220_download-ToMMo.shからshebangを変更されていますが、何か意図があるのですか？

[Funakoshi0524]

お世話になります。 220_download-ToMMo.sh実行時にファイルが1つしかダウンロードされなくて躓いています。現在原因を調べているところですが、スクリプト中で使用されているshebangについて気になったので質問させてください。

220_download-ToMMo.shより番号の若いスクリプトは全てbashを使用していますが、220_download-ToMMo.shではshに変わっています。この変更には何か意図があるのでしょうか？プログラムを見るに、複数のファイルをダウンロードするだけなので、わざわざシェルを変える必要は無いように思えるのですが。。。 今回の問題に直接は関係しないかもしれませんが、もしよろしければ教えて頂きたいです。 お忙しいところ恐縮ですが、どうぞよろしくお願い致します。

[Funakoshi0524]

お世話になっています。 質問させて頂いた内容ですが、とりあえず自己解決しました。そして何とか疾患ゲノム解析の全行程を実行することができました。私はDRY解析で推奨されているMacではなくwsl(Windows Subsystem for Linux)で実施していたので、実行環境の違いが影響する可能性を心配していました。

「230_convert_35KJPNv2-snv.sh」と「240_convert_35KJPNv2-indel.sh」のみ使用したシェルが異なっており、丁度この箇所で躓いたこともあってshebangについて質問させて頂きました。もしかすると私のようにwindowsを使用して解析をされる方もいらっしゃるかと思い、躓いた箇所の原因をシェアしたいと思います。

「230_convert_35KJPNv2-snv.sh」に関しては、私のタイプミスでした。正しく動きます。 「240_convert_35KJPNv2-indel.sh」については、少なくとも私の実行環境(ubuntuでzshで実施しました)では、ループ処理のforeach ...end構文が機能しませんでした。for do ... doneの構文に変更したところうまく機能しました。 報告は以上になります。

[misshie]

お返事が遅れすみません。

シェルの選択ですが、三嶋が書いたスクリプトは基本的にbashを想定しています。010から210までは問題ないのですが、220以降でばらばらになっています。

220はbashで問題ないはずです。これは意図した変更ではありません 230_convert_35KJPNv2-snv.sh 240_convert_35KJPNv2-indel.sh は第一版の神田さん作成のスクリプト由来です。このためzshを使用しています。 250-320まではまたbashを指定しているので、これで問題ないと思います。 240の不具合はこちらでも確認しています。 （申し訳ないのですが、現在少々仕事がパンク気味で、お時間いただきますようお願いします。）

[Funakoshi0524]

ご返信ありがとうございます。 シェルの選択について、承知いたしました。 シェルの変更はしたことがなかったので、良い経験になりました。 お忙しい中恐縮ですが、ご対応よろしくお願い致します。