search

openbiox / UCSCXenaShiny

📊 An R package for interactively exploring UCSC Xena https://xenabrowser.net/datapages/; Book: https://lishensuo.github.io/UCSCXenaShiny_Book; App online: https://shiny.hiplot.cn/ucsc-xena-shiny/, https://shiny.zhoulab.ac.cn/UCSCXenaShiny
https://openbiox.github.io/UCSCXenaShiny/
GNU General Public License v3.0
86 stars 31 forks source link

添加TCGA分子亚型数据 #101

Closed Byronxy closed 4 years ago

Byronxy commented 4 years ago

考虑打包来自TCGAbiolinks包的数据，参考https://bioinformaticsfmrp.github.io/TCGAbiolinks/subtypes.html @ShixiangWang

ShixiangWang commented 4 years ago

你要打包这个数据的目的是什么？然后这个数据是怎么来的，一般而言，xena都有

Byronxy commented 4 years ago

你要打包这个数据的目的是什么？然后这个数据是怎么来的，一般而言，xena都有

后续分析的时候可以考虑纳入分子亚型的信息。我之前自己做分析的时候，发现这部分数据是xena是没有或者不完善的。这个数据来源是一些已发表文献的补充材料，这里写清楚了。我自己后续还有个想法就是可以像TCGAbiolinks包一样，写一些文档，从数据下载到数据分析，所以我觉得这个数据可以打包，预备在这里 image

ShixiangWang commented 4 years ago

@Byronxy 目前我们的包已经比较大了，这对下载者是一个严重的负担，后续可以还需要尽量清理掉保存的大的数据集，包内只保留让核心功能发挥作用的数据。我的想法是把这类预处理好的（非Xena非核心）的数据统一进行存放，有需要时再下载下来，我创建了一个仓库 https://gitee.com/XenaShiny/XenaExtraDataHub 你可以考虑把数据加到里面。如果你同意这一点，可以创建一个 gitee 帐号，我把你加进去。

Byronxy commented 4 years ago

@Byronxy 目前我们的包已经比较大了，这对下载者是一个严重的负担，后续可以还需要尽量清理掉保存的大的数据集，包内只保留让核心功能发挥作用的数据。我的想法是把这类预处理好的（非Xena非核心）的数据统一进行存放，有需要时再下载下来，我创建了一个仓库 https://gitee.com/XenaShiny/XenaExtraDataHub 你可以考虑把数据加到里面。如果你同意这一点，可以创建一个 gitee 帐号，我把你加进去。

可以，我的账号就是yi__xiong

ShixiangWang commented 4 years ago

@Byronxy 我给你发邀请链接了

ShixiangWang commented 4 years ago

你看下下面这两个数据集，应该跟你最上面链接的数据源是一致的

ShixiangWang commented 4 years ago

这个数据集有打包进包里吗？

ShixiangWang commented 4 years ago

@Byronxy

Byronxy commented 4 years ago

@Byronxy

没有

ShixiangWang commented 4 years ago

/remind me to add the subtype datasets in 3 days.

reminders[bot] commented 4 years ago

@ShixiangWang set a reminder for Aug 8th 2020

reminders[bot] commented 4 years ago

:wave: @ShixiangWang, add the subtype datasets .