ce message pour (1) vous rappeler que nous attendons votre rendu le dimanche 5 au soir (minuit). En effet, les membres du jury et nous mêmes récupèrerons vos documents/programmes dès le lundi 6 matin.
Pour faciliter la tâche aux membres du jury on vous demande de créer :
un répertoire "docs" à la racine de votre répertoire qui contiendra :
Votre rapport de 10 pages et le résumé de 1 page (le tout en PDF).
Qques précisions sur le résumé/digest qui doit contenir :
(i) une entête avec nom ou à défaut numéro d'équipe, noms des membres de l'équipe, partie gérée : amont ou aval —> cette entête est essentielle car les membres du jury ne vous connaissent pas.
(ii) résumé avec contexte général, stratégie choisie et description brève des résultats.
Une figure sera la bienvenue mais n'est pas obligatoire - le tout ne doit pas dépasser une page sinon ce sera tronqué. Cela servira au fascicule présentant chaque équipe que nous fournirons au public et aux membres du jury
un répertoire "example" :
Un petit jeu test avec 1 FASTA, et les résultats associés.
README à la racine de votre répertoire :
Expliquant l'installation/dépendances et l'utilisation de votre programme. En particulier, il devra indiquer clairement où se trouvent les fichiers nécessaires pour faire tourner le programme (dépendances et DB) et comment faire tourner le programme avec ligne d'exemple.
On rappelle que le programme que vous fournissez doit traiter le pb de A à Z (avec votre partie et la partie complémentaire que vous aurez choisie au final même si vous en avez testé plusieurs) prenant en input 1 FASTA et qui sort un fichier de 2 colonnes avec le score et le nom des familles HOMSTRAD “scorés” par votre programme ainsi que les pdb de vos modèles pour les X meilleures solutions (X au choix).
Conseils
Dans votre rapport, mettez en valeur VOTRE travail. C’est le moment de mettre en valeur votre stratégie (pas nécessairement vos résultats mais votre stratégie, on insiste !) Sauf si vos résultats sont magnifiques mais on sait tous très bien que la prédiction de “fold” est une question très difficile. Donc, nous n'attendons pas nécessairement des prédictions dans le TOP10 mais de l'initiative, de la créativité, de la cohérence, la capacité à organiser et travailler en équipe et de l'esprit critique : les ingrédients essentiels au développement de projet et à la démarche scientifique. En particulier, les cas que nous vous avons donnés dans le benchmark ne sont pas faciles. Mettez le en avant dans le rapport et votre présentation. Il faut que les membres du jury et le public s’en rendent compte. Mentionnez le nombre de catégories “fold” et “superfamily”. En particulier, n’hésitez pas à mettre en avant le pourcentage d’identité entre les query du benchmark et le master de la famille. Réussir à identifier la famille d’une query à moins de 25% d’identité n’est pas facile. Donc dites le ! Une possibilité est de regarder la relation entre le % d’identité de chaque query vs master de sa famille et le rang de la famille en question. Est-ce que celles que vous retrouvez le mieux correspondent aux cas de haute identité de séquence ou pas nécessairement ? Bref, soyez critiques, c’est ça qu’on attend de vous :)
Autre conseil, on vous invite à d’abord évaluer votre partie uniquement (rangs sur le benchmark etc) puis ensuite d’analyser comment les prédictions évoluent en ajoutant la partie complémentaire. En effet, si les résultats sont meilleurs, tant mieux, mais ne pénalisez pas vos prédictions si elles sont meilleures sans l’autre partie. Dans ce cas, discutez-en pour comprendre pourquoi vos résultats sont moins bons. Mais mettez en avant d’abord votre partie.
Bref à vous de mettre tout ça en valeur dans votre rapport et votre présentation. Vous avez fait preuve de grosse capacité d’organisation (travailler en équipe n’est pas facile), de créativité, de ténacité, d’esprit critique, de rigueur d’analyse, donc appropriez vous ce travail et valorisez le :)
(2) enfin, nous tenons à terminer ce message en vous souhaitant une excellente année 2020 ! C'est le moment pour vous de prendre conscience de vos acquis et de vos capacités pour aborder la suite. De façon générale, vous avez déjà fait le plus gros (vous avez maintenant des années de formation derrière vous), il est dorénavant temps de vous approprier ces moyens et de les utiliser pour faire ce que vous voudrez ! Vous avez tout ce qu'il faut pour réaliser vos projets et vous avez déjà commencé à nous le prouver avec ce que vous avez déjà fait dans Meet-U.
