Hello - similar to issue #32 - I am also getting Fbranch output contains some values that are nan - my newick tree is rooted on the outgroup and I am using outputs from the newest version from Dsuite.
This is the rooted tree file i am using
((((((tab,lud),rig),hub),orn),(jon,cil)),Outgroup);
This is the output from Fbranch;
branch branch_descendants Outgroup orn jon cil hub rig tab lud
b2 orn,hub,rig,tab,lud nan nan nan nan nan nan nan nan
b3 jon,cil nan nan nan nan nan nan nan nan
b4 hub,rig,tab,lud nan nan 0 0 nan nan nan nan
b5 orn nan nan 0.109934 0 nan nan nan nan
b6 jon nan 0 nan nan 0 0 0 0
b7 cil nan 0 nan nan 0.113624 0.0839248 0.265602 0.137318
b8 rig,tab,lud nan 0 0 0 nan nan nan nan
b9 hub nan 0.2344 0 0 nan nan nan nan
b10 tab,lud nan 0 0 0 0 nan nan nan
b11 rig nan 0 0 0 0 nan nan nan
b12 tab nan 0 0 0 0 0 nan nan
b13 lud nan 0 0 0.176861 0 0 nan nan
Z-scores:
branch branch_descendants Outgroup orn jon cil hub rig tab lud
b2 orn,hub,rig,tab,lud nan nan nan nan nan nan nan nan
b3 jon,cil nan nan nan nan nan nan nan nan
b4 hub,rig,tab,lud nan nan 0 0 nan nan nan nan
b5 orn nan nan 3.06434 1.83672 nan nan nan nan
b6 jon nan 0 nan nan 0 0 0 0
b7 cil nan 2.21854 nan nan 3.28348 2.68571 2.58849 2.99704
b8 rig,tab,lud nan 0 0 0 nan nan nan nan
b9 hub nan 3.20336 2.21666 2.56322 nan nan nan nan
b10 tab,lud nan 0 0 0 0 nan nan nan
b11 rig nan 0.0340151 0.51826 0.326587 0.0344603 nan nan nan
b12 tab nan 0 0 0 0 0 nan nan
b13 lud nan 1.98995 2.39295 2.64444 1.25725 1.06048 nan nan
Hello - similar to issue #32 - I am also getting Fbranch output contains some values that are nan - my newick tree is rooted on the outgroup and I am using outputs from the newest version from Dsuite.
This is the rooted tree file i am using ((((((tab,lud),rig),hub),orn),(jon,cil)),Outgroup);
Here are the first few lines from my tree.txt file P1 P2 P3 Dstatistic Z-score p-value f4-ratio clustering_sensitive clustering_robust BBAA ABBA BABA jon cil hub 0.613928 3.28348 0.00102536 0.113624 0.309009 0.9616 21.688 10.568 2.528 lud hub cil 0.107296 0.442595 0.658059 0.0283126 0.082042 0.532853 22.14 7.74 6.24 hub orn cil 0.104603 0.415359 0.677879 0.0195925 0.232472 0.548611 26.08 5.28 4.28 rig hub cil 0.430733 2.56322 0.0103705 0.161185 0.00661079 0.977637 23.3867 16.3867 6.52 tab hub cil 0.499935 2.6989 0.00695697 0.200166 1.27108e-08 0.125 25.91 19.3267 6.44333 jon cil lud 0.788497 2.99704 0.00272614 0.137318 1 1 22.26 9.64 1.14 jon cil orn 0.611511 2.21854 0.026518 0.0743982 0.0742555 0.777778 19.08 8.96 2.16 jon cil rig 0.483405 2.68571 0.00723768 0.0839248 1 1 27.84 6.85333 2.38667 jon cil tab 0.455305 2.58849 0.00963988 0.265602 1 1 32.7133 8.71 3.26 lud orn cil 0.294118 1.14324 0.25294 0.0471876 2.17241e-07 0.5 18.1 5.5 3
This is the output from Fbranch; branch branch_descendants Outgroup orn jon cil hub rig tab lud b2 orn,hub,rig,tab,lud nan nan nan nan nan nan nan nan b3 jon,cil nan nan nan nan nan nan nan nan b4 hub,rig,tab,lud nan nan 0 0 nan nan nan nan b5 orn nan nan 0.109934 0 nan nan nan nan b6 jon nan 0 nan nan 0 0 0 0 b7 cil nan 0 nan nan 0.113624 0.0839248 0.265602 0.137318 b8 rig,tab,lud nan 0 0 0 nan nan nan nan b9 hub nan 0.2344 0 0 nan nan nan nan b10 tab,lud nan 0 0 0 0 nan nan nan b11 rig nan 0 0 0 0 nan nan nan b12 tab nan 0 0 0 0 0 nan nan b13 lud nan 0 0 0.176861 0 0 nan nan
Z-scores:
branch branch_descendants Outgroup orn jon cil hub rig tab lud b2 orn,hub,rig,tab,lud nan nan nan nan nan nan nan nan b3 jon,cil nan nan nan nan nan nan nan nan b4 hub,rig,tab,lud nan nan 0 0 nan nan nan nan b5 orn nan nan 3.06434 1.83672 nan nan nan nan b6 jon nan 0 nan nan 0 0 0 0 b7 cil nan 2.21854 nan nan 3.28348 2.68571 2.58849 2.99704 b8 rig,tab,lud nan 0 0 0 nan nan nan nan b9 hub nan 3.20336 2.21666 2.56322 nan nan nan nan b10 tab,lud nan 0 0 0 0 nan nan nan b11 rig nan 0.0340151 0.51826 0.326587 0.0344603 nan nan nan b12 tab nan 0 0 0 0 0 nan nan b13 lud nan 1.98995 2.39295 2.64444 1.25725 1.06048 nan nan
Thanks! Dylan