Open jamesabbott opened 2 months ago
decoden detect is falling over while trying to read the experiment_conditions.json file. It looks like the json format has changed and has more values than expected:
decoden detect
Detecting peaks ╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮ │ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/main.py:220 │ │ in detect │ │ │ │ 217 │ """ │ │ 218 │ typer.echo("Detecting peaks") │ │ 219 │ │ │ ❱ 220 │ _decoden_pipeline(["detect"], │ │ 221 │ │ │ │ │ files_reference=files_reference, │ │ 222 │ │ │ │ │ out_dir=out_dir, │ │ 223 │ │ │ │ │ control_label=control_label, │ │ │ │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ │ │ control_label = 'control' │ │ │ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_co… │ │ │ │ min_width = 150 │ │ │ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │ │ │ peak_threshold = 0.01 │ │ │ │ pval_alpha = 0.05 │ │ │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ │ │ │ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/decoden_pip │ │ eline.py:85 in _decoden_pipeline │ │ │ │ 82 │ if "detect" in pipeline_steps: │ │ 83 │ │ assert control_label is not None, "Please specify the label use │ │ 84 │ │ assert files_reference is not None, "Please specify the file th │ │ ❱ 85 │ │ run_peak_calling(files_reference, out_dir, control_label, pval_ │ │ 86 │ │ │ │ │ │ │ peak_threshold=peak_threshold, │ │ 87 │ │ │ │ │ │ │ min_width=min_width) │ │ 88 │ │ │ │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ │ │ alpha_H = None │ │ │ │ alpha_W = None │ │ │ │ bin_size = None │ │ │ │ blacklist_file = None │ │ │ │ chunk_size = None │ │ │ │ control_cov_threshold = None │ │ │ │ control_label = 'control' │ │ │ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experim… │ │ │ │ genome_size = None │ │ │ │ input_csv = None │ │ │ │ min_width = 150 │ │ │ │ n_train_bins = None │ │ │ │ num_jobs = None │ │ │ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │ │ │ peak_threshold = 0.01 │ │ │ │ pipeline_steps = ['detect'] │ │ │ │ plotting = None │ │ │ │ pval_alpha = 0.05 │ │ │ │ seed = None │ │ │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ │ │ │ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/detection/p │ │ eak_detection.py:166 in run_peak_calling │ │ │ │ 163 │ label_mapping = {} │ │ 164 │ │ │ 165 │ for v in files_mapping.values(): │ │ ❱ 166 │ │ condition, replicate, label = v │ │ 167 │ │ if condition==control_label: │ │ 168 │ │ │ continue │ │ 169 │ │ if condition not in label_mapping: │ │ │ │ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │ │ │ bedgraph_dir = '/tmp/1914583.1.all.q/decoden/output_bedgraph_files' │ │ │ │ control_label = 'control' │ │ │ │ f = <_io.TextIOWrapper │ │ │ │ name='/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_condit… │ │ │ │ mode='r' encoding='UTF-8'> │ │ │ │ files_mapping = { │ │ │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/decoden/data/control_reads.npy… │ │ │ │ { │ │ │ │ │ │ 'condition': 'control', │ │ │ │ │ │ 'sample_names': [ │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_1_rep1', │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_2_rep2', │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_3_rep3' │ │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ │ 'filenames': [ │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509254.bam', │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509253.bam', │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509252.bam' │ │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ │ 'bin_size': 200, │ │ │ │ │ │ 'fragment_length': 76.0 │ │ │ │ │ }, │ │ │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/decoden/data/H3K4me3_reads.npy… │ │ │ │ { │ │ │ │ │ │ 'condition': 'H3K4me3', │ │ │ │ │ │ 'sample_names': [ │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_1_rep1', │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_2_rep2', │ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_3_rep3' │ │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ │ 'filenames': [ │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187572.bam', │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187571.bam', │ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187570.bam' │ │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ │ 'bin_size': 200, │ │ │ │ │ │ 'fragment_length': 76 │ │ │ │ │ } │ │ │ │ } │ │ │ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_c… │ │ │ │ label_mapping = {} │ │ │ │ min_width = 150 │ │ │ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │ │ │ peak_threshold = 0.01 │ │ │ │ peaks_output_dir = '/tmp/1914583.1.all.q/decoden/called_peaks' │ │ │ │ pval_alpha = 0.05 │ │ │ │ v = { │ │ │ │ │ 'condition': 'control', │ │ │ │ │ 'sample_names': [ │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_1_rep1', │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_2_rep2', │ │ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_3_rep3' │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ 'filenames': [ │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509254.bam', │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509253.bam', │ │ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509252.bam' │ │ │ │ │ ], │ │ │ │ │ 'bin_size': 200, │ │ │ │ │ 'fragment_length': 76.0 │ │ │ │ } │ │ │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ ValueError: too many values to unpack (expected 3)
decoden detectis falling over while trying to read the experiment_conditions.json file. It looks like the json format has changed and has more values than expected: