专刊投稿 - Githubissues

openbiox / UCSCXenaShiny

📊 An R package for interactively exploring UCSC Xena https://xenabrowser.net/datapages/; Book: https://lishensuo.github.io/UCSCXenaShiny_Book; App online: https://shiny.hiplot.cn/ucsc-xena-shiny/, https://shiny.zhoulab.ac.cn/UCSCXenaShiny

https://openbiox.github.io/UCSCXenaShiny/

GNU General Public License v3.0

86 stars 31 forks source link

专刊投稿 #145

Closed ShixiangWang closed 3 years ago

ShixiangWang commented 3 years ago

投下 Y 叔组织的专刊 https://mp.weixin.qq.com/s/_ZGkiG1O90g61v7E_rlaMw

https://www.frontiersin.org/research-topics/17918/biomedical-data-visualization-methods-and-applications#overview

大家关注下，投稿之前需要准备做一些事情：

[x] 尽量解决之前 issue 的一些问题，发布第一个 1.0 版本
[x] 准备和修改投稿的图文

大家有空可以参与讨论下。

ShixiangWang commented 3 years ago

@Byronxy 投稿是你建议的，目前有没有展示内容的想法？

我目前觉得有两方面的开发工作要做：

完善和优化目前的功能和展示效果
开发一些新的重要的特性

ShixiangWang commented 3 years ago

月底之前要提交一个摘要

Byronxy commented 3 years ago

@Byronxy 投稿是你建议的，目前有没有展示内容的想法？

我目前觉得有两方面的开发工作要做：

完善和优化目前的功能和展示效果

开发一些新的重要的特性

数据展示方面，我整理一下之前的一些issue，然后点对点开发。然后新的特性我觉得大家一起开一个会议讨论一下

Byronxy commented 3 years ago

月底之前要提交一个摘要

摘要的话以之前的预印本为基础，按照杂志的要求扩充一下就可以了。主要是上一个问题，需要在这几个月以内解决

ShixiangWang commented 3 years ago

准备在两个月左右内弄好。

这周五晚上 8:00-10:00 点大家有时间吗？开个腾讯视频语音会议？

ShixiangWang commented 3 years ago

准备在两个月左右内弄好。

这周五晚上 8:00-10:00 点大家有时间吗？开个腾讯视频语音会议？

Byronxy commented 3 years ago

准备在两个月左右内弄好。

这周五晚上 8:00-10:00 点大家有时间吗？开个腾讯视频语音会议？

没问题

xchromosome219 commented 3 years ago

CNV 方面我可以提供之前我的一些cnv code，如果有需要的話。 Haitao

On 7 Mar 2021, at 9:41 PM, Shixiang Wang notifications@github.com wrote:

@Byronxy https://github.com/Byronxy 投稿是你建议的，目前有没有展示内容的想法？

我目前觉得有两方面的开发工作要做：

完善和优化目前的功能和展示效果开发一些新的重要的特性 — You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues/145#issuecomment-792420664, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ADDRD2QJHLH4XDDUHHHJ6DDTCQ2OZANCNFSM4YQMIFJQ.

ShixiangWang commented 3 years ago

@xchromosome219 代码处理的输入数据是 Xena 提供的格式吗？

xchromosome219 commented 3 years ago

估計要改成你的包的格式

Sent from Haitao

On 8 Mar 2021, at 9:44 AM, Shixiang Wang notifications@github.com wrote:

@xchromosome219 代码处理的输入数据是 Xena 提供的格式吗？

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ShixiangWang commented 3 years ago

@xchromosome219 是独立的函数吗？输入数据是什么，处理分析的目标是什么？

xchromosome219 commented 3 years ago

我整理一下发给你看看吧

Sent from Haitao

On 9 Mar 2021, at 11:08 PM, Shixiang Wang notifications@github.com wrote:

@xchromosome219 是独立的函数吗？输入数据是什么，处理分析的目标是什么？

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ShixiangWang commented 3 years ago

目前 xena 平台只支持基因表达、和突变，以及sample type 的选择

ShixiangWang commented 3 years ago

大家有空可以多看看目前 xena 支持的分析的一些不足和问题，方便写文章比较

https://xenabrowser.net/

ShixiangWang commented 3 years ago

@xchromosome219 药敏代码有整理好嘛？

xchromosome219 commented 3 years ago

我在整理 sorry to late

Sent from Haitao

On 23 Mar 2021, at 10:05 PM, Shixiang Wang @.***> wrote:

@xchromosome219 药敏代码有整理好嘛？

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ShixiangWang commented 3 years ago

目前还没有送审，接下来一周应该会有动作了吧。。。

ShixiangWang commented 3 years ago

Just to test.

/remind me to check the submission status in a day.

ShixiangWang commented 3 years ago

/remind me to check the submission status in a day.

ShixiangWang commented 3 years ago

I am closing this issue as it probably not needed any more.