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nipype / pydra

Pydra Dataflow Engine
https://nipype.github.io/pydra/
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FunctionTask hash inconsistency #455

Open JeffWigger opened 3 years ago

JeffWigger commented 3 years ago

What version of Pydra are you using? Pydra version: 0.14.1 Python version: 3.8.5

This is the follow-up to the caching issue from yesterdays jitsi meeting. I was able to load the _task.pklz now. The issue did not lie with ants’ ApplyTransforms. It instead originated with a FunctionTask called before it.

A FunctionTask with customized outputs generates inconsistent hashes. This happens for both the python function annotations as well as the @pydra.mark.annotate decorator. However, if using the former, the task has a new hash every time, whilst when using the latter, it just randomly alternates between two possible hashes. The two following minimal examples demonstrate this behaviour.

Decorator example:

import os
import pydra
import typing as ty

cache_dir_tmp = "/home/rerun_test/cache"

@pydra.mark.task
@pydra.mark.annotate({"return": {"res", ty.Any}})
def add_var_wait(a, b):
    print("rerun")
    return a + b

task4 = add_var_wait(name = "task4", a=4, b=6, cache_dir=cache_dir_tmp)
print(task4.inputs.hash)

with pydra.Submitter(plugin="cf", n_procs=6) as sub:
    sub(task4)

print(task4.result(return_inputs=True))
print(pydra.__version__)

Type hint example:

import os
import pydra
import typing as ty

cache_dir_tmp = "/home/rerun_test/cache"

@pydra.mark.task
def add_var_wait(a, b) -> ty.NamedTuple("output", [("res", ty.Any)]):
    print("rerun")
    return a + b

task4 = add_var_wait(name = "task4", a=4, b=6, cache_dir=cache_dir_tmp)
print(task4.inputs.hash)

with pydra.Submitter(plugin="cf", n_procs=6) as sub:
    sub(task4)

print(task4.result(return_inputs=True))
print(pydra.__version__)

The expected outcome is for the hash values of task4 to be consistent between runs, such that it can access the correct folder in the cache directory.

Removing the custom output names from all FunctionTask resolves the caching issue in these minimal examples as well as in example workflow that I am working on.

effigies commented 3 years ago

@jw-96 I was able to reproduce with a separate file:

test1.py:

import typing as ty
import cloudpickle as cp

def func(a, b) -> {"res": ty.Any}:
    print("rerun")
    return a + b

print(cp.dumps(func))
$ for i in {0..10}; do python test1.py; done | sort | uniq -c
     11 b'\x80\x05\x95\x15\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x8c\x17cloudpickle.cloudpickle\x94\x8c\r_builtin_type\x94\x93\x94\x8c\nLambdaType\x94\x85\x94R\x94(h\x02\x8c\x08CodeType\x94\x85\x94R\x94(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x02KCC\x10t\x00d\x01\x83\x01\x01\x00|\x00|\x01\x17\x00S\x00\x94N\x8c\x05rerun\x94\x86\x94\x8c\x05print\x94\x85\x94\x8c\x01a\x94\x8c\x01b\x94\x86\x94\x8c)/home/chris/Projects/cloudpickle/test1.py\x94\x8c\x04func\x94K\x04C\x04\x00\x01\x08\x01\x94))t\x94R\x94}\x94(\x8c\x0b__package__\x94N\x8c\x08__name__\x94\x8c\x08__main__\x94\x8c\x08__file__\x94h\x11uNNNt\x94R\x94\x8c\x1ccloudpickle.cloudpickle_fast\x94\x8c\x12_function_setstate\x94\x93\x94h\x1c}\x94}\x94(h\x18h\x12\x8c\x0c__qualname__\x94h\x12\x8c\x0f__annotations__\x94}\x94\x8c\x06return\x94}\x94\x8c\x03res\x94\x8c\x06typing\x94\x8c\x03Any\x94\x93\x94ss\x8c\x0e__kwdefaults__\x94N\x8c\x0c__defaults__\x94N\x8c\n__module__\x94h\x19\x8c\x07__doc__\x94N\x8c\x0b__closure__\x94N\x8c\x17_cloudpickle_submodules\x94]\x94\x8c\x0b__globals__\x94}\x94u\x86\x94\x86R0.'

