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[holgerd001]

Hi, many weeks ago I ordered a microscopy lens (10x) for taking photos with. Because of corona it tooks such a long time. Now it is delivered and I have taken some photos. At first the quality was moderate. It was difficult to keep the object and the camera steady. A normal tripod is not solid enough. It's good for a 4x microscopy lens but not for a 10x. Additional my macro slide is not as accurate as needed. Especially the driving jumps sometimes. So the focal plane jumps to.

The solution was an old turning lathe. I mounted the camera on it (on the cross slide). Now the camera is very solid mounted and I can move it for- or backwards for a fractional amount.

I found a half rotten fly. I.a. it has a big hole in one of its eyes. I took a photo of the eye with an insight into it.

Greetings Holger

[mviereck]

Wow, that's impressive! Looks like a NASA space picture.

The solution was an old turning lathe.

You mean: Drechselbank?

[holgerd001]

You mean: Drechselbank?

I mean Drehbank. For metal not for wood.

[mviereck]

Ah, ok.

I think about switching to German language. After all, nur wir beide schreiben und lesen hier, wie es aussieht. Bis imfuse (und die anderen tools) international Aufmerksamkeit und Anwendung finden, kann noch etwas dauern.

[holgerd001]

So sieht das mit der Drehbank hier aus:

[mviereck]

Interessant! Die Kamera kannst Du jetzt an Stellrädern der Drehbank minimal bewegen? Ich dachte erst, die Bewegung erfolgt längs der Drehachse, doch jetzt wird mir klar, daß Du die Kamera gewissermaßen als Werkstück montiert hast, daß quer zur Drehachse geführt wird.

Meinen Kamera-Mikroskop-Aufbau muß ich auch mal dokumentieren.

[holgerd001]

Die Kamera kannst Du jetzt an Stellrädern der Drehbank minimal bewegen?

Ja, das geht für einen Bruchteil eines Millimeters.

daß Du die Kamera gewissermaßen als Werkstück montiert hast, daß quer zur Drehachse geführt wird.

Ne, die Kamera ist auf dem Kreuzsupport montiert. Werkstück ist keins drin. Jetzt habe ich zusätzlich noch eine Vorrichtung ergänzt, um die Kamera zu neigen. Ohne diese war es sehr schwer das Objekt in der richtigen Höhe zu positionieren. Die "dritte Hand" ist ja nicht sehr präziese.

Meinen Kamera-Mikroskop-Aufbau muß ich auch mal dokumentieren.

Ja, mach mal.

[mcranium]

Ah, ok.

I think about switching to German language. After all, nur wir beide schreiben und lesen hier, wie es aussieht. Bis imfuse (und die anderen tools) international Aufmerksamkeit und Anwendung finden, kann noch etwas dauern.

Das stimmt so nicht ganz. Ich verfolge dieses Projekt schon eine Weile und finde es beeindruckend, wie weit es bis jetzt schon gekommen ist. Mit Internationalität kann ich leider auch nicht dienen, aber ich dachte ich melde mich trotzdem mal zu Wort. Ich bin Paläontologe mit Fokus auf Arthropoden (https://mcranium.github.io/ für mehr Infos) und hoffe, demnächst meine Promotion abzuschließen. Beim Focus Stacking habe ich bisher sehr viel mit CombineZP gearbeitet, was in den meisten Fällen auch die besten Resultate generiert hat. CombineZP fehlt natürlich die Flexibilität einer Command Line Anwendung. Mit Enfuse und focus-stack (Petteri Aimonen) hatte ich auch schon gan gute Erfahrungen gemacht (https://github.com/mcranium/merfoc). Ich werde imfuse definitiv demnächst einmal ausprobieren und (wenn ich ein wenig Zeit/Energie finde) Vergleiche zu den anderen Programmen vorstellen.

Unten seht ihr noch mein momentanes Makro Setup (Laowa 100 mm, bis 2x Vergrößerung, Kaiser Reprostand und abgesägter Mikroskoprumpf).

[mviereck]

Das stimmt so nicht ganz. Ich verfolge dieses Projekt schon eine Weile und finde es beeindruckend, wie weit es bis jetzt schon gekommen ist.

Das freut mich. Danke!

Beim Focus Stacking habe ich bisher sehr viel mit CombineZP gearbeitet, was in den meisten Fällen auch die besten Resultate generiert hat.

CombineZP ist wirklich gut. Schade, daß es nicht mehr weiterentwickelt wird. Ich habe mal den Source Code gesucht, um es vielleicht am Leben halten oder Teile nutzen zu können, bin aber nicht fündig geworden. Weißt Du da mehr?

Unten seht ihr noch mein momentanes Makro Setup (Laowa 100 mm, bis 2x Vergrößerung, Kaiser Reprostand und abgesägter Mikroskoprumpf).

