Open lindenb opened 2 months ago
As discussed here: https://nfcore.slack.com/archives/C02L5UB4Y9G/p1725656039950949 this is a set of data for delly but it might be also interesting for any SV/DEL application.
It contains a set of BAMS containing a DEL/DUP/INV and WT
As the dataset was not really an illumina dataset, I put things in a wgsim folder.
The Attachment Makefile.txt contains the Makefile that was used to generate the data.
MT192765.1 (29.8Kbp) > 24.1 │ ▂ ▂ ▇ ▅ ▁ ▅ █ █ ▁ │ Number of reads: 8000 > 21.4 │ ▁ █ █ ▇ █ ▇ ▅ ▆ █ ▁▅ ▁▅ ▁▆ █ ▃ █ █ ▁ █ ▇█▃▆█ █ ▂ █ █▂ ▄▄ █ │ > 18.7 │ █▂█▃▂ ▂█ █▅ ▂ █▃ █▅ ▂ █▆ █▁▁▅ █ ██ ██ █ ▅▁ ▁ ▃ ▃ █▄██▃█ █▅ ▇█▆▂ ▃ ▂ █ ▆ ▁▇ ▆ ▁ █▁█▇█████ ▂ █ ▂█ ▇▃▂█▇▅█ ██ ▅██▂ █▅ ▇▆█ ▁▁ ▁ ▂█ █ ▆▅▂▄▆█ │ Covered bases: 29.8Kbp > 16.0 │ ██████▃▃▇▆██▃██▅█▁▆██▅██▃▄ █ ▄██ ████ █ █████▂▁▇▃▂ █▅██▅▆ █ ▇█ ▇ ▄█ ██████▅██▆████▃█ ▃ ▂▅ █ ▄ █▄ █▅██ ▂█ ▃█ ▃█████████▇███ ▇█ ██▇███████▄██▂████ ██████▄██ █ ██▄█▃▆ ▃██████ │ Percent covered: 99.92% > 13.4 │ ██████████████████████████▅▇█▃██████████▇█████████████████▆▇█▂██▄█ ███████████████████▄█▂██ ██▁▇▆▃▅▇█▅██▇███████▇██▅████████████████████████████████████▅█████████▃████████▂▁███████▁ │ Mean coverage: 18.8x > 10.7 │ ▁ ██████████████████████████████████████████████████████████████████▆██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ │ Mean baseQ: 17 > 8.0 │ █▆██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▆│ Mean mapQ: 60 > 5.3 │▁█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ > 2.7 │██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 160bp > 0.0 │██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo max cov: 26.725 1 1.6K 3.2K 4.8K 6.4K 8.0K 9.6K 11.2K 12.8K 14.4K 16.0K 17.6K 19.2K 20.8K 22.4K 24.0K 25.6K 27.2K 29.8K MT192765.1 (29.8Kbp) > 28.7 │ ▃ █ │ Number of reads: 7974 > 25.5 │ ▃ █ ▃ ▇ █ ▁ ▃ │ > 22.3 │ ▂ ▁▃ ▂ ▅ █ ▆ ▂ █ ▅██ █▂ ▆ ▄▆ ▁ ▁▁█▂▂▁ ▂ ▃ ▂ ▄ █▄▅ ▇ ▁▆ ▄█ █ ▄▅ ▂ ▆ ▄ █▁ ▁ █ ▃ ▁ │ Covered bases: 29.8Kbp > 19.1 │ █ ▅▄ ▁ ██▆█▅ █ █▂▂█▄▄█ ▃█ ███▂██ ▅ █ ██ █▄ ██████▇██ █ ▄ █ ▃▄ ▁ ▂ █▁ ██ ▇ ▃▇▁█▄███▄█▆▂▃ ▃ ▁▆ ▃▁▆▁ ██▄██▂██▁██▃█▁ █ █▃ ██ █▆ ██ █ █▃▂▂█ │ Percent covered: 99.96% > 15.9 │ ▁█▁██ █ ▇█████▃█ ▅██████████▇██████▇█▇███████ ▅█████████ █▅▃▄█▅█▇██▅ ▆ ▇▂█▂█ ██ ██▅▄█▃▅█████████████▃▆█ ███████ ██████████████▄██▁█████▇██▅███▅█▂ ▆█████▁ │ Mean coverage: 18.7x > 12.8 │ █████▇▇█▆█████████████████████████████████████ ▆██████████▆███████████▆███████████████████████████████████▄█████████████████████████████████████████▄███████ │ Mean baseQ: 17 > 9.6 │ ▂▅██████████████████████████████████████████████ ▂ ▆ ▂ ▁█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▄▆ │ Mean mapQ: 60 > 6.4 │▄████████████████████████████████████████████████▂▇█▂▆▃█▃█▆▇▅ ▇▇▁▆▇▂█▁▆█▆████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▆│ > 3.2 │█████████████████████████████████████████████████████████████▇████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 160bp > 0.0 │██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo max cov: 31.9 1 1.6K 3.2K 4.8K 6.4K 8.0K 9.6K 11.2K 12.8K 14.4K 16.0K 17.6K 19.2K 20.8K 22.4K 