test2.py

import typing as ty
import cloudpickle as cp

def func(a, b) -> ty.NamedTuple("output", [("res", ty.Any)]):
    print("rerun")
    return a + b

print(cp.dumps(func))
$ for i in {0..10}; do python test2.py; done | sort | uniq -c
      1 b'\x80\x05\x95s\x0b\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x8c\x17cloudpickle.cloudpickle\x94\x8c\r_builtin_type\x94\x93\x94\x8c\nLambdaType\x94\x85\x94R\x94(h\x02\x8c\x08CodeType\x94\x85\x94R\x94(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x02KCC\x10t\x00d\x01\x83\x01\x01\x00|\x00|\x01\x17\x00S\x00\x94N\x8c\x05rerun\x94\x86\x94\x8c\x05print\x94\x85\x94\x8c\x01a\x94\x8c\x01b\x94\x86\x94\x8c)/home/chris/Projects/cloudpickle/test2.py\x94\x8c\x04func\x94K\x04C\x04\x00\x01\x08\x01\x94))t\x94R\x94}\x94(\x8c\x0b__package__\x94N\x8c\x08__name__\x94\x8c\x08__main__\x94\x8c\x08__file__\x94h\x11uNNNt\x94R\x94\x8c\x1ccloudpickle.cloudpickle_fast\x94\x8c\x12_function_setstate\x94\x93\x94h\x1c}\x94}\x94(h\x18h\x12\x8c\x0c__qualname__\x94h\x12\x8c\x0f__annotations__\x94}\x94\x8c\x06return\x94h\x00\x8c\x14_make_skeleton_class\x94\x93\x94(\x8c\x08builtins\x94\x8c\x04type\x94\x93\x94\x8c\x06output\x94h(\x8c\x05tuple\x94\x93\x94\x85\x94}\x94\x8c\t__slots__\x94)s\x8c 0a293e4374074dcfb4482cc6dfec2226\x94Nt\x94R\x94h\x1d\x8c\x0f_class_setstate\x94\x93\x94h3}\x94(\x8c\x07__doc__\x94\x8c\x0coutput(res,)\x94h0)\x8c\x07_fields\x94\x8c\x03res\x94\x85\x94\x8c\x0f_field_defaults\x94}\x94\x8c\x07__new__\x94h(\x8c\x0cstaticmethod\x94\x93\x94h\x05(h\x08(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x03KCC\x0ct\x00|\x00|\x01f\x01\x83\x02S\x00\x94N\x85\x94\x8c\n_tuple_new\x94\x85\x94\x8c\x04_cls\x94h:\x86\x94\x8c\x08<string>\x94\x8c\x08<lambda>\x94K\x01C\x00\x94))t\x94R\x94}\x94h\x18\x8c\x11namedtuple_output\x94sNNNt\x94R\x94h\x1fhO}\x94}\x94(h\x18h>h"\x8c\x0eoutput.__new__\x94h#}\x94h:\x8c\x06typing\x94\x8c\x03Any\x94\x93\x94s\x8c\x0e__kwdefaults__\x94N\x8c\x0c__defaults__\x94)\x8c\n__module__\x94hMh7\x8c#Create new instance of output(res,)\x94\x8c\x0b__closure__\x94N\x8c\x17_cloudpickle_submodules\x94]\x94\x8c\x0b__globals__\x94}\x94hC\x8c\x08builtins\x94\x8c\x07getattr\x94\x93\x94h-\x8c\x07__new__\x94\x86\x94R\x94su\x86\x94\x86R0\x85\x94R\x94\x8c\x05_make\x94h(\x8c\x0bclassmethod\x94\x93\x94h\x05(h\x08(K\x02K\x00K\x00K\x03K\x06K\x13C2\x88\x02|\x00|\x01\x83\x02}\x02\x88\x00|\x02\x83\x01\x88\x01k\x03r.t\x00d\x01\x88\x01\x9b\x00d\x02t\x01|\x02\x83\x01\x9b\x00\x9d\x04\x83\x01\x82\x01|\x02S\x00\x94N\x8c\tExpected \x94\x8c\x10 arguments, got \x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or iterable\x94h[h\x00\x8c\n_make_cell\x94\x93\x94h`\x8c\x03len\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92K\x01\x85\x94R\x94h\x92he\x85\x94R\x94\x87\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x85\x94R\x94\x8c\x08_replace\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x01K\x00K\x03K\x06K\x1bC.|\x00\xa0\x00\x88\x00|\x01j\x01\x88\x01|\x00\x83\x03\xa1\x01}\x02|\x01r*t\x02d\x01t\x03|\x01\x83\x01\x9b\x02\x9d\x02\x83\x01\x82\x01|\x02S\x00\x94N\x8c\x1cGot unexpected field names: \x94\x86\x94(hi\x8c\x03pop\x94\x8c\nValueError\x94\x8c\x04list\x94t\x94\x8c\x04self\x94\x8c\x04kwds\x94hu\x87\x94hwh\xa1M\xbf\x01C\x08\x00\x01\x14\x01\x04\x01\x12\x01\x94\x8c\x04_map\x94\x8c\x0bfield_names\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xb6}\x94}\x94(h\x18h\xa1h"\x8c\x0foutput._replace\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8cEReturn a new output object replacing specified fields with new values\x94h[h\x92h(\x8c\x03map\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h;\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x08__repr__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x03K\x13C\x10|\x00j\x00j\x01\x88\x00|\x00\x16\x00\x17\x00S\x00\x94\x8c/Return a nicely formatted representation string\x94\x85\x94\x8c\t__class__\x94h\x18\x86\x94h\xa9\x85\x94hwh\xc6M\xc8\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x08repr_fmt\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fh\xd5}\x94}\x94(h\x18h\xc6h"\x8c\x0foutput.