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misshie / ngsdat2

NGS Data Analysis Textbook Version 2 (Disease Genome Analysis)
MIT License
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p.68 ./040_run-sra-fastq-dump.shが実行できません #17

Open oshima0410 opened 4 years ago

oshima0410 commented 4 years ago

まず、このシェルスクリプトの中身は最新バージョンに書き換えました、 3行目 fdump=sratoolkit.2.10.7-mac64/bin/fastq-dump

その上で実行したのですが、 This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ と返ってきます。 vdb-configでなにか変更しなくてはいけないのでしょうか？

camelest commented 4 years ago

はじめまして、同じところで困っております。こちら解決されましたでしょうか…？

misshie commented 4 years ago

大変おまたせして申し訳ありません。この件調査とりかかります。もう少々お時間下さい。

camelest commented 4 years ago

ご連絡いただきありがとうございます。完全にプログラミング初心者なので意味を解釈できていないのですが、下記の作業で一旦解消したようです。いかがでしょうか。

https://ncbi.github.io/sra-tools/install_config.html こちらに沿って $ vdb-config --interactive を実行し、C (CACHE)から空のローカルのディレクトリを指定するも繰り返し同じメッセージが出てしまったため、

https://www.cnblogs.com/zypiner/p/13187648.html こちらを拝見して $ ./sratoolkit.2.10.8-mac64/bin/vdb-config --interactive と直接指定して同様の作業を実行

こちらのあとに再度 $ ./040_run-sra-fastq-dump.sh としたところ Read 57442589 spots for DRR006760.sra Written 57442589 spots for DRR006760.sra と表示されたのですがこれは問題なく進んだということでしょうか。

misshie commented 4 years ago

SRAtoolkitのどのバージョンからvdb-configを使った初期設定が必須になったのかわからないのですが、ご指摘いただいた作業が必要なようです。むしろこちらが教えていただきました。ありがとうございます。

camelest commented 4 years ago

こちらこそありがとうございました。

AkiraMatsunaga commented 4 years ago

０から始める疾患ゲノム解析ver2で最後まで解析することができました。ありがとうございました。 今回はhg38を使った解析なので、より新しい情報が得られると思い、トライしてみました。 ご指摘の箇所など、時間はかかりましたが、解析データを得ることができました。 ありがとうございました。 ただ、以下の項目で少々困っています。 Dry解析教本ver1の神田将和先生の疾患ゲノム解析では、最終的にできあがった原因候補遺伝子のカラム項目に、

Chr Start End Ref Alt Func.refGene Gene.refGene GeneDetail.refGene ExonicFunc.refGene AAChange.refGene Otherinfo genomicSuperDups ExAC_ALL ExAC_AFR ExAC_AMR ExAC_EAS ExAC_FIN ExAC_NFE ExAC_OTH ExAC_SAS esp6500siv2_all snp138 generic SIFT_score SIFT_pred Polyphen2_HDIV_score Polyphen2_HDIV_pred Polyphen2_HVAR_score　Polyphen2_HVAR_pred LRT_score LRT_pred MutationTaster_score MutationTaster_pred MutationAssessor_score MutationAssessor_pred FATHMM_score FATHMM_pred RadialSVM_score RadialSVM_pred LR_score LR_pred VEST3_score CADD_raw CADD_phred GERP++_RS phyloP46way_placental phyloP100way_vertebrate SiPhy_29way_logOdds

と多くの情報が抽出され、ExAC_ALLなどを使って低頻度の変異をセレクトすることができ、SIFTやPolyphen2などで病因候補らしさも推定することができたのですが、先生の採用されているToMMo 3.5KJPNv2のみだと、多くの変異で頻度が空欄で低頻度変異をセレクトできないようです。 自分でプログラムを書き換えれば良いのでしょうが、そこまでの能力がなく困っています。 追加プログラムなどありましたら、よろしくお願い申し上げます。

NakanoTakato commented 3 years ago

失礼します。同様のエラーメッセージ（This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/）が出てきましたので、質問させていただきます。

./sratoolkit.2.10.8-mac64/bin/vdb-config --interactive このコマンドを実行した後の設定画面では、具体的にどのような操作が必要なのでしょうか？ 添付のリンクが無効になってしまっていて、参照することができません。 よろしくお願いいたします。

MinakoUchino commented 2 years ago

はじめまして。超初心者に加えてプログラミングそのものにセンスがなく（10行目の「スクリプト内のディレクトリ名は書き換えてほしい」の意味するところが040から始まるファイルのシェルスクリプトの中のsratoolkit以下のフォルダ名を最新のものに変えることだと気づくのに一晩かかるくらいにはセンスがない） 同じところでつまづいております。 とりあえずファイル名を変えることは気付き、2021年12月14日時点で最新の2.11.3に変えて実行したところ、 「GitHubからダウンロードされたもので実行できません」を2度食らい、 そのあとfastq-dump.2.11.2 err: item not found while constructing within virtual database module - the path 'DRR006760.sra' cannot be opened as database or table fastq-dump quit with error code 3 となって止まっております。 最新のフォルダ名がsratoolkit.2.11.3-mac64なのに、止まっているところで2.11.2、と出ているのは、 またどこか変えないといけない（変えれば行ける）のでしょうか？ どうぞよろしくお願い申し上げます。