Exit: Read pairs extensions not defined

[usernicai]

Hi,I got a error "grep: (standard input): binary file matches Exit: Read pairs extensions not defined. Exit“ when i start running hic-pro,

1,the organization of my data :

2,my command line:

HiC-Pro -i hicdata -o BT549_rep2 -c ~/software/HiC-Pro-3.1.0/config-hicpro.txt

3,my hic-pro config file:

Please change the variable settings below if necessary

#########################################################################

Paths and Settings - Do not edit !

#########################################################################

TMP_DIR = tmp LOGS_DIR = logs BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results MAPC_OUTPUT = hic_results RAW_DIR = rawdata

#######################################################################

SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!

####################################################################### N_CPU = 10
SORT_RAM = 50000M
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME = zht_hic
JOB_MEM = 50gb
JOB_WALLTIME = 6:00:00
JOB_QUEUE = JOB_MAIL =

#########################################################################

Data

#########################################################################

PAIR1_EXT =_R1
PAIR2_EXT =_R2

#######################################################################

Alignment options

#######################################################################

MIN_MAPQ = 10

BOWTIE2_IDX_PATH = /mnt/disk4/haitao/bysj_seu/ref_genome/ucsc_hg19
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

#######################################################################

Annotation files

#######################################################################

REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE =/mnt/disk4/haitao/bysj_seu/ref_genome/ucsc_hg19/hg19.sizes

#######################################################################

Allele specific analysis

#######################################################################

ALLELE_SPECIFIC_SNP =

#######################################################################

Capture Hi-C analysis

#######################################################################

CAPTURE_TARGET = REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1

#######################################################################

Digestion Hi-C

#######################################################################

GENOME_FRAGMENT = /mnt/disk4/haitao/bysj_seu/ref_genome/hg19_arimakit.bed
LIGATION_SITE = GATCGATC,GANTGATC,GANTANTC,GATCANTC
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =

#######################################################################

Hi-C processing

#######################################################################

MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0 RM_SINGLETON = 1 RM_MULTI = 1 RM_DUP = 1

#######################################################################

Contact Maps

#######################################################################

BIN_SIZE = 10000 20000 40000 100000 500000
MATRIX_FORMAT = complete
#######################################################################

Normalization

####################################################################### MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02 FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0 EPS = 0.1

I don't know what went wrong. I don't think I made any mistakes in PAIR EXTENSION

[usernicai]

HiC-Pro version 3.1.0

[candice826]

Hi,I got a error "Exit: Read pairs extensions not defined.Exit“ when i start running hic-pro(HiC-Pro version 3.1.0), the organization of my data :

data
└── N54
    ├── N54_R1.fastq.gz
    └── N54_R2.fastq.gz

command line: /path/to/HiC-Pro-3.1.0/bin/HiC-Pro -i data -o test -c /path/to/HiC-Pro-3.1.0/config-hicpro.txt

my config file: Please change the variable settings below if necessary

.....
#########################################################################

PAIR1_EXT =_R1
PAIR2_EXT =_R2

#######################################################################

Alignment options
#######################################################################

MIN_MAPQ = 10

......

Finally, I can't find what the problem is, could you please help me solve it,i'll really appreciate .best wishes！

[nservant]

Hi, The parsing of the config file is very stringent. Could you try adding a space between the "=" and "_R1" The same for R2 ... N

[candice826]

here is all I have in my config file： # Please change the variable settings below if necessary ######################################################################### ## Paths and Settings - Do not edit ! ######################################################################### TMP_DIR = tmp LOGS_DIR = logs BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results MAPC_OUTPUT = hic_results RAW_DIR = rawdata ####################################################################### ## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !! ####################################################################### N_CPU = 2 SORT_RAM = 1000M LOGFILE = hicpro.log JOB_NAME = JOB_MEM = JOB_WALLTIME = JOB_QUEUE = JOB_MAIL = ######################################################################### ## Data ######################################################################### PAIR1_EXT = _R1 PAIR1_EXT = _R2 ####################################################################### ## Alignment options ####################################################################### MIN_MAPQ = 10 BOWTIE2_IDX_PATH = /path/to/ref BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder ####################################################################### ## Annotation files ####################################################################### REFERENCE_GENOME = ref GENOME_SIZE = /path/to/ref/ref.size ####################################################################### ## Allele specific analysis ####################################################################### ALLELE_SPECIFIC_SNP = ####################################################################### ## Capture Hi-C analysis ####################################################################### CAPTURE_TARGET = REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1 ####################################################################### ## Digestion Hi-C ####################################################################### GENOME_FRAGMENT = /path/to/ref/ref.dpnII.txt LIGATION_SITE = GATCGATC MIN_FRAG_SIZE = MAX_FRAG_SIZE = MIN_INSERT_SIZE = MAX_INSERT_SIZE = ####################################################################### ## Hi-C processing ####################################################################### MIN_CIS_DIST = GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1 GET_PROCESS_SAM = 0 RM_SINGLETON = 1 RM_MULTI = 1 RM_DUP = 1 ####################################################################### ## Contact Maps ####################################################################### BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000 MATRIX_FORMAT = upper ####################################################################### ## Normalization ####################################################################### MAX_ITER = 100 FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02 FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0 EPS = 0.1  

梅亚杰 @.***

 

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: @.***>; 发送时间: 2024年1月10日(星期三) 下午5:20 收件人: "nservant/HiC-Pro"; 抄送: "Comment"; 主题: Re: [nservant/HiC-Pro] Exit: Read pairs extensions not defined (Issue #605)

Hi, The parsing of the config file is very stringent. Could you try adding a space between the "=" and "_R1" The same for R2 ... N

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