__repr__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xc8h[h\x92\x8c\x08(res=%r)\x94\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x07_asdict\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x04K\x13C\x10\x88\x00\x88\x01|\x00j\x00|\x00\x83\x02\x83\x01S\x00\x94\x8c9Return a new dict which maps field names to their values.\x94\x85\x94h9\x85\x94h\xcchwh\xe1M\xcc\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x05_dict\x94\x8c\x04_zip\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xf0}\x94}\x94(h\x18h\xe1h"\x8c\x0eoutput._asdict\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xe3h[h\x92h(\x8c\x04dict\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h(\x8c\x03zip\x94\x93\x94\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x0e__getnewargs__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x02K\x13C\x08\x88\x00|\x00\x83\x01S\x00\x94\x8c7Return self as a plain tuple.  Used by copy and pickle.\x94\x85\x94)h\xcchwj\x01\x01\x00\x00M\xd0\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x06_tuple\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fj\r\x01\x00\x00}\x94}\x94(h\x18j\x01\x01\x00\x00h"\x8c\x15output.__getnewargs__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7j\x03\x01\x00\x00h[h\x92h-\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0h:\x8c\x0c_collections\x94\x8c\x0c_tuplegetter\x94\x93\x94K\x00\x8c\x18Alias for field number 0\x94\x86\x94R\x94hYh\x19h#hSu}\x94\x86\x94\x86R0shWNhXNhYh\x19h7Nh[Nh\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0.'
      1 b'\x80\x05\x95s\x0b\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x8c\x17cloudpickle.cloudpickle\x94\x8c\r_builtin_type\x94\x93\x94\x8c\nLambdaType\x94\x85\x94R\x94(h\x02\x8c\x08CodeType\x94\x85\x94R\x94(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x02KCC\x10t\x00d\x01\x83\x01\x01\x00|\x00|\x01\x17\x00S\x00\x94N\x8c\x05rerun\x94\x86\x94\x8c\x05print\x94\x85\x94\x8c\x01a\x94\x8c\x01b\x94\x86\x94\x8c)/home/chris/Projects/cloudpickle/test2.py\x94\x8c\x04func\x94K\x04C\x04\x00\x01\x08\x01\x94))t\x94R\x94}\x94(\x8c\x0b__package__\x94N\x8c\x08__name__\x94\x8c\x08__main__\x94\x8c\x08__file__\x94h\x11uNNNt\x94R\x94\x8c\x1ccloudpickle.cloudpickle_fast\x94\x8c\x12_function_setstate\x94\x93\x94h\x1c}\x94}\x94(h\x18h\x12\x8c\x0c__qualname__\x94h\x12\x8c\x0f__annotations__\x94}\x94\x8c\x06return\x94h\x00\x8c\x14_make_skeleton_class\x94\x93\x94(\x8c\x08builtins\x94\x8c\x04type\x94\x93\x94\x8c\x06output\x94h(\x8c\x05tuple\x94\x93\x94\x85\x94}\x94\x8c\t__slots__\x94)s\x8c 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output(res,)\x94\x8c\x0b__closure__\x94N\x8c\x17_cloudpickle_submodules\x94]\x94\x8c\x0b__globals__\x94}\x94hC\x8c\x08builtins\x94\x8c\x07getattr\x94\x93\x94h-\x8c\x07__new__\x94\x86\x94R\x94su\x86\x94\x86R0\x85\x94R\x94\x8c\x05_make\x94h(\x8c\x0bclassmethod\x94\x93\x94h\x05(h\x08(K\x02K\x00K\x00K\x03K\x06K\x13C2\x88\x02|\x00|\x01\x83\x02}\x02\x88\x00|\x02\x83\x01\x88\x01k\x03r.t\x00d\x01\x88\x01\x9b\x00d\x02t\x01|\x02\x83\x01\x9b\x00\x9d\x04\x83\x01\x82\x01|\x02S\x00\x94N\x8c\tExpected \x94\x8c\x10 arguments, got \x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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Used by copy and pickle.