Спарсить данные для датасета и внести данные из датасета в исследования по геномным и транскриптомным ассоциациям (розовые формы)

[const8ine]

Внести данные из датасета (прикреплен к задаче) создав эксперименты в таблице gene_to_longevity_effect.

Перед добавлением данных из датасета, нужно удалить все эксперименты соответствующие такому условию: значение поля longevity_effect_id равно “longevity” (id 1 в таблице longevity_effect) или “increased lifespan” (id 8 в таблице longevity_effect) и значение поля data_type равно "genomic".

После этого нужно добавить данные из датасета. Названия колонок в датасете, соответствуют названию колонок в таблице в БД. Колонки в таблице gene_to_longevity_effect с названиями, заканчивающимися на “id“ связаны по реляции с другими таблицами.

• longevity_effect_id
• polymorphism_id
• sex_of_organism,
• age_related_change_type_id
• position_id
• polymorphism_type_id
• ethnicity_id
• study_type_id

В датасете есть колонки с такими же названиями, но без суффикса “id“. Значения колонок в датасете нужно заменить на соответствующие id.

longevity-associations.tsv.zip

[const8ine]

В этот раз датасет не в CSV, а в TSV, такой нам дали. Но вы можете сконвертировать в CSV, если вам удобнее работать с ним.

[bavdalimbaev]

В этот раз датасет не в CSV, а в TSV, такой нам дали. Но вы можете сконвертировать в CSV, если вам удобнее работать с ним.

да, конвертировал в csv

[bavdalimbaev]

с начало запустите миграцию, после следующей командой запустите скрипт

**

php ./console/yii.php migrate-data/dataset-to-db longevity-associations.csv GeneToLongevityEffectService addPinkExperiment

**