search

mgalardini / pyseer

SEER, reimplemented in python 🐍🔮
http://pyseer.readthedocs.io
Apache License 2.0
109 stars 26 forks source link

similarity command in pyseer #76

Closed Morteza-M-Saber closed 5 years ago

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

Might be a basic question but I can not find the similarity command to build kinship matrix in pyseer 1.1.2 when installed using conda install pyseer.

similarity --vcf snps.vcf.gz samples.txt > gg.snps.txt

The only command I could find is the similarity.py but it fails to run due to the following error

No module named '__main__.__init__'; '__main__' is not a package

Thanks for your help.

mgalardini commented 5 years ago

Hi,

the similarity command has been renamed similarity_pyseer at some point, so that it would be easier to avoid conflicts. We might need to fix the docs to reflect this change. Thanks for spotting this.

marco

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

Thanks. I am just a bit confused because I can not find similarity_pyseer either! I assume all the executables should be in the 'bin' directory when installed by conda but I can not find any executable with such names in that directory!

mgalardini commented 5 years ago

Did you try to just type similarity_pyseer in the terminal with the conda directory added to the PATH?

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

Yes I did. Other commands like 'scree_plot_pyseer' or 'phandango_mapper' work just fine but not 'similarity' or 'similarity_pyseer'!!!

mgalardini commented 5 years ago

What version of pyseer do you have installed? I believe similarity_pyseer was added from version 1.2.0 (the current one) (see here: https://github.com/mgalardini/pyseer/commit/6c373071f21eee71ec19c9b82ec2e9e9cce2345b)

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

I see. 'Conda install pyseer' installs pyseer 1.1.2 at the moment. I will try installing pyseer 1.2.0 from github.

johnlees commented 5 years ago

Try conda upgrade pyseer

On Wed, 22 May 2019, 23:37 Masih, notifications@github.com wrote:

I see. 'Conda install pyseer' installs pyseer 1.1.2 at the moment. I will try installing pyseer 1.2.0 from github.

— You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/mgalardini/pyseer/issues/76?email_source=notifications&email_token=ABQJ3PNBA22FFHUATJC74X3PWW4KHA5CNFSM4HOX2VBKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGODWANRVQ#issuecomment-494983382, or mute the thread https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABQJ3PNESZWRPYGRV22HK33PWW4KHANCNFSM4HOX2VBA .

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

'glmnet_py' package problem was preventing pyseer 1.2.0 to be installed. Solved. Thanks

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

Trying to run pyseer 1.2.0 mixed model GWAS, the matrix I get from similarity_pyseer is just a matrix of '0's. I guess the problem is not with the dataset because the kinship matrix generated by gemma on the same data seems to okay.When running 'pyseer -lmm' this cause the the following error: Invalid similarity matrix. Did you use --calc-C?'

I generated the matrix using

similarity_pyseer --vcf my_vcf sample_names > kinship.matrix

similarity_pyseer doesnt generate any error or warning while running and its outputs are

Reading in variants
Calculating sample similarity

Might you know what is going wrong here?

johnlees commented 5 years ago

I would guess something is going wrong with the reading of the VCF file. Do the sample names match up? What does the start of the file look like?

Morteza-M-Saber commented 5 years ago

The sample names were derived directly from the vcf file using bcftools so I guess that should not be the problem. Here is the start of the file:

