Скопировать данные из фиолетовых, зеленых и голубых форм одного гена в соответствующие формы другого гена для определенных организмов

[const8ine]

В БД скопировать данные экспериментов из фиолетовых (таблица general_lifespan_experiment), зеленых (таблица gene_intervention_to_vital_process) и голубых (таблица age_related_change) форм (см типы исследований) одного гена в соответствующие типы исследования другого гена.

Так как все в БД связано по реляции, то есть смежные таблицы с id генов и экспериментов. Данные в колонке с id экспериментов для одних генов надо дополнить айдишниками экспериментов, указанных у других генов.

Но нужно добавить id не всех экспериментов. Сначала нужно в посмотреть какой организм указан в эксперименте. Организм у всех исследований указан через id организма в колонке model_organism_id. Названия организмов находятся в таблице model_organism.

При добавлении id эксперимента, нужно убедиться, что у гена в колонке еще нет такого id эксперимента, чтобы не создавать лишних дублей.

1. Из IGF1R в INSR, если организм круглый червь Caenorhabditis elegans и муха Drosophila melanogaster
2. Из FOXO4 в FOXO1 и FOXO3, если организм муха Drosophila melanogaster
3. Из FOXO3 в FOXO1 и FOXO4, если организм червь Caenorhabditis elegans
4. Из PIK3CA в PIK3CB и PIK3CD, если организм червь Caenorhabditis elegans и муха Drosophila melanogaster
5. Из HDAC1 в HDAC2, если организм муха Drosophila melanogaster
6. Из GSK3A в GSK3B, если организм муха Drosophila melanogaster
7. Из LMNB1 в LMNA, если организм муха Drosophila melanogaster
8. Из LMNA в LMNB1, если организм червь Caenorhabditis elegans
9. Из SNAI2 в SNAI1, если организм муха Drosophila melanogaster
10. Из SMOC2 в SMOC1, если организм муха Drosophila melanogaster
11. Из GDF11 в MSTN и TGFB1, если организм червь Caenorhabditis elegans
12. Из GDF11 в MSTN, если организм муха Drosophila melanogaster
13. Из AKT1 в AKT2 и AKT3, если организм червь Caenorhabditis elegans и муха Drosophila melanogaster
14. Из MAPK8 в MAPK9 и MAPK10, если организм червь Caenorhabditis elegans и муха Drosophila melanogaster
15. Из NOTCH3 в NOTCH1 и NOTCH2, если организм червь Caenorhabditis elegans
16. Из JAK2 в JAK1, если организм муха Drosophila melanogaster
17. Из IRS1 в IRS2, если организм муха Drosophila melanogaster
18. Из INS в IGF1 и IGF2, если организм муха Drosophila melanogaster

[bavdalimbaev]

запуск командой.

php ./console/yii.php migrate-data/dataset-to-db copy-genes.csv GeneService copyDataToData

[const8ine]

1) В копировании исследований ошибка — там тот ген из которого копировали добавился как будто на него есть дополнительное воздействие в эксперименте. То есть как будто в одном эксперименте было два гена. Это моя вина, я не подумал что связь двух генов с одним id эксперимента приведет к такому. Нужно подумать как сделать так, чтобы у другого гена был такой же эксперимент, но для него.

2) Не все пункты скопировались, например, в HDAC2 ничего не появилось

[const8ine]

Оказалось правильно копировать надо так: Надо копироовать связь гена с general_lifespan_experiment вместе с привазанными к нему lifespan_experiment, а не lifespan_experiment