Beeindruckend! Sieht sehr professionell aus. Das Kameraobjektiv bewegt sich in die Röhre hinein?

[holgerd001]

abgesägter Mikroskoprumpf

Hallo Mario, gute Idee. Mit sowas könnte ich vielleicht die "dritte Hand" ersetzen.

Viele Grüße Holger

[mcranium]

CombineZP ist wirklich gut. Schade, daß es nicht mehr weiterentwickelt wird. Ich habe mal den Source Code gesucht, um es vielleicht am Leben halten oder Teile nutzen zu können, bin aber nicht fündig geworden. Weißt Du da mehr?

Alan Hadley scheint sich derzeit auf andere Projekte zu fokussieren, er hat aber eine funktionierende Website mit Kontaktadresse: http://micropics.org.uk/important_notice.htm Zudem habe ich ein Github Repository mit CombineZP source code gefunden: https://github.com/Vincentdecursay/CombineZP Vermutlich kann man den Source Code auch selbst aus der .msi Datei extrahieren. Wenn man aus den C++ und C Dateien ein Linux-fähiges Command Line Programm basteln könnte, wäre das sicher schon mal sehr hilfreich. Mir fehlt da leider auf jeden Fall das nötige Wissen dazu.

Beeindruckend! Sieht sehr professionell aus. Das Kameraobjektiv bewegt sich in die Röhre hinein? Die Röhre ist nur ein Papierzylinder, der auf das glatte und fast perfekt-zylindrische Objektiv gesteckt wird und nach Belieben verschoben werden kann. Ein kleiner Spalt zwischen Papier und Objekt hat kaum einen Effekt auf die Ausleuchtung. War selbst überrascht, wie gut das funktioniert.

[mviereck]

Zudem habe ich ein Github Repository mit CombineZP source code gefunden: https://github.com/Vincentdecursay/CombineZP

Fantastisch! Ich habe mir gleich eine Kopie gesichert.

Wenn man aus den C++ und C Dateien ein Linux-fähiges Command Line Programm basteln könnte, wäre das sicher schon mal sehr hilfreich. Mir fehlt da leider auf jeden Fall das nötige Wissen dazu.

Aktuell bin ich auch noch weit weg davon. Aber vielleicht arbeite ich mich in C++ ein und kann irgendwann den Code nutzen.

[holgerd001]

Hallo, in den letzten Tagen habe ich mich nicht so sehr um slab und imfuse gekümmert. Dafür habe ich aus einer leeren Keksdose und ein paar Metern LED-Streifen eine Makroleuchte gebastelt. Fotos folgen. Aber jetzt geht's erst mal auf Reisen. Zwei Wochen Schleswig-Holstein.

Viele Grüße Holger

[mviereck]

Na dann, schönen Urlaub!

Ich wollte eben nach langem mal wieder einen Mikroskopstack starten, aber irgendwie habe ich entweder einen Wackelkontakt im Mikroskop, oder die Birnen brennen alle durch. Ich hoffe mal, es ist nichts ernstes.

Ich mache gerade erste Gehversuche in der Sprache Tcl/Tk, um einen mit der Maus bedienbaren Editor für die slab-Masken zu schreiben. Mal gucken, ob ich das hinbekomme.

[holgerd001]

habe ich entweder einen Wackelkontakt im Mikroskop, oder die Birnen brennen alle durch.

Letzteres wäre schon extrem ungewöhnlich. Zumindest wenn die Spannung stimmt.

Ich mache gerade erste Gehversuche in der Sprache Tcl/Tk, um einen mit der Maus bedienbaren Editor für die slab-Masken zu schreiben.

Ich hoffe, Du kommst gut voran. Ich bin erst mal wieder im Lande. Wir hatten zwei Wochen Camping-Urlaub gemacht. Obwohl die Ferien noch nicht angefangen haben, war es sehr voll. Viele Campingplätze waren total ausgebucht. Corona öffnet die Urlaubsschleusen.

[holgerd001]

Fotos folgen.

Verwendet habe ich einen LED-Strip mit 300 LEDs auf 5m, 12V, 4500K und ein passendes Netzteil (12V, 5A) für zusammen 13€. Die Zugentlastung stammt aus einem alten Schuko-Stecker.

[mviereck]

Interessante Konstruktion! Hoffentlich gibt sie die Beleuchtung, die Du brauchst. In Foren lese ich oft von diffuser Beleuchtung, meist realisiert mit milchigweißen Gefäßen, die von außen beleuchtet werden. Falls das Licht zu grell oder hart wird, kannst Du so etwas ja noch ergänzen.

Mit der GUI wird ein langwieriges Projekt. Statt Tcl/Tk habe ich mich jetzt auf Python3+tkinter festgelegt. Ich bin noch dabei, mich in die Grundlagen einzulesen.