##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##GATKCommandLine=<ID=HaplotypeCaller,CommandLine="HaplotypeCaller  --sample-ploidy 1 --output /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/SE001.vcf --input /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/Assembly/SE001.bam.mapq20 --reference /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/Sequences/GCF_000007045.1_ASM704v1_genomic.fna  --annotation-group StandardAnnotation --annotation-group StandardHCAnnotation --disable-tool-default-annotations false --emit-ref-confidence NONE --gvcf-gq-bands 1 --gvcf-gq-bands 2 --gvcf-gq-bands 3 --gvcf-gq-bands 4 --gvcf-gq-bands 5 --gvcf-gq-bands 6 --gvcf-gq-bands 7 --gvcf-gq-bands 8 --gvcf-gq-bands 9 --gvcf-gq-bands 10 --gvcf-gq-bands 11 --gvcf-gq-bands 12 --gvcf-gq-bands 13 --gvcf-gq-bands 14 --gvcf-gq-bands 15 --gvcf-gq-bands 16 --gvcf-gq-bands 17 --gvcf-gq-bands 18 --gvcf-gq-bands 19 --gvcf-gq-bands 20 --gvcf-gq-bands 21 --gvcf-gq-bands 22 --gvcf-gq-bands 23 --gvcf-gq-bands 24 --gvcf-gq-bands 25 --gvcf-gq-bands 26 --gvcf-gq-bands 27 --gvcf-gq-bands 28 --gvcf-gq-bands 29 --gvcf-gq-bands 30 --gvcf-gq-bands 31 --gvcf-gq-bands 32 --gvcf-gq-bands 33 --gvcf-gq-bands 34 --gvcf-gq-bands 35 --gvcf-gq-bands 36 --gvcf-gq-bands 37 --gvcf-gq-bands 38 --gvcf-gq-bands 39 --gvcf-gq-bands 40 --gvcf-gq-bands 41 --gvcf-gq-bands 42 --gvcf-gq-bands 43 --gvcf-gq-bands 44 --gvcf-gq-bands 45 --gvcf-gq-bands 46 --gvcf-gq-bands 47 --gvcf-gq-bands 48 --gvcf-gq-bands 49 --gvcf-gq-bands 50 --gvcf-gq-bands 51 --gvcf-gq-bands 52 --gvcf-gq-bands 53 --gvcf-gq-bands 54 --gvcf-gq-bands 55 --gvcf-gq-bands 56 --gvcf-gq-bands 57 --gvcf-gq-bands 58 --gvcf-gq-bands 59 --gvcf-gq-bands 60 --gvcf-gq-bands 70 --gvcf-gq-bands 80 --gvcf-gq-bands 90 --gvcf-gq-bands 99 --indel-size-to-eliminate-in-ref-model 10 --use-alleles-trigger false --disable-optimizations false --just-determine-active-regions false --dont-genotype false --dont-trim-active-regions false --max-disc-ar-extension 25 --max-gga-ar-extension 300 --padding-around-indels 150 --padding-around-snps 20 --kmer-size 10 --kmer-size 25 --dont-increase-kmer-sizes-for-cycles false --allow-non-unique-kmers-in-ref false --num-pruning-samples 1 --recover-dangling-heads false --do-not-recover-dangling-branches false --min-dangling-branch-length 4 --consensus false --max-num-haplotypes-in-population 128 --error-correct-kmers false --min-pruning 2 --debug-graph-transformations false --kmer-length-for-read-error-correction 25 --min-observations-for-kmer-to-be-solid 20 --likelihood-calculation-engine PairHMM --base-quality-score-threshold 18 --pair-hmm-gap-continuation-penalty 10 --pair-hmm-implementation FASTEST_AVAILABLE --pcr-indel-model CONSERVATIVE --phred-scaled-global-read-mismapping-rate 45 --native-pair-hmm-threads 4 --native-pair-hmm-use-double-precision false --debug false --use-filtered-reads-for-annotations false --bam-writer-type CALLED_HAPLOTYPES --dont-use-soft-clipped-bases false --capture-assembly-failure-bam false --error-correct-reads false --do-not-run-physical-phasing false --min-base-quality-score 10 --smith-waterman JAVA --use-new-qual-calculator false --annotate-with-num-discovered-alleles false --heterozygosity 0.001 --indel-heterozygosity 1.25E-4 --heterozygosity-stdev 0.01 --standard-min-confidence-threshold-for-calling 10.0 --max-alternate-alleles 6 --max-genotype-count 1024 --genotyping-mode DISCOVERY --contamination-fraction-to-filter 0.0 --output-mode EMIT_VARIANTS_ONLY --all-site-pls false --min-assembly-region-size 50 --max-assembly-region-size 300 --assembly-region-padding 100 --max-reads-per-alignment-start 50 --active-probability-threshold 0.002 --max-prob-propagation-distance 50 --interval-set-rule UNION --interval-padding 0 --interval-exclusion-padding 0 --interval-merging-rule ALL --read-validation-stringency SILENT --seconds-between-progress-updates 10.0 --disable-sequence-dictionary-validation false --create-output-bam-index true --create-output-bam-md5 false --create-output-variant-index true --create-output-variant-md5 false --lenient false --add-output-sam-program-record true --add-output-vcf-command-line true --cloud-prefetch-buffer 40 --cloud-index-prefetch-buffer -1 --disable-bam-index-caching false --help false --version false --showHidden false --verbosity INFO --QUIET false --use-jdk-deflater false --use-jdk-inflater false --gcs-max-retries 20 --disable-tool-default-read-filters false --minimum-mapping-quality 20",Version=4.0.3.0,Date="January 19, 2019 11:19:42 PM EST">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=RAW_MQ,Number=1,Type=Float,Description="Raw data for RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##contig=<ID=1,length=2038615>
