[122] CaImAn preprocess/deconvolve/evaluation

[ReiHashimoto]

概要

以下のアルゴリズムノードを新規に追加

• preprocess
• deconvolve

以下の処理に関するパラメータの追加・セクション分け

• evaluation

詳細

preprocess

https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/caiman/source_extraction/cnmf/cnmf.py#L977-L989 現行のcnmf同様にcnmf.CNMFのオブジェクトを生成し、上記メソッドを呼び出す

• 入出力のYrがImageDataの配列

• 利用するパラメータは以下の処理で使用されているものを使う

  • https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/caiman/source_extraction/cnmf/pre_processing.py#L488-L557

  • ただし、n_processes, dviewはparameterのyamlには含めず、現行のcnmfのようにsetup_clusterで取得

  • また、CNMFParamsの引数に含まれていないものは、change_params()メソッドで更新をかける

deconvolve

https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/caiman/source_extraction/cnmf/cnmf.py#L724-L775 FluoDataを入力として使用するため、上記の処理の呼び出しではなく相当する処理を実装する必要がありそう。

• (要確認) fluorescenceはcnmfではestimates.C, estimates.fをconcatenateした配列だが、これがFに相当するのか?

• (要確認) あるいは、以下のconstrained_foopsiの呼び出しで良いか？ https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/caiman/source_extraction/cnmf/deconvolution.py#L21-L177

evaluation

https://github.com/flatironinstitute/CaImAn/blob/main/caiman/source_extraction/cnmf/cnmf.py#L520-L524

• (要確認)estimate_components_quality()が該当?
• この処理にのみ使用しているパラメータを確認し、yamlに追加する。