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Bioinformática Hospital de Amor de Barretos.
https://www.hcancerbarretos.com.br/
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Container Annovar #20

Closed leobiscassi closed 5 years ago

leobiscassi commented 5 years ago

Adiciona Dockerfile para criação do container annovar; o motivo de optarmos utilizar dessa maneira ao invés de trabalhar com o docker-compose é que o SO do cliente é antigo e está dando conflitos em bibliotecas cruciais para utilizarmos a ferramenta.

#

Para utilizar escolha uma das duas opções

Docker Hub

$ docker pull mi4u/annovar:0.0.1-rc
$ docker run --name cassandra -p 9042:9042 -v /home/leobiscassi/projects/ha-bioinformatica/annovar/data-cassandra:/var/lib/cassandra --rm -d mi4u/annovar:0.0.1-rc
$ docker run -it --link cassandra:cassandra --rm mi4u/annovar:0.0.1-rc cqlsh cassandra -f /cassandra_scripts/ha_bioinformatica.cql
$ docker run -it --name annovar --link cassandra:cassandra --rm mi4u/annovar:0.0.1-rc /bin/bash

Depois de realizar os passos execute os scripts presentes em /annovar_scripts/.

Docker build

  1. cd ~/projects/ha-bioinformatica/annovar
  2. docker build -t mi4u/annovar:0.0.1-rc .
  3. docker run --name cassandra -p 9042:9042 -v /home/leobiscassi/projects/ha-bioinformatica/annovar/data-cassandra:/var/lib/cassandra --rm -d mi4u/annovar:0.0.1-rc
  4. docker run -it --link cassandra:cassandra --rm mi4u/annovar:0.0.1-rc cqlsh cassandra -f /cassandra_scripts/ha_bioinformatica.cql
  5. docker inspect cassandra | grep -m1 \"IPAddress\":
  6. docker run -it --name annovar --link cassandra:cassandra --rm mi4u/annovar:0.0.1-rc /bin/bash
  7. Rodar scripts ETL a partir da pasta /annovar_scripts/
leobiscassi commented 5 years ago

ping @rodrigofaccioli