P.68の上から４つ目のコマンドでつまずきました

[inoue-u]

失礼します、学生です。DRY解析教本改訂２版で勉強させていただいています。

早速本題に入らせていただきます、P.64の上から4つ目のコマンド「040_run-sra-fastq-dump.sh」なのですが、

$ 040_run-sra-fastq-dump.sh -bash: 040_run-sra-fastq-dump.sh: command not found

とでてしまい、「 ./ 」をつけて

$ ./040_run-sra-fastq-dump.sh ./040_run-sra-fastq-dump.sh: line 8: sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/fastq-dump: No such file or directory

としてもこのようになったため、sratoolkitを最新の2.10.5-mac64とした(041_run-sra-fastq-dump.sh)のですが

$ ./041_run-sra-fastq-dump.sh -bash: ./041_run-sra-fastq-dump.sh: Permission denied

のようになってしまい、中身の

!/bin/bash

set -euo pipefail fdump=sratoolkit.2.10.5-mac64/bin/fastq-dump sra=DRR006760.sra fq1=DRR006760_1.fastq fq2=DRR006760_2.fastq

${fdump} --split-files ${sra} gzip ${fq1} gzip ${fq2}

をそのままターミナルにコピペすると、

${fdump} --split-files ${sra} This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ Saving session...-bash: HISTTIMEFORMAT: unbound variable

[プロセスが完了しました]

となって先に進めませんでした。 ご回答お願いします

[misshie]

ご迷惑おかけしています。確認してみます。もう少々お時間下さい。

[Mike-JH0912]

私も同一のエラーでスタックしました。結局、DDBJからFastq ファイルをダウンロードすることで、この部分はクリアできましたが、次のSamtoolではファイルを開けてコピペでは解決しない障害にぶち当たりました。

[misshie]

シェルスクリプト実行

$ 040_run-sra-fastq-dump.sh は間違いで、 $ ./040_run-sra-fastq-dump.sh が正しいです。カレントディレクトリのファイル実行には、./でパスの明示をすることが必要です。ご指摘ありがとうございます。

sratoolkitのバージョン変更

040_run-sra-fastq-dump.shの3行目 fdump=sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/fastq-dump を、たとえばカレントディレクトリ内のsratoolkit.2.10.5-mac64以下にSRAtookilを展開したのならば、 fdump=sratoolkit.2.10.5-mac64/bin/fastq-dump と変更してください。変更にはお好きなテキストエディターを使用してください。この方法ですと、040_run-sra-fastq-dump.shには実行権限があたえられているので実行可能だと思います。

ここで、新規にファイル（たとえば./new041_run-sra-fastq-dump.shファイル）を作られた場合、このファイルに実行権限を与えるため、 $ chmod a+x new041_run-sra-fastq-dump.sh を前もって実行する必要があります。

さて、SRA toolkitのエラーはまだでるでしょうか？まだ出るようであればお知らせください。

[inoue-u]

ご対応ありがとうございます。バージョン変更と実行権限の付与で解決しました。 時節柄くれぐれもご自愛ください。

2020/05/18 5:14、MISHIMA, Hiroyuki notifications@github.comのメール:

シェルスクリプト実行

$ 040_run-sra-fastq-dump.sh は間違いで、 $ ./040_run-sra-fastq-dump.sh が正しいです。カレントディレクトリのファイル実行には、./でパスの明示をすることが必要です。ご指摘ありがとうございます。

sratoolkitのバージョン変更

040_run-sra-fastq-dump.shの3行目 fdump=sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/fastq-dump を、たとえばカレントディレクトリ内のsratoolkit.2.10.5-mac64以下にSRAtookilを展開したのならば、 fdump=sratoolkit.2.10.5-mac64/bin/fastq-dump と変更してください。変更にはお好きなテキストエディターを使用してください。この方法ですと、040_run-sra-fastq-dump.shには実行権限があたえられているので実行可能だと思います。

ここで、新規にファイル（たとえば./new041_run-sra-fastq-dump.shファイル）を作られた場合、このファイルに実行権限を与えるため、 $ chmod a+x new041_run-sra-fastq-dump.sh を前もって実行する必要があります。

さて、SRA toolkitのエラーはまだでるでしょうか？まだ出るようであればお知らせください。

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/misshie/ngsdat2/issues/11#issuecomment-629853979, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/APMN3TR6IQGXEO32WYJ54YLRSBARDANCNFSM4M7U6SKA.

[rhase628]

大学院生でゲノム解析を勉強しているものです． DRY解析教本改訂２版を使っているのですが， 2年前Discuccionになっていたところで躓いております．

最新版のsratoolkit.2.11.2-mac64をダウンロードして， 040_run-sra-fastq-dump.shの3行目 fdump=sratoolkit.2.11.2-mac64/bin/fastq-dumpに書き換えて 040_run-sra-fastq-dump.shを実行したのですが， This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ となってしまいます．

新規にファイルを作って実行権限を与えてもだめでした． ご多忙のところ恐縮ですが，ご教示頂けないでしょうか．よろしくお願い致します．