search

neurospin / unicog

9 stars 7 forks source link

instructions need to be updated #16

Open chrplr opened 3 years ago

chrplr commented 3 years ago

$ source /i2bm/local/Ubuntu-14.04-x86_64/brainvisa/bin/bv_env.sh bash: /i2bm/local/Ubuntu-14.04-x86_64/brainvisa/bin/bv_env.sh: No such file or directory

isadenghien commented 3 years ago

The access to Anatomist and BrainVisa tools have recently changed. The doc is up to date to https://www.neurospin-wiki.org/pmwiki/Main/BrainvisaSetup

chrplr commented 3 years ago

Merci!

Je cherchais dans /i2bm/local/brainvisa, pas dans /i2bm/brainvisa que je n'avais pas vu bien sûr.

Mais il faut quand même updater le readme du viewer.

Je risque te t'appeler à l'aide pour faire une fusion 3D sous anatomist :-( Tu es à neurospin aujourd'hui ?

On Fri, 11 Jun 2021, 11:35 isadenghien, @.***> wrote:

The access to Anatomist and BrainVisa tools have recently changed. The doc is up to date to https://www.neurospin-wiki.org/pmwiki/Main/BrainvisaSetup

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/neurospin/unicog/issues/16#issuecomment-859448523, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AALVWMXPYYAY6PVU2KBUCOTTSHKFNANCNFSM46QKOBTA .

isadenghien commented 3 years ago

oui je suis à NS, mais je ne pas utiliser ma workstation pour travailler.

2.44.99

Maintenant sur le réseau, il faut avoir Singularity pour lancer Anatomist et

Brainvisa ... pas sure que ca fonctionne avec la "methode" source ....

J'ai vu ça quand j'ai travailler avec Tiffany pour pyanatomist et pycrotex.

Je fais le ligthning talk la semaine prochaine ... je parlerai surment des projections

de map avec pyanatomist/pycortex/pysurfer.

De : Christophe Pallier @.***> Envoyé : vendredi 11 juin 2021 11:42:26 À : neurospin/unicog Cc : DENGHIEN COURCOL Isabelle; Comment Objet : Re: [neurospin/unicog] instructions need to be updated (#16)

Merci!

Je cherchais dans /i2bm/local/brainvisa, pas dans /i2bm/brainvisa que je n'avais pas vu bien sûr.

Mais il faut quand même updater le readme du viewer.

Je risque te t'appeler à l'aide pour faire une fusion 3D sous anatomist :-( Tu es à neurospin aujourd'hui ?

On Fri, 11 Jun 2021, 11:35 isadenghien, @.***> wrote:

The access to Anatomist and BrainVisa tools have recently changed. The doc is up to date to https://www.neurospin-wiki.org/pmwiki/Main/BrainvisaSetup

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/neurospin/unicog/issues/16#issuecomment-859448523, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AALVWMXPYYAY6PVU2KBUCOTTSHKFNANCNFSM46QKOBTA .

— You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHubhttps://github.com/neurospin/unicog/issues/16#issuecomment-859452940, or unsubscribehttps://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABDFCLLRAIR3D7YXBNYYMIDTSHLAFANCNFSM46QKOBTA.

denisri commented 3 years ago

Vous utilisez encore une version Ubuntu 14 ??? Oui les versions récentes (brainvisa 5) nécessitent singularity 3, qui peut se télécharger depuis https://brainvisa.info/web/download.html Le script bv_env.sh est maintentant dans le conteneur, mais n'est plus nécessaire puisqu'il se charge quand on lance le conteneur singularity, avec la commande "bv" qui est dans le bin/ de l'install: bv bash, bv anatomist, etc.

chrplr commented 3 years ago

Non, non, c'est juste la doc qui date de Ubuntu 14.Il faut mettre à jour les instructions dans le readme.md pour qu'on puisse faire fonctionner le script de fusion écrit par Isabelle. (Et il y a un autre soucis dans le setup.py du module unicog)

On Fri, 11 Jun 2021, 12:02 Denis Rivière, @.***> wrote:

Vous utilisez encore une version Ubuntu 14 ??? Oui les versions récentes (brainvisa 5) nécessitent singularity 3, qui peut se télécharger depuis https://brainvisa.info/web/download.html Le script bv_env.sh est maintentant dans le conteneur, mais n'est plus nécessaire puisqu'il se charge quand on lance le conteneur singularity, avec la commande "bv" qui est dans le bin/ de l'install: bv bash, bv anatomist, etc.

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/neurospin/unicog/issues/16#issuecomment-859465298, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AALVWMX2LDGIUDFB7IDFFLLTSHNK7ANCNFSM46QKOBTA .

chrplr commented 3 years ago

Si on, c'est super que anatomist soit dans un container. Je suis en train de télécharger brainvisa sur mon ordi portable (par la connection 4G de mon téléphone. Ca va prendre en certain temps, mais j'ai hâte de pouvoir travailler en local). Bonne journée

On Fri, 11 Jun 2021, 12:07 Christophe Pallier, @.***> wrote:

Non, non, c'est juste la doc qui date de Ubuntu 14.Il faut mettre à jour les instructions dans le readme.md pour qu'on puisse faire fonctionner le script de fusion écrit par Isabelle. (Et il y a un autre soucis dans le setup.py du module unicog)

On Fri, 11 Jun 2021, 12:02 Denis Rivière, @.***> wrote:

Vous utilisez encore une version Ubuntu 14 ??? Oui les versions récentes (brainvisa 5) nécessitent singularity 3, qui peut se télécharger depuis https://brainvisa.info/web/download.html Le script bv_env.sh est maintentant dans le conteneur, mais n'est plus nécessaire puisqu'il se charge quand on lance le conteneur singularity, avec la commande "bv" qui est dans le bin/ de l'install: bv bash, bv anatomist, etc.

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/neurospin/unicog/issues/16#issuecomment-859465298, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AALVWMX2LDGIUDFB7IDFFLLTSHNK7ANCNFSM46QKOBTA .