Assignment to restriction fragments

[ajazwani]

I have run Hic-Pro successfully on yeast data several times and now I am trying it on data from Drosophila but I am getting error at assignment to restriction fragments

Assign alignments to restriction fragments ... Exit: GENOME_FRAGMENT not found. The file does not exist ? make: *** [mapped_2hic_fragments] Error 1

There is nothing in logs related to this step, but logs for previous steps seem to be OK. I am using DpnII for digestion. I have created the DpnII restriction_fragment.bed using Hic-pro utility and inspected the file manually, it seem OK. Below is my configuration file.

Please change the variable settings below if necessary

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Paths and Settings - Do not edit !

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TMP_DIR = mp LOGS_DIR = logs BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results MAPC_OUTPUT = hic_results RAW_DIR = rawdata

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SYSTEM - PBS - Start Editing Here !!

####################################################################### N_CPU = 2 LOGFILE = hicpro_testop.log

JOB_NAME = hicpro-test JOB_MEM = 10gb JOB_WALLTIME = 12:00:00 JOB_QUEUE = batch JOB_MAIL = waniajazjk@gmail.com

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Data

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PAIR1_EXT = _R1 PAIR2_EXT = _R2

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Alignment options

####################################################################### FORMAT = phred33 MIN_MAPQ = 2

BOWTIE2_IDX_PATH = /Users/ajazwani/analysis/bowtie_indexesdroso BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

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Annotation files

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REFERENCE_GENOME = dm3 GENOME_SIZE = chrom_dm3.sizes

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Allele specific

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ALLELE_SPECIFIC_SNP =

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Digestion Hi-C

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GENOME_FRAGMENT = dpnii_resfrag_dm3.bed LIGATION_SITE = ATCG MIN_FRAG_SIZE = 100 MAX_FRAG_SIZE = 100000 MIN_INSERT_SIZE = 100 MAX_INSERT_SIZE = 600

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Hi-C processing

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MIN_CIS_DIST = GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1 GET_PROCESS_SAM = 1 RM_SINGLETON = 1 RM_MULTI = 1 RM_DUP = 1

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Contact Maps

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BIN_SIZE = 100000 300000 600000 MATRIX_FORMAT = upper

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ICE Normalization

####################################################################### MAX_ITER = 100 FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02 FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0 EPS = 0.1

[nservant]

Hi Please provide the full path of your file to GENOME_FRAGMENT best

[ajazwani]

thanks, providing full path worked