search

mjirik / lisa

Coputer-assisted liver surgery.
http://mjirik.github.io/lisa/
BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
23 stars 12 forks source link

Hystology Analyser - sed3 crash #119

Closed kunesj closed 9 years ago

kunesj commented 9 years ago

Hystology Analyser - Při použití grafického rozhraní pro volbu parametrů segmentace program spadne. Pokud jsou parametry zadány přímo ("default parameters" nebo --nogui), tak funguje bez problému. 

jirka642@MS-7758 ~/Programming/Git/lisa/lisa $ python histology_analyser.py -d
INFO:root:Input file -> None
INFO:root:Data crop -> None
INFO:root:Threshold -> -1
INFO:histology_analyser_gui:Generating sample data...
DEBUG:histology_analyser_gui:Init HistologyAnalyser object
DEBUG:histology_analyser_gui:Remove area
DEBUG:histology_analyser_gui:Segmentation Query Dialog
DEBUG:histology_analyser_gui:Segmentation
DEBUG:segmentation:Dimenze vstupnich dat: 3
DEBUG:segmentation:Funkce spustena bez prioritnich objektu!
DEBUG:segmentation:Pripravuji data...
DEBUG:segmentation:Typ vstupnich dat: int64
DEBUG:segmentation:Nyni si levym nebo pravym tlacitkem mysi (klepnutim nebo tazenim) oznacte specificke oblasti k vraceni.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/jirka642/Programming/Git/lisa/lisa/histology_analyser_gui.py", line 145, in runSegmentation
    self.ha.data_to_skeleton()
  File "/home/jirka642/Programming/Git/lisa/lisa/histology_analyser.py", line 197, in data_to_skeleton
    self.data_to_binar()
  File "/home/jirka642/Programming/Git/lisa/lisa/histology_analyser.py", line 170, in data_to_binar
    binaryOpeningIterations=self.binaryOpening # 1 # noqa
  File "/home/jirka642/Programming/Git/lisa/lisa/segmentation.py", line 157, in vesselSegmentation
    pyed = sed3.sed3(preparedData)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sed3/sed3.py", line 55, in __init__
    img = __import_data(img)
NameError: global name '_sed3__import_data' is not defined

Použitá verze sed3:

jirka642@MS-7758 ~/Programming/Git/lisa/lisa $ pip show sed3

---
Name: sed3
Version: 1.0.7
Location: /usr/local/lib/python2.7/dist-packages
Requires: matplotlib
kunesj commented 9 years ago

Starší verze sed3 1.0.6 funguje

mjirik commented 9 years ago

Je to má vina, díky za upozornění. hned to opravím. Přemýšlím, zda by bylo možné napsat nějaký jednoduchý automatický test. Ozvu se, jak to bude. MJ

2015-03-11 10:27 GMT+01:00 Jiří Kuneš notifications@github.com:

Starší verze sed3 1.0.6 funguje

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/mjirik/lisa/issues/119#issuecomment-78229777.

mjirik commented 9 years ago

Mělo by to fungovat

Dne 11. března 2015 12:47 Miroslav Jiřík miroslav.jirik@gmail.com napsal(a):

Je to má vina, díky za upozornění. hned to opravím. Přemýšlím, zda by bylo možné napsat nějaký jednoduchý automatický test. Ozvu se, jak to bude. MJ

2015-03-11 10:27 GMT+01:00 Jiří Kuneš notifications@github.com:

Starší verze sed3 1.0.6 funguje

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/mjirik/lisa/issues/119#issuecomment-78229777.

kunesj commented 9 years ago

ano, verze 1.0.8 mi už funguje.