Удаление полигонов шейп-файла в QGIS не приводит к их действительному удалению из шейп-файла, а только к исчезновению их из QGIS. Удаляемые полигоны сохраняются на диск при сохранении шейп-файла.
Данный полигон был создан путём объединения (инструмент Merge Selected Features) нескольких прямоугольных объектов (видны на втором скриншоте). После объединения прямоугольные объекты не удалились и сохранились на диск вместе с объединённым полигоном. Возможно имеется также ошибка в работе инструмента Merge Selected Features.
Команды для арки, для того, чтобы увидеть объекты шейп-файла, которые не показывает QGIS, но которые присутствуют в шейп-файле:
Удаление полигонов шейп-файла в QGIS не приводит к их действительному удалению из шейп-файла, а только к исчезновению их из QGIS. Удаляемые полигоны сохраняются на диск при сохранении шейп-файла.
Пример: https://www.dropbox.com/s/3ci2pm4qe4gtyqb/bug.zip?dl=0
При открытии этого шейп-файла QGIS (15.4.88) показывает, что в слое будто бы один-единственный полигон (скриншот: https://www.dropbox.com/s/xhfvpdlz9hlh7vo/bug1.gif?dl=0). На самом деле этот шейп файл содержит ранее удалённые полигоны, которые появляются, например, при конвертации в покрытие Arc/INFO (скриншот: https://www.dropbox.com/s/gq2zq1na8hl0cd9/bug2.gif?dl=0) и приводят к ошибке в дальнейшей обработке векторного слоя.
Данный полигон был создан путём объединения (инструмент Merge Selected Features) нескольких прямоугольных объектов (видны на втором скриншоте). После объединения прямоугольные объекты не удалились и сохранились на диск вместе с объединённым полигоном. Возможно имеется также ошибка в работе инструмента Merge Selected Features.
Команды для арки, для того, чтобы увидеть объекты шейп-файла, которые не показывает QGIS, но которые присутствуют в шейп-файле:
shapearc bug selarea_reg select clean selarea_reg # 0.00000001 0.00000001
Затем открыть покрытие selarea_reg в QGIS.