bowtie2 mapping step

[yussufhajjaj]

Hi Nicolas,

I have HiChIP fastq files I would like to process them with hicpro, I downloaded the reference genome hg38, and digested it according to MboI restriction sites, and now I am trying to run bowtie2 mapping step from the hicpro pipeline using this code:

$bin/HiC-Pro -i /hichip_data/hichip_fastq -o /hichip_data/hichip_output_hg38 -c /hicpro_installation/HiC-Pro_3.0.0/config-hicpro.txt -s mapping

but this error message appear Bowtie2 alignment step1 ... Logs: logs/sample1/mapping_step1.log Exit: Error in reads alignment - Exit make: *** [/HiC-Pro_3.0.0/bin/../scripts//Makefile:88: bowtie_global] Error 1

and the log file says: bin/bowtie2-align-s: error while loading shared libraries: libtbb.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory (ERR): Description of arguments failed! Exiting now ...

I don't know what I did wrong here, but I could use some help, and thanks in advance.

best, Yussuf.

Config file:

Please change the variable settings below if necessary

#########################################################################

Paths and Settings - Do not edit !

#########################################################################

TMP_DIR = tmp LOGS_DIR = logs BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results MAPC_OUTPUT = hic_results RAW_DIR = rawdata

#######################################################################

SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!

####################################################################### N_CPU = 16 SORT_RAM = 10000M LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME = JOB_MEM = JOB_WALLTIME = JOB_QUEUE = JOB_MAIL =

#########################################################################

Data

#########################################################################

PAIR1_EXT = _R1 PAIR2_EXT = _R2

#######################################################################

Alignment options

#######################################################################

MIN_MAPQ = 10

BOWTIE2_IDX_PATH = BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

#######################################################################

Annotation files

#######################################################################

REFERENCE_GENOME = hg38 GENOME_SIZE = hg38.chrom.sizes

#######################################################################

Allele specific analysis

#######################################################################

ALLELE_SPECIFIC_SNP =

#######################################################################

Capture Hi-C analysis

#######################################################################

CAPTURE_TARGET = REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1

#######################################################################

Digestion Hi-C

#######################################################################

GENOME_FRAGMENT = hg38_MboI_resfrag.bed LIGATION_SITE = GATCGATC MIN_FRAG_SIZE = MAX_FRAG_SIZE = MIN_INSERT_SIZE = MAX_INSERT_SIZE =

#######################################################################

Hi-C processing

#######################################################################

MIN_CIS_DIST = GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1 GET_PROCESS_SAM = 0 RM_SINGLETON = 1 RM_MULTI = 1 RM_DUP = 1

#######################################################################

Contact Maps

#######################################################################

BIN_SIZE = 20000 40000 500000 MATRIX_FORMAT = upper

#######################################################################

Normalization

####################################################################### MAX_ITER = 100 FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02 FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0 EPS = 0.1

---

[esebesty]

I had a similar problem, and it seems that bowtie needs a specific version of tbb, also discussed in #441.

[yussufhajjaj]

Thanks alot Endre for the help, it did fix the issue.