felbecker
commented
5 years ago Your commit somehow includes old versions of the code of others. For instance "Alignment state" was last updated 3 days ago in master, but 17 days ago in your branch. You have to "git pull" to get remote changes of others regularly.
Can you please make a clean pull of master, add your code and request again? Also, can you remove the directory "doxytest" from your commit? The directory "Sequence simulation" is a subdirectory of "src" in the current master, but your branch includes an outdated version of it outside "src". Don't commit outdated code of others.
Can you add some output/testings to "graphtest.cpp"? I can't see whether it works or not at the moment.
- Please generate a (not too big, but not too small) test .fa file using Timons code (use the current master!). Then add this file in the graphTest directory and to your commit.
- Based on this fixed file, write some simple tests for your graph.
- As you know the file, you also know the adjacent nodes of any node. Write test code to check whether all adjacent nodes for a few test nodes that you can find by hand, are also found by your program.
- Also check some nodes, whether they contain the correct k-mer and so on.
- Keep these tests and run them every time you make changes to your graph. It will save you a lot of time in the long run.
We have to finish a usable version of the graph in the next week, since others depend on it.
getNumberofKmers wurde geändert, da ich nun nur die jenigen Knoten betrachte die mindestens ein Match haben mit der nächsten Sequenz. Ich habe mich für ein Vektor<Array<int,2>> entschieden, da es auch passieren kann, dass eine Sequenz garkeine Knoten hat, die mit einer anderen Sequenz ein match hat. nodeList ist die richtige Knotenmenge mit Knoten mit jeweils mindestens ein Match. Ich habe mich für den Datentyp vector entschieden, weil wie gesagt es sein kann, dass es Sequenzen gibt mit keine Matches. Dadurch fällt der vector<vectot<vector>> weg.
NodeListAll ist nur für die Berechnung notwendig.
Es wurde die Klasse Kanten hinzugefügt mit der Eigenschaft als Paar von Knoten.
Zusätzlich wurde ein Vektor für Kanten erstellt, zum speichern der Matches zwischen den Sequenzen.
Die weiteren Änderungen stehen in den Kommenaten der Dateien.