##source=HaplotypeCaller
##bcftools_normVersion=1.9-87-g417d427+htslib-1.9-70-gf0b8337
##bcftools_normCommand=norm -Ou -m -any /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/SE001.vcf; Date=Sat Jan 19 23:28:00 2019
##bcftools_normCommand=norm -Ou -f /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/Sequences/GCF_000007045.1_ASM704v1_genomic.fna; Date=Sat Jan 19 23:28:00 2019
##bcftools_annotateVersion=1.9-87-g417d427+htslib-1.9-70-gf0b8337
##bcftools_annotateCommand=annotate -x ID -I +%CHROM:%POS:%REF:%ALT -o /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/SE001.vcf.reformat --rename-chrs /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/Sequences/ChromMap.tsv; Date=Sat Jan 19 23:28:00 2019
##bcftools_viewVersion=1.9-87-g417d427+htslib-1.9-70-gf0b8337
##bcftools_viewCommand=view -O b /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/SE001.vcf.reformat; Date=Sat Jan 19 23:28:01 2019
##bcftools_mergeVersion=1.9-87-g417d427+htslib-1.9-70-gf0b8337
##bcftools_mergeCommand=merge -l /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 4 -O b -m none; Date=Sun Jan 20 02:00:15 2019
##bcftools_viewCommand=view -q 0.01 --threads 4 /project/6006375/masih/700LGT0.04gLGT0.16/simulations/0/VarCall/CombinedVCF; Date=Sun Jan 20 02:05:27 2019
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  SE001   SE002   SE003   SE004   SE005   SE006   SE007   SE008   SE009   SE010   SE011   SE012   SE013   SE014   SE015   SE016   SE017   SE018   SE019   SE020   SE021   SE022   SE023   SE024   SE025   SE026   SE027   SE028   SE029   SE030   SE031   SE032   SE033   SE034   SE035   SE036   SE037   SE038   SE039   SE040   SE041   SE042   SE043   SE044   SE045   SE046   SE047   SE048   SE049   SE050   SE051   SE052   SE053   SE054   SE055   SE056   SE057   SE058   SE059   SE060   SE061   SE062   SE063   SE064   SE065   SE066   SE067   SE068   SE069   SE070   SE071   SE072   SE073   SE074   SE075   SE076   SE077   SE078   SE079   SE080   SE081   SE082   SE083   SE084   SE085   SE086   SE087   SE088   SE089   SE090   SE091   SE092   SE093   SE094   SE095   SE096   SE097   SE098   SE099   SE100   SE101   SE102   SE103   SE104   SE105   SE106   SE107   SE108   SE109   SE110   SE111   SE112   SE113   SE114   SE115   SE116   SE117   SE118   SE119   SE120   SE121   SE122   SE123   SE124   SE125   SE126   SE127   SE128   SE129   SE130   SE131   SE132   SE133   SE134   SE135   SE136   SE137   SE138   SE139   SE140   SE141   SE142   SE143   SE144   SE145   SE146   SE147   SE148   SE149   SE150   SE151   SE152   SE153   SE154   SE155   SE156   SE157   SE158   SE159   SE160   SE161   SE162   SE163   SE164   SE165   SE166   SE167   SE168   SE169   SE170   SE171   SE172   SE173   SE174   SE175   SE176   SE177   SE178   SE179   SE180   SE181   SE182   SE183   SE184   SE185   SE186   SE187   SE188   SE189   SE190   SE191   SE192   SE193   SE194   SE195   SE196   SE197   SE198   SE199   SE200   SE201   SE202   SE203   SE204   SE205   SE206   SE207   SE208   SE209   SE210   SE211   SE212   SE213   SE214   SE215   SE216   SE217   SE218   SE219   SE220   SE221   SE222   SE223   SE224   SE225   SE226   SE227   SE228   SE229   SE230   SE231   SE232   SE233   SE234   SE235   SE236   SE237   SE238   SE239   SE240   SE241   SE242   SE243   SE244   SE245   SE246   SE247   SE248   SE249   SE250   SE251   SE252   SE253   SE254   SE255   SE256   SE257   SE258   SE259   SE260   SE261   SE262   SE263   SE264   SE265   SE266   SE267   SE268   SE269   SE270   SE271   SE272   SE273   SE274   SE275   SE276   SE277   SE278   SE279   SE280   SE281   SE282   SE283   SE284   SE285   SE286   SE287   SE288   SE289   SE290   SE291   SE292   SE293   SE294   SE295   SE296   SE297   SE298   SE299   SE300   SE301   SE302   SE303   SE304   SE305   