\x94\x85\x94)h\xcchwj\x01\x01\x00\x00M\xd0\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x06_tuple\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fj\r\x01\x00\x00}\x94}\x94(h\x18j\x01\x01\x00\x00h"\x8c\x15output.__getnewargs__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7j\x03\x01\x00\x00h[h\x92h-\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0h:\x8c\x0c_collections\x94\x8c\x0c_tuplegetter\x94\x93\x94K\x00\x8c\x18Alias for field number 0\x94\x86\x94R\x94hYh\x19h#hSu}\x94\x86\x94\x86R0shWNhXNhYh\x19h7Nh[Nh\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0.'
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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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values.\x94\x85\x94h9\x85\x94h\xcchwh\xe1M\xcc\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x05_dict\x94\x8c\x04_zip\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xf0}\x94}\x94(h\x18h\xe1h"\x8c\x0eoutput._asdict\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xe3h[h\x92h(\x8c\x04dict\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h(\x8c\x03zip\x94\x93\x94\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x0e__getnewargs__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x02K\x13C\x08\x88\x00|\x00\x83\x01S\x00\x94\x8c7Return self as a plain tuple.  Used by copy and pickle.\x94\x85\x94)h\xcchwj\x01\x01\x00\x00M\xd0\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x06_tuple\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fj\r\x01\x00\x00}\x94}\x94(h\x18j\x01\x01\x00\x00h"\x8c\x15output.__getnewargs__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7j\x03\x01\x00\x00h[h\x92h-\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0h:\x8c\x0c_collections\x94\x8c\x0c_tuplegetter\x94\x93\x94K\x00\x8c\x18Alias for field number 0\x94\x86\x94R\x94hYh\x19h#hSu}\x94\x86\x94\x86R0shWNhXNhYh\x19h7Nh[Nh\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0.'
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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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values.\x94\x85\x94h9\x85\x94h\xcchwh\xe1M\xcc\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x05_dict\x94\x8c\x04_zip\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xf0}\x94}\x94(h\x18h\xe1h"\x8c\x0eoutput._asdict\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xe3h[h\x92h(\x8c\x04dict\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h(\x8c\x03zip\x94\x93\x94\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x0e__getnewargs__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x02K\x13C\x08\x88\x00|\x00\x83\x01S\x00\x94\x8c7Return self as a plain tuple.  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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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Used by copy and pickle.\x94\x85\x94)h\xcchwj\x01\x01\x00\x00M\xd0\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x06_tuple\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fj\r\x01\x00\x00}\x94}\x94(h\x18j\x01\x01\x00\x00h"\x8c\x15output.__getnewargs__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7j\x03\x01\x00\x00h[h\x92h-\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0h:\x8c\x0c_collections\x94\x8c\x0c_tuplegetter\x94\x93\x94K\x00\x8c\x18Alias for field number 0\x94\x86\x94R\x94hYh\x19h#hSu}\x94\x86\x94\x86R0shWNhXNhYh\x19h7Nh[Nh\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0.'