On a hâte de vous lire ! Bon courage pour le dernier rush,
Bonjour à tous,
ce message pour (1) vous rappeler que nous attendons votre rendu le dimanche 5 au soir (minuit). En effet, les membres du jury et nous mêmes récupèrerons vos documents/programmes dès le lundi 6 matin.
Pour faciliter la tâche aux membres du jury on vous demande de créer :
un répertoire "docs" à la racine de votre répertoire qui contiendra :
Votre rapport de 10 pages et le résumé de 1 page (le tout en PDF).
Qques précisions sur le résumé/digest qui doit contenir :
(i) une entête avec nom ou à défaut numéro d'équipe, noms des membres de l'équipe, partie gérée : amont ou aval —> cette entête est essentielle car les membres du jury ne vous connaissent pas.
(ii) résumé avec contexte général, stratégie choisie et description brève des résultats. Une figure sera la bienvenue mais n'est pas obligatoire - le tout ne doit pas dépasser une page sinon ce sera tronqué. Cela servira au fascicule présentant chaque équipe que nous fournirons au public et aux membres du jury
un répertoire "example" :
Un petit jeu test avec 1 FASTA, et les résultats associés.
On rappelle que le programme que vous fournissez doit traiter le pb de A à Z (avec votre partie et la partie complémentaire que vous aurez choisie au final même si vous en avez testé plusieurs) prenant en input 1 FASTA et qui sort un fichier de 2 colonnes avec le score et le nom des familles HOMSTRAD “scorés” par votre programme ainsi que les pdb de vos modèles pour les X meilleures solutions (X au choix).
Conseils
Dans votre rapport, mettez en valeur VOTRE travail. C’est le moment de mettre en valeur votre stratégie (pas nécessairement vos résultats mais votre stratégie, on insiste !) Sauf si vos résultats sont magnifiques mais on sait tous très bien que la prédiction de “fold” est une question très difficile. Donc, nous n'attendons pas nécessairement des prédictions dans le TOP10 mais de l'initiative, de la créativité, de la cohérence, la capacité à organiser et travailler en équipe et de l'esprit critique : les ingrédients essentiels au développement de projet et à la démarche scientifique. En particulier, les cas que nous vous avons donnés dans le benchmark ne sont pas faciles. Mettez le en avant dans le rapport et votre présentation. Il faut que les membres du jury et le public s’en rendent compte. Mentionnez le nombre de catégories “fold” et “superfamily”. En particulier, n’hésitez pas à mettre en avant le pourcentage d’identité entre les query du benchmark et le master de la famille. Réussir à identifier la famille d’une query à moins de 25% d’identité n’est pas facile. Donc dites le ! Une possibilité est de regarder la relation entre le % d’identité de chaque query vs master de sa famille et le rang de la famille en question. Est-ce que celles que vous retrouvez le mieux correspondent aux cas de haute identité de séquence ou pas nécessairement ? Bref, soyez critiques, c’est ça qu’on attend de vous :)
Autre conseil, on vous invite à d’abord évaluer votre partie uniquement (rangs sur le benchmark etc) puis ensuite d’analyser comment les prédictions évoluent en ajoutant la partie complémentaire. En effet, si les résultats sont meilleurs, tant mieux, mais ne pénalisez pas vos prédictions si elles sont meilleures sans l’autre partie. Dans ce cas, discutez-en pour comprendre pourquoi vos résultats sont moins bons. Mais mettez en avant d’abord votre partie.
Bref à vous de mettre tout ça en valeur dans votre rapport et votre présentation. Vous avez fait preuve de grosse capacité d’organisation (travailler en équipe n’est pas facile), de créativité, de ténacité, d’esprit critique, de rigueur d’analyse, donc appropriez vous ce travail et valorisez le :)
(2) enfin, nous tenons à terminer ce message en vous souhaitant une excellente année 2020 ! C'est le moment pour vous de prendre conscience de vos acquis et de vos capacités pour aborder la suite. De façon générale, vous avez déjà fait le plus gros (vous avez maintenant des années de formation derrière vous), il est dorénavant temps de vous approprier ces moyens et de les utiliser pour faire ce que vous voudrez ! Vous avez tout ce qu'il faut pour réaliser vos projets et vous avez déjà commencé à nous le prouver avec ce que vous avez déjà fait dans Meet-U.
On a hâte de vous lire ! Bon courage pour le dernier rush,
l’équipe Meet-U