kkjtmac commented 1 year ago

生信爱好者周刊（第 67 期）：你是如何活用ChatGPT给你打工的？

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

「生信周刊讨论区」

封面图

0_tIipcmrInD5UMpQI OpenAI’s ChatGPT是当下最佳聊天机器人。(图源： Midjourney)

本周话题：你是如何活用ChatGPT给你打工的？

近日火爆的人工智能聊天机器人ChatGPT引爆全网，网友们也大展身手挖掘它的各种应用，对此你是如何让它来帮你打工摸鱼的？

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历史上的本周

第27期：真与假的界限在哪里

贡献者（GitHub ID）

「Openbiox 生信周刊」运维小队：

@ShixiangWang（王诗翔）
@kkjtmac（阚科佳）
@NiEntropy（赵启祥）
@He-Kai-fly（何凯）
@JnanZhang（张佳楠）
@Tomcxf（陈啸枫）
@wangdepin（王德品）
@kongjianyang（空间阳）

3、用于 DNA 测序的机器学习模型，理论上可以解码任何测序读数中所编码的数据值

INTERSTELLAR的概述

2023年1月4日不列颠哥伦比亚大学和东京大学的研究人员在《Science Advances》上发表了A universal sequencing read interpreter的文章，报告了 INTERSTELLAR（interpretation, scalable transformation, and emulation of large-scale sequencing reads，大规模测序读数的解释、可扩展转换和仿真），成功地从一系列短读长和长读长测序读数中提取了信息，并翻译了单细胞 (sc)RNA-seq、scATAC-seq 和空间转录组学的那些数据，从而方便研究人员用不同软件工具进行分析。INTERSTELLAR 将极大地促进基于测序的实验的开发和数据分析管道的共享。理论上，它可以解码任何类型的测序读数中编码的数据值，并将它们转化为另一种选择结构的测序读数。

论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.add2793

4、WGCNA,all in 还是DEGs？

转录组的数据分析中，WGCNA分析是一种比较常用的手段可以协助我们快速寻找到特定模块中的hub gene，目前市面上对转录组的分析主要是4种：1，直接差异分析；2，全部基因WGCNA; 3, 差异分析然后再WGCNA；4全部差异基因WGCNA再差异分析。有研究者对这几种方式进行了有效的评估，得出结论：在所有情况下，WGCNA + DEGs的表现明显优于DEGs + WGCNA。另，对于DEGs+WGCNA，作者指出：DEGs+WGCNA会影响网络的结构并导致错误的结论。此外，这种方法的有效性从未被证实，官方也并不建议在WGCNA之前应用DEGs。

论文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36153614/

9、炒鸡强大的汉化版Pubmed

科研者之家上线了Medreading板块，文献数据同步Pubmed，界面进行最彻底的汉化，并具有极致的检索速度和多样化的文献分析特点。

官网：https://www.home-for-researchers.com/static/index.html#/

ShixiangWang commented 1 year ago

申领2、5、8

1、7、10 3、4、9

11、12

ShixiangWang commented 1 year ago

11、[MIT 生信机器学习课程](http://stellar.mit.edu/S/course/6/fa21/6.047/index.html)

12、[自学是门手艺](https://github.com/selfteaching/the-craft-of-selfteaching)

# pseudo-code of selfteaching in Python

def teach_yourself(anything):
    while not create():
        learn()
        practice()
    return teach_yourself(another)

teach_yourself(coding)

这本书核心两个概念“自学”+“编程”。

不夸张地讲，这可能是当前世界上最硬核的鸡汤书了 —— 因为，虽然它就是鸡汤（李笑来自认就是个鸡汤作者），但它不是 “只是拿话糊弄你” 那种，也不是 “只不过是善意的鼓励” 那种，它是那种 “教会你人生最重要的技能” 的鸡汤，并且还不仅仅只有一种技能，起码两个：“自学能力” 和 “编程能力”…… 而这两个能力中的无论哪一种，都是能确定地提高读者未来收入的技能，对，就是 100% 地确定 —— 有个会计专业的人求职的时候说 “我还会编程” 且还能拿出作品，你看看他可不可能找不到工作？你看看他是不是能薪水更高？

ShixiangWang commented 1 year ago

话题：

@ShixiangWang - 最近利用 ChatGPT 进行英文写作和基金摘要英文的翻译，能解决很多头疼的问题，推荐大家都试试。

JnanZhang commented 1 year ago

2、[Nat Genet | 血浆代谢组基因组图谱突出代谢物与人类疾病的联系](https://mp.weixin.qq.com/s/sW0eU16m68V2DEECOmxAKQ)

加拿大戴维斯夫人医学研究所对1,091个血液代谢物和309个代谢比率进行了基因组关联分析，分别识别了248个位点，690种代谢物和69个位点，143个代谢比率的关联。整合代谢物——基因和基因表达信息，作者识别了109种代谢物和48个代谢比率的94个效应基因，进一步地，作者识别了与12种性状和疾病存在因果关系的22种代谢物和20个代谢比率。研究描述了代谢物的遗传结构，为研究代谢物在基础疾病中的作用提供了宝贵资源，也为治疗靶点的寻找提供线索。

原文链接：https://doi.org/10.1038/s41588-022-01270-1

5、 [使用 Openbiox Hiplot (ORG) 在线开源绘图工具绘制发表级网络图](https://mp.weixin.qq.com/s/jXxSxBwGnX3jC7BUFMfpFQ)

网络图是科学数据分析中最常用的图形之一。Openbiox Hiplot (ORG) 开源绘图工具在基础模块中提供了基于 igraph 的发表级网络图绘制功能 Network (igraph)。更复杂的网络图考虑使用 Cytoscape 进行绘制。

在线工具地址：https://hiplot.cn/basic/network-igraph
源代码下载：https://github.com/hiplot/plugins-open/tree/master/basic/network-igraph

8、 [我们开发了第一款中英双语ChatGPT检测器，还有...](https://mp.weixin.qq.com/s/OT-E8AIe0H5tjmUJFwDPkQ) 开发一套ChatGPT检测工具，同时收集第一手宝贵的人类-ChatGPT对比数据集，来助力相关学术研究。主要计划：

收集一批有价值的人类和 ChatGPT 对比的中英双语问答语料，这对于我们研究人类和大型语言模型（LLM）很重要，可以帮助我们研究LLM的特点、跟人类的差距、未来LLM改进的方向；
对大量的人机对比语料进行细致的分析，并进行多方面的人工评测，探究人类和ChatGPT分别具有什么有趣的潜在的模式。这些探索将有助于思考LLM未来应去往何方；
最后，基于对比数据集以及语料分析，开发应对不同场景的一系列检测模型，这些模型可帮助普通用户和UGC平台来识别、监管 AIGC (AI Generated Content)。