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medizininformatik-initiative / Projectathon7-VHF

Repository für den 7. MII Projectathon
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Error in .checkTypos #7

Closed DWay17 closed 1 year ago

DWay17 commented 1 year ago

while executing dupctl analyze --dup vhf I got:

Error in .checkTypos(e, names_x) : 
 Object 'clinicalStatus.code' not found amongst V1
Calls: loadAndCleanDiagnoses ... tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> -> .checkTypos
Execution halted

for decentral ...

DWay17 commented 1 year ago

@astruebi ich habe auch keine 9 Text- und 9 PDF-Dateien ...

DWay17 commented 1 year ago

Es werden erfolgreich 433 Observation Bundles geladen, 331 Encounter Bundles, 26 Condition Bundles.

Es endet ohne Fehler mit

Extracted 4324 Encounters based on 2497 Patients.

Allerdings ist die Datei Diagnoses.csv leer.

DWay17 commented 1 year ago

lag wohl an fehlenden Daten

astruebi commented 1 year ago

Sorry, ich war noch nicht soweit mir das im Detail anzusehen, aber das war auch schon meine Vermutung. Diese Datei sollte nur leer sein, wenn gar keine Diagnosen für gefundene Patienten mit mind. einer NTproBNP-Observation auf dem Server sind.

Hat es sich damit erledigt?

DWay17 commented 1 year ago

Könnte sich erledigt haben. Die ErrorMessage.txt enthielt bloß:

Errors in Retrieval from 2023-03-01 10:03:09:

Eine Meldung, daß erwartete Daten nicht gefunden werden konnten, wäre hilfreich.

astruebi commented 1 year ago

Habe das Error-Logging um diesen Fall erweitert. Das Programm bricht jetzt ab, wenn es keine Conditions finden konnte, schreibt das auch in die Error-Log-Datei sowie in die Konsole und legt nicht die leere Tabelle Diagnoses.csv an.