SE306   SE307   SE308   SE309   SE310   SE311   SE312   SE313   SE314   SE315   SE316   SE317   SE318   SE319   SE320   SE321   SE322   SE323   SE324   SE325   SE326   SE327   SE328   SE329   SE330   SE331   SE332   SE333   SE334   SE335   SE336   SE337   SE338   SE339   SE340   SE341   SE342   SE343   SE344   SE345   SE346   SE347   SE348   SE349   SE350   SE351   SE352   SE353   SE354   SE355   SE356   SE357   SE358   SE359   SE360   SE361   SE362   SE363   SE364   SE365   SE366   SE367   SE368   SE369   SE370   SE371   SE372   SE373   SE374   SE375   SE376   SE377   SE378   SE379   SE380   SE381   SE382   SE383   SE384   SE385   SE386   SE387   SE388   SE389   SE390   SE391   SE392   SE393   SE394   SE395   SE396   SE397   SE398   SE399   SE400   SE401   SE402   SE403   SE404   SE405   SE406   SE407   SE408   SE409   SE410   SE411   SE412   SE413   SE414   SE415   SE416   SE417   SE418   SE419   SE420   SE421   SE422   SE423   SE424   SE425   SE426   SE427   SE428   SE429   SE430   SE431   SE432   SE433   SE434   SE435   SE436   SE437   SE438   SE439   SE440   SE441   SE442   SE443   SE444   SE445   SE446   SE447   SE448   SE449   SE450   SE451   SE452   SE453   SE454   SE455   SE456   SE457   SE458   SE459   SE460   SE461   SE462   SE463   SE464   SE465   SE466   SE467   SE468   SE469   SE470   SE471   SE472   SE473   SE474   SE475   SE476   SE477   SE478   SE479   SE480   SE481   SE482   SE483   SE484   SE485   SE486   SE487   SE488   SE489   SE490   SE491   SE492   SE493   SE494   SE495   SE496   SE497   SE498   SE499   SE500   SE501   SE502   SE503   SE504   SE505   SE506   SE507   SE508   SE509   SE510   SE511   SE512   SE513   SE514   SE515   SE516   SE517   SE518   SE519   SE520   SE521   SE522   SE523   SE524   SE525   SE526   SE527   SE528   SE529   SE530   SE531   SE532   SE533   SE534   SE535   SE536   SE537   SE538   SE539   SE540   SE541   SE542   SE543   SE544   SE545   SE546   SE547   SE548   SE549   SE550   SE551   SE552   SE553   SE554   SE555   SE556   SE557   SE558   SE559   SE560   SE561   SE562   SE563   SE564   SE565   SE566   SE567   SE568   SE569   SE570   SE571   SE572   SE573   SE574   SE575   SE576   SE577   SE578   SE579   SE580   SE581   SE582   SE583   SE584   SE585   SE586   SE587   SE588   SE589   SE590   SE591   SE592   SE593   SE594   SE595   SE596   SE597   SE598   SE599   SE600   SE601   SE602   SE603   SE604   SE605   SE606   SE607   SE608   SE609   SE610   SE611   SE612   SE613   SE614   SE615   SE616   SE617   SE618   SE619   SE620   SE621   SE622   SE623   SE624   SE625   SE626   SE627   SE628   SE629   SE630   SE631   SE632   SE633   SE634   SE635   SE636   SE637   SE638   SE639   SE640   SE641   SE642   SE643   SE644   SE645   SE646   SE647   SE648   SE649   SE650   SE651   SE652   SE653   SE654   SE655   SE656   SE657   SE658   SE659   SE660   SE661   SE662   SE663   SE664   SE665   SE666   SE667   SE668   SE669   SE670   SE671   SE672   SE673   SE674   SE675   SE676   SE677   SE678   SE679   SE680   SE681   SE682   SE683   SE684   SE685   SE686   SE687   SE688   SE689   SE690   SE691   SE692   SE693   SE694   SE695   SE696   SE697   SE698   SE699   SE700
1   27  1:27:T:A    T   A   180 .   FS=0;MQ=60;QD=34.25;SOR=3.258;DP=37;AF=1;MLEAC=1;MLEAF=1;AN=700;AC=12   GT:AD:DP:GQ:PL  0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,4:4:99:167,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,5:5:99:181,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:82:82,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:86:86,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,4:4:99:173,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,5:5:99:210,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:88:88,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,4:4:99:150,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:90:90,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,3:3:99:131,0    0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:90:90,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   1:0,2:2:86:86,0 0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.   0:.:.:.:.
johnlees commented 5 years ago

That does look ok. Can you attach your files here (or email me them) and I'll take a look?