24.0K 25.6K 27.2K 29.8K MT192765.1 (29.8Kbp) > 26.5 │ █ │ Number of reads: 7975 > 23.5 │ ▃ ▃ ▂ █ █ ▄ █ ▂ │ > 20.6 │ ▃ ▁ █ ▆ ▄ ▃█ █ ▄▅ ▆▆▄ ▁ ▃ █ ▂ ▃▁ ▅ █ ▂ ▃ ▂ █ ▁ █ ▁ ▄ ▂█▂█▇▆██ █ ▁ ▁ ▄ ▅▇▂▁ █ ▃ ▂ ▂ ▁ ▆ │ Covered bases: 29.8Kbp > 17.6 │ █ ▄█ ▅ ▁▇▄█▁█ ▆ ▃█▁██ █▄▆██▇███▂█▅ ▇ █ ▃██▄▅▅ ▂█ █ ██ ▁▃ ▁ ▃▂ ▅ █ ▄▄█▁█▁█▆▇█▃ █ █ ▂ ▄▂ ▅▂█ █▆▇▆█▁█▄▄▆ █▁████████▄▇▅ ▇ █▃▅█ ▆▄ █ ▂█ ████ █ ▇▃█ ██ █ █ █ ▅ █ │ Percent covered: 99.95% > 14.7 │ ██▃██ █▆██████▅▃█ █████▄████████████▇█▅█▅█████████▃▃█ ██ ██ ▁█████ ▃█▁▂█▁███████████▁█▆█▄█▆▃▂██▄▇▄▅▃███▆██████████▂▁█████████████▆ ▆█▅▆████▁██▃█▇██▁████▃█▆▁████████ ██▃█ ▇▇▃▃▃▁██▄█ │ Mean coverage: 18.7x > 11.8 │ █████████████████▅██████████████████████████████████████▅██▄██████▄█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▆████▅██████████▂ │ Mean baseQ: 17 > 8.8 │ ▃▅█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▂▆│ Mean mapQ: 60 > 5.9 │▃█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ > 2.9 │██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 160bp > 0.0 │██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████│ Histo max cov: 29.413 1 1.6K 3.2K 4.8K 6.4K 8.0K 9.6K 11.2K 12.8K 14.4K 16.0K 17.6K 19.2K 20.8K 22.4K 24.0K 25.6K 27.2K 29.8K MT192765.1 (29.8Kbp) > 46.9 │ ▂▆ ▆▅ █▄▁▂▃▂ ▂ ▁ │ Number of reads: 7979 > 41.7 │ ▄██▇██▅██████▇█▂ █ │ > 36.5 │ ████████████████▃█ │ Covered bases: 29.8Kbp > 31.3 │ ███████████████████ │ Percent covered: 99.95% > 26.1 │ ███████████████████ │ Mean coverage: 18.7x > 20.9 │ ▄ ████████████████████ ▁ ▂ │ Mean baseQ: 17 > 15.6 │ ▃ ▄ ▁ ▄ ▇▁▆▅▂▁▁ ▄ ▇ ▂ ▁▁ ▂ ▂ ▄ ▂ ▁ ▂ ▁ ▄ ▄▃ ▅▅ ▅▆▃▁▅▁▁▂█▇▁▆▅▂▂ ▁ ████████████████████ █ ▂▃▄▃▅▄█▂ ▄▃ ▃▂ ▃▅▁▆▁▂▂ ▆ ▁ ▁▅ ▁▂▁█▂ ▆▂ ▂ ▃ ▆▂ │ Mean mapQ: 60 > 10.4 │ ▅███▆█▅▃▅█▅█████████▆▂█▆█▃▆▆▆▅▅██▅█▆█▄▆█ ▆█▁██▅▇▆█▅▂█▆█▁██▃██▃██▇█▅██ ██▆███████████████▄█▅ ▃▆▄█████████████████████ ██████████▅██ ██▅██████████▇██▆██▅█▁▆▇█████▆██▅▄█▄▂▆▃▄▂▅▃█▆▇██▄ │ > 5.2 │ ▅▆████████████████████████████████████████▇██████████████████████████████████████████████████▆████████████████████████▆█████████████▇██████████████████████████████████████████████████▃ │ Histo bin width: 160bp > 0.0 │▇████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▇│ Histo max cov: 52.138 1 1.6K 3.2K 4.8K 6.4K 8.0K 9.6K 11.2K 12.8K 14.4K 16.0K 17.6K 19.2K 20.8K 22.4K 24.0K 25.6K 27.2K 29.8K
while I was here I added a valid gff3 (the gff3 for srarscov in modules is not valid...), a gtf and I called and annotated the 4 bams with bcftools and hapcaller.
Thanks !
As discussed here: https://nfcore.slack.com/archives/C02L5UB4Y9G/p1725656039950949 this is a set of data for delly but it might be also interesting for any SV/DEL application.
It contains a set of BAMS containing a DEL/DUP/INV and WT
As the dataset was not really an illumina dataset, I put things in a wgsim folder.
The Attachment Makefile.txt contains the Makefile that was used to generate the data.
while I was here I added a valid gff3 (the gff3 for srarscov in modules is not valid...), a gtf and I called and annotated the 4 bams with bcftools and hapcaller.
Thanks !