Plotting the data does not work

[fredeBio]

Here the plot site does not work:

http://rarefan.evolbio.mpg.de//shiny/analysis/?run_id=9j41ytet

[CFGrote]

there are only 6 colors defined in analysis.R. repin_rayt_association.txt lists all strains as beloning to REPINgroup 7, so this crashes when R tries to acess colors[7].

On Fri, 2022-07-15 at 05:49 -0700, fredeBio wrote:

Here the plot site does not work: http://rarefan.evolbio.mpg.de//shiny/analysis/?run_id=9j41ytet — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>

[fredeBio]

Das hatten wir doch schon vor Ewigkeiten gelöst. Warum geht es denn nicht mehr? ----- Original Message ----- From: Carsten Fortmann-Grote @.> To: mpievolbio-scicomp/rarefan @.> Cc: fredeBio @.>, Author @.> Sent: Fri, 29 Jul 2022 14:28:27 +0200 (CEST) Subject: Re: [mpievolbio-scicomp/rarefan] Plotting the data does not work (Issue #8)

there are only 6 colors defined in analysis.R. repin_rayt_association.txt lists all strains as beloning to REPINgroup 7, so this crashes when R tries to

acess colors[7].

On Fri, 2022-07-15 at 05:49 -0700, fredeBio wrote:

Here the plot site does not work:

http://rarefan.evolbio.mpg.de//shiny/analysis/?run_id=9j41ytet

—

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[CFGrote]

kann mich nicht erinnern, dass wir das geloest hatten. der vector colors = c(...) in analysis.R ist schon seit anfang an so definiert, irgendwann hatten wir mal eine sechste farbe eingefuegt, aber dass >6 repingroups in einem datensatz sind, war bislang nicht der fall und entsprechend tauchte der fehler nicht auf. hab jetzt 15 verschiedene farben aus kombination von zwei qualitativen farbskalen eingebaut, solange nicht mehr repingrous rauskommen, sollte das ok sein. falls du eine bessere idee hast, sag bescheid.

[fredeBio]

Hey Carsten, ich glaube wir hatten einfach gesagt, dass wir alle REPIN groups ignorieren die über 6 hinausgehen. Ich glaube wir hatten auch instances wo das der Fall war. Aber kann mich auch nicht mehr erinnern. Aber der Datensatz den ich gerade analysiere macht ein paar Probleme. Ich glaube da kommen noch mehr bugs...

----- Original Message ----- From: "Carsten Fortmann-Grote" @.> To: "mpievolbio-scicomp/rarefan" @.> Cc: "Frederic Bertels" @.>, "Author" @.> Sent: Monday, August 1, 2022 11:02:02 AM Subject: Re: [mpievolbio-scicomp/rarefan] Plotting the data does not work (Issue #8)

kann mich nicht erinnern, dass wir das geloest hatten. der vector colors = c(...) in analysis.R ist schon seit anfang an so definiert, irgendwann hatten wir mal eine sechste farbe eingefuegt, aber dass >6 repingroups in einem datensatz sind, war bislang nicht der fall und entsprechend tauchte der fehler nicht auf. hab jetzt 15 verschiedene farben aus kombination von zwei qualitativen farbskalen eingebaut, solange nicht mehr repingrous rauskommen, sollte das ok sein. falls du eine bessere idee hast, sag bescheid.

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[CFGrote]

ja das wuerde es natuerlich einfach machen. soll ich das so implementieren? oder warten bis deine neuen bugs identifiziert sind?

[fredeBio]

Ja, das können wir machen. Ich muss nochmal sehen was das mit den anderen bugs auf sich hat. Vielleicht muss ich einfach nur REALPHY ändern und der Rest kann so bleiben. Aber erstmal gucken.

----- Original Message ----- From: "Carsten Fortmann-Grote" @.> To: "mpievolbio-scicomp/rarefan" @.> Cc: "Frederic Bertels" @.>, "Author" @.> Sent: Monday, August 1, 2022 11:21:31 AM Subject: Re: [mpievolbio-scicomp/rarefan] Plotting the data does not work (Issue #8)

ja das wuerde es natuerlich einfach machen. soll ich das so implementieren? oder warten bis deine neuen bugs identifiziert sind?

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[CFGrote]

@fredeBio, any update? which repins should we support, 0-5 or 0-6?

[fredeBio]

No idea :( Well in the syringae dataset REPINs are found at group 7

----- Original Message ----- From: "Carsten Fortmann-Grote" @.> To: "mpievolbio-scicomp/rarefan" @.> Cc: "Frederic Bertels" @.>, "Mention" @.> Sent: Tuesday, August 30, 2022 12:06:42 PM Subject: Re: [mpievolbio-scicomp/rarefan] Plotting the data does not work (Issue #8)

@fredeBio, any update? which repins should we support, 0-5 or 0-6?

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[CFGrote]

REPIN group index is limited to 8 now.

[CFGrote]

We have to pass the information about number of REPIN groups / groups with REPINs down to th R shiny app so that only those with REPINs can be selected. Currently any number >= 0 can be selected which does not really make sense.

On Fri, 2022-07-29 at 14:28 +0200, Carsten Fortmann-Grote wrote:

there are only 6 colors defined in analysis.R. repin_rayt_association.txt lists all strains as beloning to REPINgroup 7, so this crashes when R tries to acess colors[7].

On Fri, 2022-07-15 at 05:49 -0700, fredeBio wrote:

Here the plot site does not work: http://rarefan.evolbio.mpg.de//shiny/analysis/?run_id=9j41ytet — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>