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bug on go term #21

Closed dorianmultedo closed 10 years ago

dorianmultedo commented 10 years ago

GO:0010740 definition null et term null

ntm commented 10 years ago

ok: ce term est un synonym / alt. id de GO:1902533 http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:1902533

Si on regarde dans /home/matrixdb/matrixdb_InConstruction/data_Backbone/biomoleculeData/scriptMade/GO/ : [nthierry@ariane GO]$ grep -C4 0010740 gene_ontology.1_2.obo [Term] id: GO:1902533 name: positive regulation of intracellular signal transduction namespace: biological_process alt_id: GO:0010740 def: "Any process that activates or increases the frequency, rate or extent of intracellular signal transduction." [GOC:BHF, GOC:dph, GOC:signaling, GOC:tb, GOC:TermGenie] synonym: "activation of intracellular signal transduction" NARROW [GOC:TermGenie] synonym: "activation of intracellular signal transduction pathway" NARROW [GOC:TermGenie] synonym: "activation of intracellular signaling cascade" NARROW [GOC:TermGenie]

Conclusion: dans GO2ace.pl il faut prendre le champ alt_id, puis traduire les annotations de swissprot: quand une prot es annotée par un terme non-defini mais qui est alt_id d'un autre terme, on remplace l'annot par l'autre terme. Un peu lourd... Solution alternative: dans le browser quand tu n'as pas de definition ou de terme, tu fais comme si l'annotation n'existait pas. Solution similaire mais server-side et super-simple: on supprime toute reference à un terme GO qui n'a pas de definition ou de terme, par exemple sous tace: query find GO NOT Term; kill

glaunay commented 10 years ago

Done