.

• Ainda não exportei os rasters como rds ou rda, pois pensei em exportar eles já transformados em proporções pra diminuir o script. Mas acho que precisamos pensar um pouquinho. Vocês acham que é necessário sempre transformar os dois rasters em proporções? Não pensei muito nisso, talvez scale seja melhor que pct, dependendo dos dados? Pensem que o usuário vai ter uma range de rasters variando com unidades muito diferentes. No caso, eu tenho rates e tenho riqueza. Como eu queria uma análise comparativa global de valores, criei %s. Mas não sei se isso é o que todo usuário vai querer.

Acho que isso é algo a explorarmos. Talvez seja algo a se colocar como um parametro na funcao que prepara o raster, nao? Ai podemos ter varias possibilidades. Quanto a exportar os dados como rds, talvez nem precisemos. Por hora podemos deixar os arquivos brutos mesmo.