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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or 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\x94\x87\x94\x8c\tTypeError\x94\x8c\x03len\x94\x86\x94\x8c\x03cls\x94\x8c\x08iterable\x94\x8c\x06result\x94\x87\x94\x8cQ/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections/__init__.py\x94hiM\xb5\x01C\x08\x00\x02\n\x01\x0c\x01\x18\x01\x94\x8c\x04_len\x94\x8c\nnum_fields\x94\x8c\ttuple_new\x94\x87\x94)t\x94R\x94}\x94(h\x17\x8c\x0bcollections\x94h\x18h\x80\x8c\x08__path__\x94]\x94\x8cE/home/chris/miniconda3/envs/cloudpickle-dev/lib/python3.9/collections\x94ah\x1ahwuNNh\x00\x8c\x10_make_empty_cell\x94\x93\x94)R\x94h\x85)R\x94h\x85)R\x94\x87\x94t\x94R\x94h\x1fh\x8b}\x94}\x94(h\x18hih"\x8c\x0coutput._make\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8c4Make a new output object from a sequence or iterable\x94h[h\x00\x8c\n_make_cell\x94\x93\x94h`\x8c\x03len\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92K\x01\x85\x94R\x94h\x92he\x85\x94R\x94\x87\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x85\x94R\x94\x8c\x08_replace\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x01K\x00K\x03K\x06K\x1bC.|\x00\xa0\x00\x88\x00|\x01j\x01\x88\x01|\x00\x83\x03\xa1\x01}\x02|\x01r*t\x02d\x01t\x03|\x01\x83\x01\x9b\x02\x9d\x02\x83\x01\x82\x01|\x02S\x00\x94N\x8c\x1cGot unexpected field names: \x94\x86\x94(hi\x8c\x03pop\x94\x8c\nValueError\x94\x8c\x04list\x94t\x94\x8c\x04self\x94\x8c\x04kwds\x94hu\x87\x94hwh\xa1M\xbf\x01C\x08\x00\x01\x14\x01\x04\x01\x12\x01\x94\x8c\x04_map\x94\x8c\x0bfield_names\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xb6}\x94}\x94(h\x18h\xa1h"\x8c\x0foutput._replace\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7\x8cEReturn a new output object replacing specified fields with new values\x94h[h\x92h(\x8c\x03map\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h;\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x08__repr__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x03K\x13C\x10|\x00j\x00j\x01\x88\x00|\x00\x16\x00\x17\x00S\x00\x94\x8c/Return a nicely formatted representation string\x94\x85\x94\x8c\t__class__\x94h\x18\x86\x94h\xa9\x85\x94hwh\xc6M\xc8\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x08repr_fmt\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fh\xd5}\x94}\x94(h\x18h\xc6h"\x8c\x0foutput.__repr__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xc8h[h\x92\x8c\x08(res=%r)\x94\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x07_asdict\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x04K\x13C\x10\x88\x00\x88\x01|\x00j\x00|\x00\x83\x02\x83\x01S\x00\x94\x8c9Return a new dict which maps field names to their values.\x94\x85\x94h9\x85\x94h\xcchwh\xe1M\xcc\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x05_dict\x94\x8c\x04_zip\x94\x86\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94h\x85)R\x94\x86\x94t\x94R\x94h\x1fh\xf0}\x94}\x94(h\x18h\xe1h"\x8c\x0eoutput._asdict\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7h\xe3h[h\x92h(\x8c\x04dict\x94\x93\x94\x85\x94R\x94h\x92h(\x8c\x03zip\x94\x93\x94\x85\x94R\x94\x86\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0\x8c\x0e__getnewargs__\x94h\x05(h\x08(K\x01K\x00K\x00K\x01K\x02K\x13C\x08\x88\x00|\x00\x83\x01S\x00\x94\x8c7Return self as a plain tuple.  Used by copy and pickle.\x94\x85\x94)h\xcchwj\x01\x01\x00\x00M\xd0\x01C\x02\x00\x02\x94\x8c\x06_tuple\x94\x85\x94)t\x94R\x94h\x7fNNh\x85)R\x94\x85\x94t\x94R\x94h\x1fj\r\x01\x00\x00}\x94}\x94(h\x18j\x01\x01\x00\x00h"\x8c\x15output.__getnewargs__\x94h#}\x94hWNhXNhYh\x80h7j\x03\x01\x00\x00h[h\x92h-\x85\x94R\x94\x85\x94h\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0h:\x8c\x0c_collections\x94\x8c\x0c_tuplegetter\x94\x93\x94K\x00\x8c\x18Alias for field number 0\x94\x86\x94R\x94hYh\x19h#hSu}\x94\x86\x94\x86R0shWNhXNhYh\x19h7Nh[Nh\\]\x94h^}\x94u\x86\x94\x86R0.'

