retrieve processing of Encounter failed

medizininformatik-initiative / Projectathon7-VHF

Repository für den 7. MII Projectathon

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retrieve processing of Encounter failed #18

Closed DWay17 closed 4 months ago

DWay17 commented 6 months ago

after the Download of Encounters and Conditions the retrieve fails with an error:

Patient ID Chunk Size in request: 98
Downloading Encounters and Conditions.

Error in fhir_rm_tag(x = toString(x), tag = tag) : 
  Tag closes before it opens.
Calls: append ... fhir_ns_strip -> <Anonymous> -> fhir_rm_tag -> fhir_rm_tag
Execution halted

the last log in fhir Server is:

2024-02-29T13:04:39.727Z 48c882c4da1b qtp1235639867-24 DEBUG [blaze.rest-api.middleware.log:14] - GET [base]/fhir/Encounter?subject=XXXX..XXX

and this query return an result on browser ....

fmeineke commented 6 months ago

Vielen Dank für das Feedback. Wir haben ein Problem mit dem Skript erkannt. Die Behebung wird heute vermutlich nicht mehr abgeschlossen / getestet werden können. Wir werden die Fristen PJT#7 verlängern lassen. Thank you for your feedback. We have identified a problem with the script. The fix will probably not be able to be completed / tested today. We will have the deadlines PJT#7 extended.

astruebi commented 5 months ago

@DWay17 Ist der Fehler reproduzierbar?

palmjulia commented 5 months ago

@astruebi Der Fehler tritt auf, weil der fhircrackr beim Download versucht die html narrative blocks aus den Ressourcen zu löschen um Platz zu sparen. Irgendwas muss in den Ressourcen da aber Probleme machen, hatte ich noch nie. Sollte sich sofort beheben lassen, in dem man rm_tag=NULL setzt in allen calls von fhir_search().

Vielleicht machst du das sicherheitshalber für alle Standorte. Ich kümmere mich drum, dass ich für das Paket einen Fix schreibe, der das Problem abfängt und dann halt nicht löscht. Das kann aber ein oder zwei Wochen dauern.

astruebi commented 4 months ago

Erledigt wie von @palmjulia vorgeschlagen.