关于数据预处理

[MingYangi]

您好，数据处理时，发现了报错，是缺少文件，我看了在data_processing/tools.py给出的路径中GLRE-master\data_processing\common\geniass的确是缺少了一个文件，可是文件里是什么呢？ 错误如下： Traceback (most recent call last): File "process.py", line 118, in main() File "process.py", line 57, in main split_sents = sentence_split_genia(orig_sentences) File "/mnt/d/code/GLRE-master/data_processing/tools.py", line 244, in sentence_split_genia with open('temp_file.split.txt', 'r') as ifile: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'temp_file.split.txt'

非常期待您的回复！

[slzbywdf]

你好，common\geniass下面是安装的GENIA工具。具体下载的方式在README.md中有写。

[MingYangi]

emmm，我有点没太明白你的意思，我的意思是说，我按照步骤进行的处理，然否执行到sh process_cdr.sh时 出现了上面的错误，缺少文件的错误，就是接下来我应该怎么办呢？还是我之前处理的有问题呢？

[slzbywdf]

可能是你没有正确安装genia。我在Ubuntu18.04上新测试了一遍是可以正确跑通的。

[MingYangi]

我有重新下载了包，下载之后并有一些temp_file包，后来发现这一系列的包是生成的，有生成temp_file、temp_file.txt.result,但是就是没有生成temp_file.split.txt文件。我也是不知道怎么回事儿了，那您刚刚重新跑的代码是在这里下载的么？

[slzbywdf]

我是在这个github的代码上重新跑的。 你是否有安装genia-tagger的python包装器，即执行以下4步吗

1. git clone https://github.com/bornabesic/genia-tagger-py.git
2. cd genia-tagger-py
3. Here, you should modify the Makefile inside genia-tagger-py and replace line 3 with wget http://www.nactem.ac.uk/GENIA/tagger/geniatagger-3.0.2.tar.gz
4. make

[MingYangi]

对呀对呀，这次make之后才出现那两个temp_file文件，但是就是没有我说的缺的那个，就是不知道怎么回事儿

[slzbywdf]

你是否有修改makefile文件内容（第三步需要修改下载地址）。没有*. split. txt应该就是geniass不能运行(●°u°●)​ 」

[MingYangi]

嘻嘻嘻嘻嘻嘻嘻 我也修改了 哈哈哈哈哈哈 就是复制你给的那段替换D:\code\GLRE-master\data_processing\common\genia-tagger-py中的Makefile的第三行wget的内容，我哭了要，不过很是谢谢你哈

[MingYangi]

如果您方便，可以加一下您的方便的联系方式吗？之后可能还会有一些小问题向您请教

[pangkunli]

你好，我在运行scripts/run_cdr.py时，修改了指定GPU，从默认的0改成了2，但之后运行的时候出现的错误说我使用了GPU0，我们服务器GPU0已经满了，因此我把文件中parser.add_argument('--gpu', type=str, default='2')，从0改成了2,。但是报错我使用的GPU0，config文件中我把extra的gpu也改成了2，请问还有哪里需要修改的吗

[314556185]

我有重新下载了包，下载之后并有一些temp_file包，后来发现这一系列的包是生成的，有生成temp_file、temp_file.txt.result,但是就是没有生成temp_file.split.txt文件。我也是不知道怎么回事儿了，那您刚刚重新跑的代码是在这里下载的么？

安装一下ruby,All you have to do is run sudo apt-get install ruby-full

[li-muz]

请问你解决这个问题了吗 ， 我也碰到了

[li-muz]

解决了，是服务器没有安装ruby导致geniass安装失败

[shiqqaingzhu]

Traceback (most recent call last): File "process.py", line 118, in main() File "process.py", line 37, in main abstracts, entities, relations = readPubTator(args) File "/ai/zsq/GLRE/data_processing/readers.py", line 27, in readPubTator with open(args.input_file, 'r') as infile: FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '../data/CDR/CDR.Corpus.v010516/CDR_TestSet.PubTator.txt' 请问，执行sh process_cdr.sh 该脚本·命令后出现了上面的错误如何解决啊？