NERVE is an user-friendly software environment for the in silico identification of the best vaccine candidates from whole proteomes of bacterial pathogens. The purpose of this project is to update it, implementing new modules with machine learning based methods, and improving the performance of the already implemented ones.
proteome_downloader.py (scarica proteomi in formato fasta)
function.py (predice/scarica la funzione proteica)
Per vedere come fare il setup e le dipendenze di function.py visita il colab condiviso Modello_funzione_completo mentre per vedere le dipendenze di cello_scraper.py c'è il colab Subcell-loc-cello.
Su function.py forse conviene considerare solo le previsioni fatte con DeepFri e non anche i dati ottenuti interrogando l'api di uniprot (troppo lento, non ne vale la pena dato il ruolo marginale di questo modulo).
Ho aggiunto tre moduli: