📊 An R package for interactively exploring UCSC Xena https://xenabrowser.net/datapages/; Book: https://lishensuo.github.io/UCSCXenaShiny_Book; App online: https://shiny.hiplot.cn/ucsc-xena-shiny/, https://shiny.zhoulab.ac.cn/UCSCXenaShiny
GNU General Public License v3.0
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目的
开发基本的Home页面以及Repository页面。
开发使用Shiny模板shinythemes https://rstudio.github.io/shinythemes/
绘图使用echarts4r https://echarts4r.john-coene.com/articles/get_started.html
要求
Home页面
介绍Xena Shiny并给出汇总信息,类似于GDC(https://portal.gdc.cancer.gov/)或TCIA(https://tcia.at/home)。一开始不用好看,主要是能整出个大致的框架:
Repository页面
提供数据集的搜索、选择、下载功能。
页面左侧提供一些选择框
页面右侧提供用户过滤选择后数据集表格,默认可以展示所有信息(类似https://portal.gdc.cancer.gov/repository),表格需要支持链接,以便于后续开发。
任务领取
一开始可以自己构造数据实现原型。仓库Shiny已经写好了如何导入Xena数据集信息。
下面是5个任务。
整个类似下面的。左上方显示XenaShiny,然后包含3个页面,标签为Home、Repository和Developers
类似
发挥自己的创造力,类似(我说的是形式类似,并不是具体的数据实现要一样)
我最近花时间仔细研究下如何获取更多的Xena信息和底层代码,以及根据情况参与以上4项任务中。
加油!