test3.py:

import pydra
import typing as ty
import cloudpickle as cp

@pydra.mark.annotate({"return": {"res", ty.Any}})
def func(a, b):
    print("rerun")
    return a + b

print(cp.dumps(func))
$ for i in {0..10}; do python test3.py; done | sort | uniq -c
      5 b'\x80\x05\x95\x16\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x8c\x17cloudpickle.cloudpickle\x94\x8c\r_builtin_type\x94\x93\x94\x8c\nLambdaType\x94\x85\x94R\x94(h\x02\x8c\x08CodeType\x94\x85\x94R\x94(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x02KCC\x10t\x00d\x01\x83\x01\x01\x00|\x00|\x01\x17\x00S\x00\x94N\x8c\x05rerun\x94\x86\x94\x8c\x05print\x94\x85\x94\x8c\x01a\x94\x8c\x01b\x94\x86\x94\x8c)/home/chris/Projects/cloudpickle/test3.py\x94\x8c\x04func\x94K\x05C\x04\x00\x02\x08\x01\x94))t\x94R\x94}\x94(\x8c\x0b__package__\x94N\x8c\x08__name__\x94\x8c\x08__main__\x94\x8c\x08__file__\x94h\x11uNNNt\x94R\x94\x8c\x1ccloudpickle.cloudpickle_fast\x94\x8c\x12_function_setstate\x94\x93\x94h\x1c}\x94}\x94(h\x18h\x12\x8c\x0c__qualname__\x94h\x12\x8c\x0f__annotations__\x94}\x94\x8c\x06return\x94\x8f\x94(\x8c\x03res\x94\x8c\x06typing\x94\x8c\x03Any\x94\x93\x94\x90s\x8c\x0e__kwdefaults__\x94N\x8c\x0c__defaults__\x94N\x8c\n__module__\x94h\x19\x8c\x07__doc__\x94N\x8c\x0b__closure__\x94N\x8c\x17_cloudpickle_submodules\x94]\x94\x8c\x0b__globals__\x94}\x94u\x86\x94\x86R0.'
      6 b'\x80\x05\x95\x16\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x8c\x17cloudpickle.cloudpickle\x94\x8c\r_builtin_type\x94\x93\x94\x8c\nLambdaType\x94\x85\x94R\x94(h\x02\x8c\x08CodeType\x94\x85\x94R\x94(K\x02K\x00K\x00K\x02K\x02KCC\x10t\x00d\x01\x83\x01\x01\x00|\x00|\x01\x17\x00S\x00\x94N\x8c\x05rerun\x94\x86\x94\x8c\x05print\x94\x85\x94\x8c\x01a\x94\x8c\x01b\x94\x86\x94\x8c)/home/chris/Projects/cloudpickle/test3.py\x94\x8c\x04func\x94K\x05C\x04\x00\x02\x08\x01\x94))t\x94R\x94}\x94(\x8c\x0b__package__\x94N\x8c\x08__name__\x94\x8c\x08__main__\x94\x8c\x08__file__\x94h\x11uNNNt\x94R\x94\x8c\x1ccloudpickle.cloudpickle_fast\x94\x8c\x12_function_setstate\x94\x93\x94h\x1c}\x94}\x94(h\x18h\x12\x8c\x0c__qualname__\x94h\x12\x8c\x0f__annotations__\x94}\x94\x8c\x06return\x94\x8f\x94(\x8c\x06typing\x94\x8c\x03Any\x94\x93\x94\x8c\x03res\x94\x90s\x8c\x0e__kwdefaults__\x94N\x8c\x0c__defaults__\x94N\x8c\n__module__\x94h\x19\x8c\x07__doc__\x94N\x8c\x0b__closure__\x94N\x8c\x17_cloudpickle_submodules\x94]\x94\x8c\x0b__globals__\x94}\x94u\x86\x94\x86R0.'

I'm realizing that the problem with Test 3 is that you annotated with a set, not a dict. It should be

 import pydra
 import typing as ty
 import cloudpickle as cp

-@pydra.mark.annotate({"return": {"res", ty.Any}})
+@pydra.mark.annotate({"return": {"res": ty.Any}})
 def func(a, b):
     print("rerun")
     return a + b

 print(cp.dumps(func))

So my assessment is that, for the moment NamedTuple is a mess, but we can do just as well with a dict, so let's do that.

JeffWigger commented 3 years ago

Thank you @effigies. I will continue with using dictionaries instead of NamedTubles. It is more readable anyway.

effigies commented 2 years ago

We should:

1) Removed the NamedTuple option from any docs. 2) Deprecate support for annotating with NamedTuples and plan to remove in a future version

An alternative could be to convert NamedTuples to dicts internally.