[DEV/FIX] TBfull module dev and fix on global params

[Mxrcon]

Hey! Here goes my work on the development of TBfull module, I've been testing it with stubs and i found that the unused parameters like TBBWA throws an error, so I'm also suggesting the fix for that as it is very simple and goes well with the rest of the work. After this I'm really interested in solving the #19 issue before proceeding with adding the optional steps.

I'm at your disposal to make any modifications that you'll feel necessary and also to discuss the changes present on this work, please contact me in the comments! Warmly, Davi

[Mxrcon]

Structure of tbfull stub result:

tbfull
├── AA01
│   ├── Bam
│   │   ├── AA01
│   │   ├── AA01_illumina.bai
│   │   ├── AA01_illumina.bam
│   │   └── AA01_illumina.bamlog
│   ├── Called
│   │   ├── AA01_illumina.gatk_position_uncovered_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   │   └── AA01_illumina.gatk_position_variants_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   ├── Classification
│   │   └── Strain_Classification.tab
│   ├── GATK_Bam
│   │   ├── AA01_illumina.gatk.bai
│   │   ├── AA01_illumina.gatk.bam
│   │   ├── AA01_illumina.gatk.bamlog
│   │   ├── AA01_illumina.gatk.grp
│   │   └── AA01_illumina.gatk.intervals
│   ├── Mpileup
│   │   ├── AA01_illumina.gatk.mpileup
│   │   └── AA01_illumina.gatk.mpileuplog
│   ├── Position_Tables
│   │   └── AA01_illumina.gatk_position_table.tab
│   └── Statistics
│       └── Mapping_and_Variant_Statistics.tab
├── AB02
│   ├── Bam
│   │   ├── AB02
│   │   ├── AB02_illumina.bai
│   │   ├── AB02_illumina.bam
│   │   └── AB02_illumina.bamlog
│   ├── Called
│   │   ├── AB02_illumina.gatk_position_uncovered_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   │   └── AB02_illumina.gatk_position_variants_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   ├── Classification
│   │   └── Strain_Classification.tab
│   ├── GATK_Bam
│   │   ├── AB02_illumina.gatk.bai
│   │   ├── AB02_illumina.gatk.bam
│   │   ├── AB02_illumina.gatk.bamlog
│   │   ├── AB02_illumina.gatk.grp
│   │   └── AB02_illumina.gatk.intervals
│   ├── Mpileup
│   │   ├── AB02_illumina.gatk.mpileup
│   │   └── AB02_illumina.gatk.mpileuplog
│   ├── Position_Tables
│   │   └── AB02_illumina.gatk_position_table.tab
│   └── Statistics
│       └── Mapping_and_Variant_Statistics.tab
├── AC03
│   ├── Bam
│   │   ├── AC03
│   │   ├── AC03_illumina.bai
│   │   ├── AC03_illumina.bam
│   │   └── AC03_illumina.bamlog
│   ├── Called
│   │   ├── AC03_illumina.gatk_position_uncovered_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   │   └── AC03_illumina.gatk_position_variants_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   ├── Classification
│   │   └── Strain_Classification.tab
│   ├── GATK_Bam
│   │   ├── AC03_illumina.gatk.bai
│   │   ├── AC03_illumina.gatk.bam
│   │   ├── AC03_illumina.gatk.bamlog
│   │   ├── AC03_illumina.gatk.grp
│   │   └── AC03_illumina.gatk.intervals
│   ├── Mpileup
│   │   ├── AC03_illumina.gatk.mpileup
│   │   └── AC03_illumina.gatk.mpileuplog
│   ├── Position_Tables
│   │   └── AC03_illumina.gatk_position_table.tab
│   └── Statistics
│       └── Mapping_and_Variant_Statistics.tab
├── AD04
│   ├── Bam
│   │   ├── AD04
│   │   ├── AD04_illumina.bai
│   │   ├── AD04_illumina.bam
│   │   └── AD04_illumina.bamlog
│   ├── Called
│   │   ├── AD04_illumina.gatk_position_uncovered_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   │   └── AD04_illumina.gatk_position_variants_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
│   ├── Classification
│   │   └── Strain_Classification.tab
│   ├── GATK_Bam
│   │   ├── AD04_illumina.gatk.bai
│   │   ├── AD04_illumina.gatk.bam
│   │   ├── AD04_illumina.gatk.bamlog
│   │   ├── AD04_illumina.gatk.grp
│   │   └── AD04_illumina.gatk.intervals
│   ├── Mpileup
│   │   ├── AD04_illumina.gatk.mpileup
│   │   └── AD04_illumina.gatk.mpileuplog
│   ├── Position_Tables
│   │   └── AD04_illumina.gatk_position_table.tab
│   └── Statistics
│       └── Mapping_and_Variant_Statistics.tab
└── AD05
    ├── Bam
    │   ├── AD05
    │   ├── AD05_illumina.bai
    │   ├── AD05_illumina.bam
    │   └── AD05_illumina.bamlog
    ├── Called
    │   ├── AD05_illumina.gatk_position_uncovered_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
    │   └── AD05_illumina.gatk_position_variants_cf4_cr4_fr75_ph4_outmode000.tab
    ├── Classification
    │   └── Strain_Classification.tab
    ├── GATK_Bam
    │   ├── AD05_illumina.gatk.bai
    │   ├── AD05_illumina.gatk.bam
    │   ├── AD05_illumina.gatk.bamlog
    │   ├── AD05_illumina.gatk.grp
    │   └── AD05_illumina.gatk.intervals
    ├── Mpileup
    │   ├── AD05_illumina.gatk.mpileup
    │   └── AD05_illumina.gatk.mpileuplog
    ├── Position_Tables
    │   └── AD05_illumina.gatk_position_table.tab
    └── Statistics
        └── Mapping_and_Variant_Statistics.tab