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NGS Data Analysis Textbook Version 2 (Disease Genome Analysis)
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p67 BWAの準備について #37

Open yui-nagamatsu opened 3 years ago

yui-nagamatsu commented 3 years ago

お世話になっております。 改訂第２版を拝読させていただいております。 NGS解析、コーディングに関して、初学者です。

p67 BWAの準備について、bwa-0.7.17をpushd後makeコマンドを送ると、エラーが発生してしまいます（画像参照）。 makeコマンドを初めて使うもので、何がどう問題なのか理解できず困っております。 お忙しい中恐縮ですが、ご教授いただけますと幸いです。何卒よろしくお願いいたします。 使用PCのスペックは、MacBook Pro (M1, 2020) Big Sur 11.4です。

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820park commented 3 years ago

僕も同じところでつまずいています。色々調べているうちに、「M1チップのMacにBWAを導入するためにはbwa-for-armというパッチを当てる必要があるらしい」と言うところまでわかりました。パッチを当てる際には、あらかじめ下記のコマンドでXcodeをインストールする必要がありそうですが、結局その後にパッチを当てるところでまたエラー(implicit declaration of function 'read' [-Werror,-Wimplicit-function-declaration])が出てきてしまうため、BWAのインストールには至っていません。途中経過で恐縮ですが、参考になればと思い記載しました。

Xcodeのインストール: $ xcode-select --install (https://ja.wikipedia.org/wiki/Xcode)

必要なパッチ: bwa-for-arm (https://github.com/smikkelsendk/bwa-for-arm)

ayanota commented 2 years ago

根本的な解決にはなりませんので、参考程度にご参照ください。

私も同じエラーになりました。 ど素人ながら色々考え調べたのですがよくわからず。なんとなく、BWAがきちんとダウンロードできていないのではないか？と考えました。 そしてBWAはanacondaでインストールできることがわかりましたので conda install -c bioconda bwa とインストールしてみたところ、エラーも出ず成功いたしました。 以後先に進んでおりますが、全く問題なく動いております。 インストール方法が教本と違いますので、パスが通っていない・一部のスクリプトは編集を余儀なくされるなど不便はあります。また文頭通り、違う逃げ道を見つけた程度の解決策なので試す試さないは自己責任でお願いいたします。 そして、当該箇所で躓いており先に進めない方への一助になれば幸いです。