[holgerd001]

In Foren lese ich oft von diffuser Beleuchtung,

Diesen Effekt hoffe ich durch die vielen kleinen LEDs zu erreichen. Zusätzlich kann ich noch "Butterbrotpapier" innen einlegen.

habe ich mich jetzt auf Python3+tkinter festgelegt.

Dann hoffe ich, dass Du Dich schnell in die neue Sprache "einlebst".

[mviereck]

Im Moment ruht die Entwicklung von imfuse. Wenn es draußen wieder ungemütlicher und dunkel wird, werde ich mich wieder darin vertiefen.

[holgerd001]

Hallo, die Mikro-Fotografie ruht bei mir zwar nicht, aber z.Z. bereite ich mich auf die creARTour (offene Ateliers) vor: https://creartour-hambergen.de/

Viele Grüße Holger

[mviereck]

Nach langer Pause habe ich endlich wieder an imfuse gearbeitet. Es ist jetzt 10x so schnell wie vorher !!! :rocket:

Die neue Version hat noch ein paar kleine Bugs und braucht auch sonst noch einigen Feinschliff. Doch das meiste geht soweit.

Die wesentliche Umstellung ist die Nutzung von magick -script, um imagemagick aufzurufen. Anstatt, wie zuvor, magick hundertfach zu starten, wird es nur noch einmal gestart und nimmt immer wieder neue Befehle entgegen. Auf diese Weise können alle Bilder und Masken im RAM gehalten werden, und müssen nicht immer wieder gespeichert und geladen werden. Wenn die Bilder zu viel für den RAM werden, schreibt imagemagick sie selbst in den Cache. Die imfuse Option --cache verliert dadurch jedoch auch ihren früheren Nutzen; bereits erstellte Masken können bei einem späteren Start von imfuse nicht wiederverwendet werden. Wenn man also verschiedene Optionen ausprobiert, fängt imfuse immer wieder bei Null an.

[holgerd001]

Hallo Martin,

jetzt bin ich aus dem Urlaub zurück.

Es ist jetzt 10x so schnell wie vorher !!!

Das hört sich ja gut an. Ich werde das in den nächsten Tagen mal testen.

Inzwischen habe ich ein neues Laptop. Das dürfte das ganze hier zusätzlich beschleunigen.

Viele Grüße Holger

[holgerd001]

Wenn ich die 0.7.0 Beta starte kommt nur die Meldung "/bin/bash^M: Defekter Interpreter: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden" Hab ich was vergessen zu installieren? Ich habe:

• imagemagick version 7
• enfuse
• exiftool

Gruß Holger

[mviereck]

Hallo Holger, willkommen zurück!

Inzwischen habe ich ein neues Laptop. Das dürfte das ganze hier zusätzlich beschleunigen.

Ich auch. :-) Da macht das Entwickeln und Ausprobieren gleich mehr Spaß.

Wenn ich die 0.7.0 Beta starte kommt nur die Meldung

Aktuell ist 0.7.7. Oder hast Du Dich vertippt? Bei ImageMagick bitte nochmal die neueste Version herunterladen, da gab es etliche Updates. Ich habe hier ImageMagick 7.1.0-51.

"/bin/bash^M: Defekter Interpreter: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

Komische Fehlermeldung, habe ich so noch nie gesehen.

[mviereck]

Ich habe mal nach der Fehlermeldung gesucht. Hast Du imfuse auf Windows heruntergeladen oder sonstwie etwas auf Windows gemacht?

[holgerd001]

Hast Du imfuse auf Windows heruntergeladen oder sonstwie etwas auf Windows gemacht?

Ne, wie bisher OpenSuse. Nur jetzt aktuell V15.4. Andere Bash-scripts laufen. Ich lade mir mal die aktuelle Version runter.

[holgerd001]

Ich lade mir mal die aktuelle Version runter.

Jetzt ist die Fehlermeldung weg.

[mviereck]

Ich habe soeben eine neue Version 0.7.8 hochgeladen, die etliche Änderungen im Detail hat, vor allem in Bezug auf Slabbing.

Die imfuse Option --cache verliert dadurch jedoch auch ihren früheren Nutzen; bereits erstellte Masken können bei einem späteren Start von imfuse nicht wiederverwendet werden. Wenn man also verschiedene Optionen ausprobiert, fängt imfuse immer wieder bei Null an.

Das stimmt so nicht mehr, imfuse erlaubt jetzt --cache wie früher. Ohne --cache versucht es, so viel wie möglich nur im RAM auszuführen, wenn der das hergibt. Mit einer SSD Festplatte ist --cache aber fast so schnell, wie wenn alles nur im RAM laufen würde. Dafür wird ein ImageMagick-Dateiformat verwendet, das auf schnelle Verarbeitung durch ImageMagick optimiert ist, dafür aber jede Menge Festplattenplatz im Cache braucht.