elolaine
commented
4 years ago Bonjour,
Pourriez-vous être un peu plus explicite ? car je ne suis pas sûre de bien comprendre votre question. Vous avez un alignement multiple, généré par exemple par MUSCLE, et à partir de là vous construisez un profil PSSM ? Et ce profil n’a pas la même taille que l’alignement ? Cela dépend donc de votre code pour calculer la PSSM ? Auriez-vous un exemple concret ? Le principe de base est que votre profil PSSM doit faire la même longueur que la séquence master et/ou query. Et vous n’utilisez MUSCLE ou autre que pour les queries, puisque pour les masters de familles, vous avez déjà les alignements.
Elodie
Le 25 nov. 2019 à 18:46, GuillaumeGirier notifications@github.com a écrit :
Bonsoir,
Notre équipe (amont) rencontre un problème que voici: Lorsqu'on construit nos PSSM en utilisant un alignement de type MUSCLE, on remarque que la longueur des profils est différente de celles des alignements obtenus, ce qui nous pose problème lorsque nous essayons d'obtenir un traceback à partir des séquences masters, puisque nous calculons nos PSSM avec les alignements.
Est-ce normal? Pouvez-vous nous éclairer?
L'Equipe 4.
— You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/meetU-MasterStudents/2019---2020-partage/issues/23?email_source=notifications&email_token=AFM42BQGGKJMCHYJIDCVBNLQVQFOJA5CNFSM4JRMQFDKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFUVEXG43VMWVGG33NNVSW45C7NFSM4H34JW3Q, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AFM42BXXB6ESOHOWD5EZA4LQVQFOJANCNFSM4JRMQFDA.
GuillaumeGirier
Bonsoir,
Notre équipe (amont) rencontre un problème que voici: Lorsqu'on construit nos PSSM en utilisant un alignement de type MUSCLE, on remarque que la longueur des profils est différente de celles des alignements obtenus, ce qui nous pose problème lorsque nous essayons d'obtenir un traceback à partir des séquences masters, puisque nous calculons nos PSSM avec les alignements.
Est-ce normal? Pouvez-vous nous éclairer?
L'Equipe 4.