p72のScripts/sort-bed.rb ccds.bed > ccds.sort0.bed が実行できません

Shigeki001 commented 4 years ago

Sort-bed.rbがScriptsのディレクトリに入ってなかったので、githubの先生のページからsort-bed-ucsc.rbをダウンロードしてみましたが、動きませんでした。なお、UCSCからダウンロードしたときファイル名はcads.bed.gzでしたので、実際にはgunzipのあと、cads.bedで動かしています。

すみません。ケアレスミスがありました。動きました。

hidekit926 commented 4 years ago

p72のScripts/sort-bed.rb ccds.bed > ccds.sort0.bed が実行できません -> こちらどの様に解決したらよろしいでしょうか。動かずに困っております。 Sort-bed.rbをどちらからかとってくるのでしょうか。

もしすでに改善していましたら、良いのですが。

misshie commented 4 years ago

混乱させて申し訳ありませんでした。 DiseaseGenomeValidation/Scripts/sort-bed.rb を使用して下さい。ファイルの配置場所が分かりずらいため、GitHubのmaster branch上で DiseaseGenomeMain/Scripts/sort-bed.rbの場所にコピーする修正をしました。

ご指摘ありがとうございます。

hidekit926 commented 4 years ago

三嶋先生

ありがとうございます。修正までして頂き感謝致します。

寺井

On Mon, Nov 2, 2020 at 9:12 AM MISHIMA, Hiroyuki notifications@github.com wrote:

ファイルの配置が分かりずらくすみません。 DiseaseGenomeValidation/Scripts/sort-bed.rb を使用して下さい。 GitHubのmaster branch上で DiseaseGenomeMain/Scripts/sort-bed.rbの場所にコピーする修正をしました。ご指摘ありがとうございます。

— You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/misshie/ngsdat2/issues/18#issuecomment-720175527, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ARRQEE3J46YE3MBWLJUGCQTSNX2QLANCNFSM4QG5KONQ .

-- 慶應義塾大学病院臨床研究推進センターTR部門 03-5363-3474 寺井秀樹

Hideki Terai, MD, Ph.D. Division of Translational Research Clinical and Translational Research Center, Keio University Hospital Division of Pulmonary Medicine, Department of Medicine, Keio University, School of Medicine 35 Shinanomachi, Shinjuku-ku, Tokyo 160-8582, Japan +81-3-5363-3474 hidekit926@gmail.com

misshie / ngsdat2

p72のScripts/sort-bed.rb ccds.bed > ccds.sort0.bed が実行できません #18