ShixiangWang
commented
5 years ago 我整理一下你的想法，相当于开发以下的modules：
- 数据导入
- 基因表达多个数据集的查看
- PCA
- 差异分析
- 热图
- 临床相关箱图
- GSEA
- GSVA
以上面modules的组合，可以单独做一个转录组Pipeline页面
因为Xena的数据繁多，没有GEPIA使用的那么规则，所以前2个模块的数据的清理大家可能需要下点苦功夫。后面模块的开发可以使用一些示例数据，写成函数，然后提供相应的UI接口就可以了。
数据导入我的想法是支持3种模式
- 直接使用API获取Xena的数据 （适用于针对性数据的获取，比如某个基因的Pancan表达）
- 用户导入标准格式的数据，什么是标准需要我们指定和说明，当然，尽量与Xena保持一致，这样用户可以导入Xena数据，也可以分析自定义数据
- 由顾恺目前负责开发的Repository直接导入（用户选定数据集后可以选择下载或是直接导入分析），也就是XenaShiny直接下载后导入R，不需要用户通过模式2导入
大家有空发表下自己的看法~
PS. 如果大家有看到别人已经实现了类似的功能，只要不侵权，都可以拿过来参考。
longfei8533
Byronxy
目的：
实现xena的转录组数据的下游分析
方法：
1. 考虑到数据较多，建议通过链接，或者直接访问xena网站，下载xena数据到用户本地电脑以后，再上传到xenashiny上面进行下游分析？还是直接下载存到服务器？
2. 下游分析包括：
a. 主页绘制某个基因的pancer表达情况，类似这样gepia那种风格（http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php）
b. 考虑到xena的数据都是normalized过的，就直接用了？第二页就分析PCA, 差异分析，同时绘制出火山图和热图。以及感兴趣基因的功能富集分析。
c. 根据临床数据，绘制基因的相关临床相关的箱图
d. 生存分析
e. 一些转录组的相关分析，比如gsea,gsva等等。
目前我能想到的就是这些了，看大家有什么想法没有。