Fehler Konnte keine Patientenressourcen für NTproBNP-Observations auf dem Server finden

[tobiashllm]

Guten Tag, nach Durchlauf des Skriptes konnten keine entsprechenden Observations gefunden werden. Im Falle von loinc.org|33762-6 halten wir jedoch mehrere Ressourcen vor, was eine manuelle Abfrage bestätigen kann

<Bundle xmlns="http://hl7.org/fhir">
<id value="DBHWM355UCJGGF5J"/>
<type value="searchset"/>
<total value="5952"/>
<link>
<relation value="self"/>
<url value="[base]/fhir/Observation?code=33762-6&_summary=count&_count=50&__t=12645"/>
</link>
</Bundle>

Ist dies eine erwartbare Ausgabe des Skriptes, da evtl. notwendige andere Bedingungen nicht erfüllt wurden oder liegt ein Fehler vor?

Danke und freundliche Grüße

T. Hillmer, Kiel

[astruebi]

Bitte keine Issues mehr hier eintragen , sondern im Unterprojekt https://github.com/medizininformatik-initiative/Projectathon7-VHF

Zum Problem: Es gibt eine weitere Einschränkung auf das Datum zw. dem 01.01.2019 und 31.12.2022. Welche Anfrage genau an den Server gesendet wird, kann man sehen, wenn man das VERBOSE-Level in der config.toml (bzw. bei manueller Ausführung in der .RProfile) z.B. auf 4 stellt.

Die Anfragen haben folgende Form: FHIR_SERVER_URL/Observation?code=http://loinc.org%7C33763-4,http://loinc.org%7C71425-3,http://loinc.org%7C33762-6,http://loinc.org%7C83107-3,http://loinc.org%7C83108-1,http://loinc.org%7C77622-9,http://loinc.org%7C77621-1&date=ge2019-01-01&date=le2022-12-31&_include=Observation:patient&_count=10

Bitte diese Anfrage mit angepasster Server-URL mal ausprobieren. Sie muss etwas zurück liefern, damit bei dem Script etwas heraus kommt. Eventuell fehlt das Datum bei den Observations oder sie liegen alle außerhalb? Oder das Codesystem "http://loinc.org" fehlt?

[astruebi]

Darf ich fragen, was das Problem war?

[tobiashllm]

Guten Tag, ich eröffne grade das Issue neu in dem von Ihnen vorgeschlagenen Bereich. Sonst können wir aber auch gerne hier weiter machen. Grüße

[astruebi]

Wir können hier weiter machen. Wir verschieben den Issue dann.

[tobiashllm]

Wunderbar. Die von Ihnen vorgeschlagene Abfrage

FHIR_SERVER_URL/Observation?code=[http://loinc.org%7C33763-4,http://loinc.org%7C71425-3,http://loinc.org%7C33762-6,http://loinc.org%7C83107-3,http://loinc.org%7C83108-1,http://loinc.org%7C77622-9,http://loinc.org%7C77621-1&date=ge2019-01-01&date=le2022-12-31&_include=Observation:patient&_count=10](http://loinc.org%7C33763-4%2Chttp//loinc.org%7C71425-3,http://loinc.org%7C33762-6,http://loinc.org%7C83107-3,http://loinc.org%7C83108-1,http://loinc.org%7C77622-9,http://loinc.org%7C77621-1&date=ge2019-01-01&date=le2022-12-31&_include=Observation:patient&_count=10)

liefert Ergebnisse zurück. Allerdings ausschließlich für LOINC 33762-6. Ich denke Ressourcen zu den anderen Codes sind auch tatsächlich nicht vorhanden. Kann dies dazu führen, dass die Analyse abgebrochen wird, oder würde das Skript im Normalfall auch mit Ressourcen zu einem einzelnen Code weiterlaufen?

Grüße

[astruebi]

Es müsste (eigentlich) weiter laufen. Woraus haben Sie geschlussfolgert, dass direkt im Script keine Observations gefunden wurden? Kommt folgende Meldung?

Konnte keine Observations für NTproBNP auf dem Server finden. Abfrage abgebrochen.

Bzw. was ist die letzte Meldung des Scripts?

[tobiashllm]

Letze Meldung ist

FHIR-Resources cracked.

Konnte keine Patientenressourcen für NTproBNP-Observations auf dem Server finden. Abfrage abgebrochen. Error: No Patients for NTproBNP Observations found - aborting.

[astruebi]

Das bedeutet, dass die Patienten-Resourcen nicht gefunden werden, die zu den Observations gehören. In der obigen Anfrage werden die Patienten includiert (&_include=Observation:patient). Danach sollen von diesen Patienten alle Encounter und alle Conditions heruntergeladen werden.

Dieser Fehler dürfte auftreten, wenn die gefundenen Observations keine subject-Referenz haben. Falls das so ist, wird das Script bei Ihnen nicht laufen.

Hier ist noch einmal der Ablauf des Retrievals beschrieben: https://github.com/medizininformatik-initiative/Projectathon7-VHF/tree/master/retrieval#konzeptioneller-ablauf-der-abfrage

[tobiashllm]

Vielen Dank für die Antwort und die Ratschläge. Ich werde die Erkenntnisse zur Prüfung in die Fachgruppen weiterleiten und mich ggf. wieder melden. Viele Grüße und ein schönes Wochenende.

[astruebi]

Ich habe eben erst wahrgenommen, dass die Überschrift ja schon die richtige Fehlermeldung enthielt, aus der ich hätte schließen können, dass es gar nicht um die nicht gefundenen Observations selbst, sondern um die fehlende subject-Referenz in den Observerations geht. Viele Grüße und auch ein schönes Wochenende!