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miaozhun / DEsingle

Homepage: https://miaozhun.github.io/DEsingle. Bioconductor page: https://bioconductor.org/packages/DEsingle.
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Type 一栏中出现的Na代表什么呢？ #5

Open EularTang opened 4 years ago

EularTang commented 4 years ago

你好， 我在使用DEsingle的过程中，发现输出结果results_classified中Type列里面不仅仅有DEg，DEs等，还存在1/3的行值显示为Na。而这些行都是经过results_classified <- DEtype(results = results,threshold = 0.001)筛选，请问这是为什么呢？ 谢谢

miaozhun commented 4 years ago

你好， 对基因进行分类后，给出的结果矩阵依然会包含所有基因，其中按照p值阈值分类过的基因给出了类型，而p值超出阈值没有被分类的基因的类型用NA表示。

祝好， 准

EularTang commented 4 years ago

你好， 对基因进行分类后，给出的结果矩阵依然会包含所有基因，其中按照p值阈值分类过的基因给出了类型，而p值超出阈值没有被分类的基因的类型用NA表示。

祝好， 准

那请问结果results_classified文件中的pvalue和pvalue.adj.FDR分别代表什么，有什么区别呢？我很迷糊，为啥我的结果中pvalue.adj.FDR都是大于0.99，而pvalue都是小于0.01（如下图）。 谢谢！ image

miaozhun commented 4 years ago

你好， pvalue.adj.FDR是对pvalue进行FDR校正后的p值，进行多次假设检验需要对p值进行校正。