search

mikhail-matrosov / classibundler

0 stars 0 forks source link

Построение центроидов #1

Open neuroheinz opened 4 months ago

neuroheinz commented 4 months ago

Здравствуйте! Мы хотели бы уточнить ряд вопросов:

  1. Генерация атласа. Как сгенерировать файл whole_brain.trk из трактов из атласа, например: HCP1065 Population-Averaged Tractography Atlas (Yeh, 2022) или HCP842 Population-Averaged Tractography Atlas (Yeh, 2018)
  2. При генерации центроидов (скрипт hcp842_80_centroids.npz) происходит ошибка: //IndexError Traceback (most recent call last) //Cell In[38], line 19 // 16 print(L, i, e) // 18 ixs = clusterize(atlas[b_ixs], threshold) //---> 19 centroid_ixs.extend(b_ixs[ixs]) // //IndexError: index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0

С чем она может быть связана?

С уважентем, Гейнц Анастасия.

mikhail-matrosov commented 3 months ago

Здравствуйте!

  1. Лучше скачайте готовый - они лежат как в самом репозитории, так и в архиве: сlassibundler.zip. Если же вы все-таки хотите именно свой атлас, то сначала make new atlas.ipynb, затем generate_centroids.ipynb. Эти скрипты должны более-менее подойти для любых исходных данных, но в любом случае лучше глазами посмотреть на результат и убедиться, что в нем нет косяков.
  2. Цендроиды для какого-то пучка не нашлись. Тут либо вам нужно отказаться от этого пучка, либо поправить входные данные. Прошу прощения, что долго не отвечал, надеюсь, вам поможет ответ)
mikhail-matrosov commented 3 months ago

Вытащить же .trk из .npz я вам не помогу. Но все исходные пучки hcp842 можно найти по-отдельности на сайте Dipy, и они загружаются функцией dipy.data.fetcher.fetch_bundle_atlas_hcp842()