search

msberends / AMR

Functions to simplify and standardise antimicrobial resistance (AMR) data analysis and to work with microbial and antimicrobial properties by using evidence-based methods, as described in https://doi.org/10.18637/jss.v104.i03.
https://msberends.github.io/AMR/
Other
83 stars 12 forks source link

AMR fails on drug names ending with "-p" #3

Closed msberends closed 4 years ago

msberends commented 4 years ago

Opened on 26 May 2020 by Asoke Talukder on GitLab:

When a drug name ends with "-P" or "-p", AMR fails. Following are some reproduction sequences:

ab_name("x-p") [1] "(x-p)" Warning message: These values could not be coerced to a valid antimicrobial ID: "x-p". ab_name("xy-p") Error in ifelse(grepl("Invalid regexp", e$message), return(base::grepl(pattern = pattern, : invalid regular expression '^///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// ab_name("xyx-p") Error in ifelse(grepl("Invalid regexp", e$message), return(base::grepl(pattern = pattern, : invalid regular expression '^///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// ab_name("xyxa-p") Error: C stack usage 7969188 is too close to the limit

msberends commented 4 years ago

Our response:

I think this issue was fixed in the latest beta version (at least version 1.2.0.9032). Please let me know if you still run into problems :)

msberends commented 4 years ago

I assume this fixed.